Locus 1988

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,462,351 – 5,462,489
Length	138
Max. P	0.820009

overview

Window 0

Location	5,462,351 – 5,462,462
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.85
Mean single sequence MFE	-50.35
Consensus MFE	-30.82
Energy contribution	-31.02
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.98
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.42
SVM RNA-class probability	0.729048
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5462351 111 + 22224390
--------ACUCACCGCUUCAGGUGCUCCAGCAUGUACUGCAGACAGCUGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGGCGCUGCUCGGCCUGCUUG-CCGGUG
--------...((((((..(((((((.(((((...(((..(((....)))..)))((((((.(((((((...)).)))))))))))....))))).))......)))))...)-.))))) ( -54.80)
>DroVir_CAF1 2216 119 + 1
GCAAUAGGACUCACCGCUUGAGAUGCUCCAGCAUAUACUGCAGGCAACUGUAGUGGGCCGGCGGCAGGCGACGCACUGCGUCCGCCAUUAGCUGCAGCUGCUCCGUUGGCAUU-GCAUUG
(((((........(((((.(((...))).)))....(((((((....)))))))))((((((((..((((((((...)))).))))..((((....))))..)))))))))))-)).... ( -53.30)
>DroPse_CAF1 210 115 + 1
----AACUACUCACCGCUUGAGGUGCUCCAGCAUGUACUGCAGGCAGCUGUAGUGGGCCGGAGGCAGACGACGCACUGCCUCUGACAUCAUCUGCAGCUGCUCCGCCUGUUUG-GUGUUC
----.......((((((...(.((((....)))).)...)).((((((((((((((..(((((((((........)))))))))...))).)))))))))))..........)-)))... ( -50.60)
>DroGri_CAF1 483 117 + 1
GCGCU--AACUCACCGCUUGAGAUGCUCCAGCAUGUAUUGCAGGCAACUAUAGUGGGCAGGCGGUAGUCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGCAGCUGUUCCGCUUGCUUG-GCGUUG
(((((--((((((..(((((..((((........))))..))))).......(..((((((((........))).)))))..)....))))..(((((......)).))))))-)))).. ( -43.00)
>DroEre_CAF1 1179 113 + 1
----A--CACUUACCGCUUCAGGUGCUCCAGCAUGUACUGCAGACACGAGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGCCGUUGCUCCGCCUGAUUG-CUGGUG
----.--....((((((.(((((((....((((...((.((((.(((.....)))((((((.(((((((...)).))))))))))).....)))).)))))).)))))))..)-).)))) ( -49.60)
>DroPer_CAF1 210 116 + 1
----AACUACUCACCGCUUGAGGUGCUCCAGCAUGUACUGCAGGCAGCUGUAGUGGGCCGGAGGCAGACGACGCACUGCCUCUGACAUCAUCUGCAGCUGCUCCGCCUGUUUGAGUGUUC
----...((((((..((...(.((((....)))).)...)).((((((((((((((..(((((((((........)))))))))...))).))))))))))).........))))))... ( -50.80)
>consensus
____A__UACUCACCGCUUGAGGUGCUCCAGCAUGUACUGCAGGCAGCUGUAGUGGGCCGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGCAGCUGCUCCGCCUGCUUG_GCGUUG
....................(((((...((((...((((((((....))))))))(((.((.(((((........))))).)))))..........))))...)))))............ (-30.82 = -31.02 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,462,383 – 5,462,489
Length	106
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.90
Mean single sequence MFE	-43.73
Consensus MFE	-35.12
Energy contribution	-35.65
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.820009
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5462383 106 + 22224390
CAGACAGCUGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGGCGCUGCUCGGCCUGCUUGCCGGUGCCUGCAACAGAUCAAAAUAGAU-AGAGA
..((...((((.(..(((.(((((.(((((......))))))))))....(((((((..((.......)).))))))))))..).)))).)).........-..... ( -45.50)
>DroVir_CAF1 2256 103 + 1
CAGGCAACUGUAGUGGGCCGGCGGCAGGCGACGCACUGCGUCCGCCAUUAGCUGCAGCUGCUCCGUUGGCAUUGCAUUGCCUGCAAAGAA----AUCAAAUUAGCGU
(((((((.((((((..((((((((..((((((((...)))).))))..((((....))))..))))))))))))))))))))).......----............. ( -43.30)
>DroSec_CAF1 2200 102 + 1
CAGACAGCUGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGGCGCUGCUCCGUCUGCUUGCCGGUGCCUGCAACAGAUAAAAAUAGAU-A----
.......((((.(..(((.(((((.(((((......))))))))))....(((((((..((.......)).))))))))))..).))))............-.---- ( -44.80)
>DroSim_CAF1 1941 102 + 1
CAGACAGCUGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUAAGCUGGCGCUGCUCCGUCUGCUUGCCGGUGCUUGCAACAGAUAAAAAUAAAU-A----
.......((((.(..(((.(((((.(((((......))))))))))....(((((((..((.......)).))))))))))..).))))............-.---- ( -43.10)
>DroEre_CAF1 1213 100 + 1
CAGACACGAGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGCCGUUGCUCCGCCUGAUUGCUGGUGCCUGCAACAGAUGACA---GAU----GA
(((.(((.((..((((((((((((.(((((......))))))))))..((((.......))))))))).))..)).))).)))............---...----.. ( -45.10)
>DroYak_CAF1 1271 93 + 1
CAGACACCUGUGAUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUCAGCUGCCGCUGCUCCGUCUGCUUGGCGGUGCCUGCAAGAGA---------AU----U-
(((.((((..((((((.((((.(((((((...)).)))))))))))))))...((((..((.......)).)))))))).))).......---------..----.- ( -40.60)
>consensus
CAGACAGCUGUGGUGGGCGGGCGGCAGGCGACGCACUGCCUCCGCCAUGAGCUGCCGCUGCUCCGUCUGCUUGCCGGUGCCUGCAACAGAU_AAAAUAGAU_A__G_
.......((((.((((((.(((((.(((((......))))))))))....(((((((..((.......)).))))))))))))).)))).................. (-35.12 = -35.65 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

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