Locus 1949

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,336,761 – 5,336,878
Length 117
Max. P 0.579852
window3169

overview

Window 9

Location 5,336,761 – 5,336,878
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.42
Mean single sequence MFE -43.04
Consensus MFE -29.21
Energy contribution -29.18
Covariance contribution -0.03
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.46
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.579852
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5336761 117 + 22224390
UCCACAGAUACAUCUACGUUUGCCACGCCCCCAUGGCCCGAACGUGGUGCACGAUGCCGCGUGUGAGGCGGUGCACGGCGUAUAUUGCAUUGCUGGCGUUUCUGCACCAACUGCCCA
....(((........(((((((....(((.....))).)))))))((((((.(((((((((((..(.(((.(....).)))...)..)).))).))))))..))))))..))).... ( -40.30)
>DroVir_CAF1 77754 117 + 1
AUUACAGGUACAUUUACGUCUGUCAUGCUCCGAUGGCACGCACCUGGUGCACCAUGCCGCGAGUAAGGCGUUGCACCUUCUACAUAGCCCUGCUGGCGUUUUUGCACCAGCUGCCGC
......((((.......((.((((((......)))))).))..((((((((......(((.((((.(((.................))).)))).)))....)))))))).)))).. ( -38.53)
>DroPse_CAF1 85061 117 + 1
CUCGCAGAUAUAUCUACGUGUGCCACGCCCCCAUGGCCCGCACCUGGUGCACUAUGCCGCGGGUGAAGCGCUGCACGGUGUACAUCGCACUGCUGGCGUUCCUGCACCAGCUGCCAC
...((((..........(((.((((........)))).)))..((((((((..(((((((((((((.(((((....)))))...)))).)))).)))))...))))))))))))... ( -49.90)
>DroGri_CAF1 69944 117 + 1
AUUGCAGGUACAUUUACGUGUGUCAUGCCCCAAUGGCACGGACCUGGUGCACAAUGCCGCGCGUGAGGCGUUGCACCUUCUAUAUUGCGCUGCUGGCGUUUCUGCAUCAGUUGCCAC
......((((........((((((((......))))))))...((((((((.((((((((((((((((.......)))).......)))).)).))))))..)))))))).)))).. ( -41.51)
>DroMoj_CAF1 100466 117 + 1
AUUUCAGGUACAUCUACGUGUGCCAUGCACCGAUGGCACGCACCUGGUGCACGAUGCCGCGCGUGAAGCGGUGCACCUUCUACAUUGCGUUGCUGGCAUUUCUGCACCAGCUGCCGC
......((((.......(((((((((......)))))))))..((((((((.(((((((.(((....((((((.........))))))..))))))))))..)))))))).)))).. ( -51.50)
>DroAna_CAF1 67505 117 + 1
CCCACAGGUAUAUCUACGUCUGCCACGCCCCCAUGGCCAGGACCUGGUGCACCAUGCCAAGGGUGAAGCGCUGCACCGUCUACAUCGCGCUGCUGGCGUUCCUCCACCAGCUGCCCC
......((((.......((((((((........))))..))))((((((((((........)))).(((((((((.(((.......))).))).))))))....)))))).)))).. ( -36.50)
>consensus
AUCACAGGUACAUCUACGUGUGCCACGCCCCCAUGGCACGCACCUGGUGCACCAUGCCGCGCGUGAAGCGCUGCACCGUCUACAUUGCGCUGCUGGCGUUUCUGCACCAGCUGCCAC
......((((.......((((((((........))))..))))((((((((..(((((........((((.(((............))).)))))))))...)))))))).)))).. (-29.21 = -29.18 +  -0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:22:35 2006