Locus 1889

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,241,756 – 5,241,865
Length 109
Max. P 0.966589
window3070

overview

Window 0

Location 5,241,756 – 5,241,865
Length 109
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.56
Mean single sequence MFE -28.02
Consensus MFE -26.00
Energy contribution -26.00
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966589
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5241756 109 - 22224390
UU-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
.(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.70)
>DroVir_CAF1 20677 108 - 1
-U-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
-(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.50)
>DroGri_CAF1 19568 109 - 1
UU-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
.(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.70)
>DroWil_CAF1 21038 118 - 1
UUGGAUUUUGGAUUUA--GAUCUCUAAAAAAAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
.....(((((((....--....))))))).......((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -29.50)
>DroMoj_CAF1 22832 109 - 1
UU-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
.(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.70)
>DroAna_CAF1 16675 111 - 1
UU-----GAUGA--UAGAGAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
..-----.....--((((....))))..--......((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -28.00)
>consensus
UU_____GUUGA__UA__GAUCUCUAAA__AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG
....................................((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) (-26.00 = -26.00 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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