| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 677,581 – 677,689 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.804693 |
| Location | 677,581 – 677,689 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.05 |
| Mean single sequence MFE | -51.13 |
| Consensus MFE | -37.36 |
| Energy contribution | -37.33 |
| Covariance contribution | -0.03 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -1.59 |
| Structure conservation index | 0.73 |
| SVM decision value | 0.63 |
| SVM RNA-class probability | 0.804693 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 677581 108 + 22224390 AACGGGCACGGAUAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGUUGCCUCGACGGUGGCAGCGGAGUUCCCGGCGUGCUA------CCCAGGGUACCGUGUCCAUCCCCGGU ...((((((((.......((((((((((((...)))))))).))))(((((....(((((((((((.....)).)).)))))------))..)))))))))))))......... ( -48.30) >DroVir_CAF1 2430 110 + 1 AACGGGCACGGAUAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGCUGUCGCGUCGGCGGCUGGGGUGUGCCCGGUGUGCCGCUGCUGCCCAGCGUGCCAUUUGCAUCAU---- ....(((((((.((((((.....((((((((((((((((.....))))))).).)))))))).(((....)))))))))))((((.....)))))))))...........---- ( -52.70) >DroPse_CAF1 2078 114 + 1 CACGGGCACCGAAAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGCUGCCGCGUUGGCGGCAGCGGAGUGCCCGGUGUGCCGCUGCCUCCCACUGUUCCAUUGCCGUCGCCAGU ....(((..((.(((...((((((((((((...))))))))...((((((((....))))))))((((.((.(((....)))..))))))..))))...)))..))..)))... ( -51.50) >DroMoj_CAF1 2394 110 + 1 GACGGGCACGGAUAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGCUGUCGCGUCGGCGGCUGGGGCGUGCCCGGCGUGCCGCUGCUGCCCAGUGUACCGUUCGCAUCGU---- .((((((((((.(((((......((((((((((((((((.....))))))).).)))))))).(((((.((.(((....)))..))))))).)))))))))..)).))))---- ( -51.50) >DroAna_CAF1 2724 102 + 1 AACGGGCACGGAUAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGCUGCCUCGACGGCGGUAAUGGUGUGCCCGGCGUACUG------CCCAGUGUUCCGUGUCCGU------C .(((((((((((.....(((....((((((((.((((((.....))))))..).)))))))...(((((((.....)))).)------))..))).)))))))))))------. ( -51.30) >DroPer_CAF1 1566 114 + 1 CACGGGCACCGAAAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGCUGCCGCGUUGGCGGCAGCGGAGUGCCCGGUGUGCCGCUGCCUCCCACUGUUCCAUUGCCGUCGCCAGU ....(((..((.(((...((((((((((((...))))))))...((((((((....))))))))((((.((.(((....)))..))))))..))))...)))..))..)))... ( -51.50) >consensus AACGGGCACGGAUAUAUCACAGAAGCCGCCGCUGGCGGUUUGUUGCUGCCGCGUCGGCGGCAGCGGAGUGCCCGGCGUGCCGCUGC__CCCAGUGUUCCAUUUCCAUCGC___U ..(((((((.............((((((((...))))))))(((((((((.....)))))))))...)))))))........................................ (-37.36 = -37.33 + -0.03)
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