Locus 1994

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,479,576 – 5,479,681
Length 105
Max. P 0.982594
window3250

overview

Window 0

Location 5,479,576 – 5,479,681
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.89
Mean single sequence MFE -34.10
Consensus MFE -24.34
Energy contribution -24.57
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 1.92
SVM RNA-class probability 0.982594
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5479576 105 - 22224390
UUGGGGU-------A----UC-CUUUCGCAGGACAUCGCUGUUCAUCGUGACCAGUCUGGUGUACGCGAUCCUUCUGAUCGUCGUGUGCAUUGCAUACGUUAUCAGCGAUGUAACCA
....(((-------.----.(-((.....)))(((((((((.....((((..((((...(..(((((((((.....))))).))))..)))))..))))....))))))))).))). ( -36.80)
>DroVir_CAF1 13489 114 - 1
--UUAUUUUGUUU-GACAUUCGAUUUCACAGGACAUCGCUGUUCAUUGUGACCAGCCUGGUUUAUGCGAUUCUCUUGAUUGUAGUAUGCAUUGCAUAUGUGAUCAGCGAUGUGACCA
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>DroEre_CAF1 13467 105 - 1
UCGCGUU-------A----UC-CUUUCGCAGGACAUCGCUGUUCAUCGUCACCAGUCUGGUGUACGCGAUCCUCCUGAUCGUCGUGUGCAUCGCCUACGUCAUCAGCGAUGUAACCA
..(((..-------.----..-....))).(((((((((((.....(((....((..(((((((((((((..........))))))))))))).)))))....)))))))))..)). ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 7269 117 - 1
UAACAUUCUGUUGACACAUUCGCUUUGACAGGACAUCGCUCUUCAUUGUGACCAGCUUGGUGUAUGCGAUUCUCUUGAUUGUCGUAUGCAUUGCGUAUGUGAUCAGCGAUGUGACCA
...(((..(((((((((((.(((.....((((...((((........))))....))))(((((((((((((....))..))))))))))).))).))))).))))))..))).... ( -39.30)
>DroAna_CAF1 4882 113 - 1
UCCCGCC--AAUU-GCCCUUC-GAUUCGCAGGACAUCGCUCUUCAUUGUGACCAGCCUGGUGUACGCGAUCCUCCUGAUCGUCGUCUGCAUCGCUUACGUAAUCAGUGACGUAACCA
(((.((.--((((-(.....)-)))).)).)))..((((........)))).......(((((((((((((.....))))).)))..)))))(.((((((........)))))).). ( -28.20)
>DroPer_CAF1 4001 100 - 1
UCCCGGC--CAU---------------ACAGGACAUCGCUAUUCAUCGUGACCAGCCUGGUGUACGCAAUCCUCCUGAUCGUCGUAUGCAUUGCAUACGUGAUCAGCGAUGUGACCA
....(((--(..---------------...))((((((((......(((((((.....))).))))..........(((((.(((((((...))))))))))))))))))))..)). ( -34.10)
>consensus
UCCCGUU____U__A____UC_CUUUCACAGGACAUCGCUGUUCAUCGUGACCAGCCUGGUGUACGCGAUCCUCCUGAUCGUCGUAUGCAUUGCAUACGUGAUCAGCGAUGUAACCA
..............................((((((((((....(((((((((.....)))...))))))......(((...(((((((...)))))))..)))))))))))..)). (-24.34 = -24.57 +   0.22)

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