Locus 2

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 17,409 – 17,528
Length 119
Max. P 0.969211
window2

overview

Window 2

Location 17,409 – 17,528
Length 119
Sequences 4
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.68
Mean single sequence MFE -44.38
Consensus MFE -41.15
Energy contribution -41.27
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.64
SVM RNA-class probability 0.969211
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 17409 119 + 22224390
UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAAGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGACACAAAGUGCGCAUUAAUGAGCUAAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU
((((((((((((.((..((((.(((((....))...)))))))(((((.((((.(((.(((...)))))).....)))))).))).))))))))((((.(....)))))..)))))).. ( -43.10)
>DroSec_CAF1 4625 119 + 1
UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGGCACAAGGUGCGCAUUAUUGAGCUGAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU
((((((((((((.((..((((.(((((....))...)))))))(((((.((((((((.(((...))))))....))))))).))).))))))))((((.(....)))))..)))))).. ( -45.00)
>DroSim_CAF1 4696 119 + 1
UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGGCACAAGGUGCGCAUUAUUGAGCUGAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU
((((((((((((.((..((((.(((((....))...)))))))(((((.((((((((.(((...))))))....))))))).))).))))))))((((.(....)))))..)))))).. ( -45.00)
>DroYak_CAF1 45 119 + 1
UCCACAAAGCUCUCUUUCCGAUGCCUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGACACAAGGUGCGAAUCAUUGAGCUAAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACACUUUAUGUGGAGU
((((((((((((.(((.((((..((((....))))....))))(((((.(((((.((.(((...))))).....))))))).)))))))))))).....(....)......)))))).. ( -44.40)
>consensus
UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGACACAAGGUGCGCAUUAUUGAGCUAAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU
(((((((((((((....((((..(.((....)).)....))))(((((.((((((((.(((...))))))....)))))))).))..)))))))((((.(....)))))..)))))).. (-41.15 = -41.27 +   0.12)

alignment

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secondary structure

Postscript

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