Locus 2098

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,706,495 – 5,706,613
Length 118
Max. P 0.999270
window3413 window3414

overview

Window 3

Location 5,706,495 – 5,706,613
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.92
Mean single sequence MFE -43.62
Consensus MFE -40.16
Energy contribution -40.89
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 3.47
SVM RNA-class probability 0.999270
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5706495 118 + 22224390
-CUAAGACCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU
-................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62)
>DroSec_CAF1 34753 118 + 1
-CAAAGCCCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU
-................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62)
>DroSim_CAF1 32320 119 + 1
UCAAAGCCCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU
.................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62)
>DroEre_CAF1 25549 119 + 1
-CACAUCCCACGCCCCUGUGUUUUUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGUACU
-.(((...((((....))))......((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))))))... ( -42.02)
>DroYak_CAF1 26863 118 + 1
-CAAAGCCCACGCCCCUGUGUU-UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU
-................((((.-...((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). ( -44.62)
>DroAna_CAF1 21701 107 + 1
-UGC--CUCCCGCCC----------UCCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCAGCGCU
-...--.....((.(----------(.(((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).))))))))))))).)).)). ( -41.22)
>consensus
_CAAAGCCCACGCCCCUGUGUU_UUUGCAUUUGCACAUUUGCGGUCAUGUUUAUGCGCGCCAGUUAAUCGAUUAUGCACGGGCUGAGUGAGCAGCGCCGGAAAUGUGCAAAUGCUGCACU
.................((((.....((((((((((((((.((((..(((((((.((.(((.((.............)).))))).)))))))..)))).)))))))))))))).)))). (-40.16 = -40.89 +   0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 5,706,495 – 5,706,613
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.92
Mean single sequence MFE -38.71
Consensus MFE -34.28
Energy contribution -34.94
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.28
SVM RNA-class probability 0.939498
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5706495 118 - 22224390
AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGUCUUAG-
......((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).......- ( -37.26)
>DroSec_CAF1 34753 118 - 1
AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGGCUUUG-
...((.((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).))....- ( -38.96)
>DroSim_CAF1 32320 119 - 1
AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGGCUUUGA
...((.((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).))..... ( -38.96)
>DroEre_CAF1 25549 119 - 1
AGUACAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAAAAACACAGGGGCGUGGGAUGUG-
..((((((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))......(((......)))...))))- ( -38.26)
>DroYak_CAF1 26863 118 - 1
AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA-AACACAGGGGCGUGGGCUUUG-
...((.((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))...-..(((......))).))....- ( -38.96)
>DroAna_CAF1 21701 107 - 1
AGCGCUGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGGA----------GGGCGGGAG--GCA-
.((.((.(((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))).)----------).)).....--...- ( -39.86)
>consensus
AGUGCAGCAUUUGCACAUUUCCGGCGCUGCUCACUCAGCCCGUGCAUAAUCGAUUAACUGGCGCGCAUAAACAUGACCGCAAAUGUGCAAAUGCAAA_AACACAGGGGCGUGGGCUUUG_
......((((((((((((((.((((((((......)))).(((((...............))))).........).))).))))))))))))))......(((......)))........ (-34.28 = -34.94 +   0.67)

alignment

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secondary structure

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