Locus 21

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 58,583 – 58,689
Length 106
Max. P 0.639266
window25

overview

Window 5

Location 58,583 – 58,689
Length 106
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.97
Mean single sequence MFE -30.00
Consensus MFE -20.62
Energy contribution -24.14
Covariance contribution 3.52
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.639266
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 58583 106 - 22224390
UGUGUAUGUUGACUACGUAGUUGU---------GGUAUAAAACGUCCACAGGAACGGUGGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUAUAGUACAGAGUUUGACUAACAU----
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>DroSec_CAF1 36332 115 - 1
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>DroSim_CAF1 36160 115 - 1
UGUGUUUGUUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUGGUAUAAAACGUCCGCAGGAAUGGUUGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUUUAGUACAGAGUUUGACUAACAU----
((((..((((.(((((((((.......)))))))))....))))..))))....((((.((((......)))).))))(((((((((.(......).))))))))).........---- ( -31.60)
>DroEre_CAF1 18314 116 - 1
UGUGAAUGGUGACUACGUGGUUGUGGCCUAUGUU-UCUAUACUCUCCGCUUGGGUGGUGGUAAUCAAAUCUAUCACCGUGGCUUUUUUCAUUAUUAUUCUGAGUUUAAU--ACAAUUCU
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>DroYak_CAF1 29336 113 - 1
UGUGAAUGGUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUU-UUUAUACCCUGCGCAGGGGUGGUGGUGAUCAAAUCUAUUACCGAAGCUU-UUUCACUAUUAAACAGAGUUUAAUUAACAA----
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>consensus
UGUGUAUGUUGACUACGUAGUUGUGGCCUAUGUGGUAUAAAACGUCCGCAGGAAUGGUGGUGGUCAAAUCUAUCACCGAAGCUUUGUUCAUUAUAGUACAGAGUUUGACUAACAU____
((((.(((((.(((((((((.......)))))))))....))))).))))....(((((((((......)))))))))(((((((((..........)))))))))............. (-20.62 = -24.14 +   3.52)

alignment

Postscript

secondary structure

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