| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,268,554 – 5,268,654 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.889026 |
| Location | 5,268,554 – 5,268,654 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 100 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.33 |
| Mean single sequence MFE | -35.32 |
| Consensus MFE | -21.75 |
| Energy contribution | -22.50 |
| Covariance contribution | 0.75 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -1.97 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| SVM decision value | 0.95 |
| SVM RNA-class probability | 0.889026 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5268554 100 - 22224390 CCACCGGCCGCCGCCAGAGACCCUCUACUGCUGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUUGGUGUGAGAUGCUCCAGCGCGGCUUUAAGCU .....((((((....((((...))))...(((((((.((((.((((((......)))))).((((.....))))..)))))))))))))))))....... ( -38.40) >DroSec_CAF1 5344 94 - 1 C------CCGCCGCCAGAGACCCUCUACCACUGGAAUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUAGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGACUUAAUCU .------((((.((..(((..((((((((...(((.((((...)))))))(((((...)))))......)))).))))..)))..))))))......... ( -32.90) >DroSim_CAF1 691 94 - 1 C------CCGCCGCCAGAGACCCUCUACCGCUGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUAGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGACUUAAUUU .------((((.((..(((..((((((((...(((.((((...)))))))(((((...)))))......)))).))))..)))..))))))......... ( -32.90) >DroEre_CAF1 5223 94 - 1 C------CCACCGCCAGAGCCCCUCCUCCGCCGGUGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACGAUCGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGCCUUAAUCC .------((((.((..((((....(((((((((((((.(((((.((((......))))))))))).))))))).)))).))))..))))))......... ( -38.10) >DroYak_CAF1 729 94 - 1 C------CCAUCGCCAGAGCCCCUCCUCCGCCGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACGAUCGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGAUUUAAUCU .------(((.(((..((((....(((((((((..((((((.((((((......)))))).).)))))))))).)))).))))..))))))......... ( -37.40) >DroPer_CAF1 3746 91 - 1 -------CCGCUGCUCGUGGC--GGUACUGUUGAUAUCCUCAAAGGAGCCACCCGUCAUGGGCACAAUGGGUCCAAGCGUCUGCAGGGCCGAUUUAAAUU -------..(.((((((((((--((....((.(...(((.....))).).)))))))))))))))(((.(((((..((....)).))))).)))...... ( -32.20) >consensus C______CCGCCGCCAGAGACCCUCUACCGCUGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUAGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGACUUAAUCU .......(((.(((..(((..((((((((...(((.((((...)))))))(((((...)))))......)))).))))..)))..))))))......... (-21.75 = -22.50 + 0.75)
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