Locus 1814

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,021,124 – 5,021,222
Length	98
Max. P	0.861297

overview

Window 7

Location	5,021,124 – 5,021,222
Length	98
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.47
Mean single sequence MFE	-36.37
Consensus MFE	-20.08
Energy contribution	-22.33
Covariance contribution	2.25
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.861297
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5021124 98 + 22224390
GGCGGU----------GAGAUACC---AUCCAGUCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---ACCGGCUGUGGUUGUGCCACCACUGCAAUUGCAACCCUCAUCACCGCUAUUUGUGGA
((((((----------(((((...---.....)))))...((((((((((....---.))))))).((((((((.......))....))))))...)))))))))......... ( -34.80)
>DroPse_CAF1 116479 99 + 1
---GGUGCCCCCCACCGAGGCAUCGUCCUCGAGCCUCUUCGAC-UGCCAG--CC---CCCGGCUGUGGCG------CCGCACCAGCUGCAGGCACCCUCCCCGCUGCUCCUGGA
---((((((.......(((((.(((....))))))))......-...(((--((---...))))).))))------))...((((..((((............))))..)))). ( -40.70)
>DroSec_CAF1 87035 98 + 1
GGCGGU----------GAGAUACC---AUCCAGUCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---ACCGGCUGUGGUGGUGCCACCACUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA
.(((((----------(((((...---.....))))).......((((((....---.))))))((((((....))))))....)))))...........((((.....)))). ( -38.50)
>DroEre_CAF1 91434 98 + 1
GGCGGU----------GAGAUACC---AUCCAGUCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---ACCGGCUGUUGUGGUUCCACCACUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA
.(((((----------(((((...---.....)))))......(((((((....---.)))))))..((((.....))))....)))))...........((((.....)))). ( -35.50)
>DroYak_CAF1 88454 98 + 1
GGCGGU----------GAGAUACC---AUCUAGCCUCUUCGAUCAGCCGGGACA---AGCGGCUGUGGUGGUGCCACCAGUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA
...(((----------(((.((((---((((((((.(((.(.((......))))---)).))))).))))))).......(((....)))...)))))).((((.....)))). ( -34.10)
>DroAna_CAF1 86052 92 + 1
G---GU----------GAGCUGCC---ACCCAGCCUGUUCGAUCAGCCCGGACAGCCACCGGCUGUGGG---U---CCAUUGCAGCUGCAGCCCUCAUCCCCGCUGUUCGUGGA
(---((----------(((((((.---.....(.(((((((.......))))))).)...(((((..(.---.---...)..))))))))))..))))).((((.....)))). ( -34.60)
>consensus
GGCGGU__________GAGAUACC___AUCCAGCCUCUUCGAUCAGCCGGGACA___ACCGGCUGUGGUGGUGCCACCACUGCAACUGCAACCCUCAUCACCACUAUUUGUGGA
.(((((..........(((((...........)))))........(((((........)))))((((((((.....)))))))))))))...........((((.....)))). (-20.08 = -22.33 +   2.25)

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