Locus 1813

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,020,719 – 5,020,830
Length 111
Max. P 0.554290
window2956

overview

Window 6

Location 5,020,719 – 5,020,830
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.83
Mean single sequence MFE -46.55
Consensus MFE -26.85
Energy contribution -26.67
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.554290
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5020719 111 - 22224390
CGACUG------GGACUGUGAUUGAGAUUGCGAUUGCGAUUGCGAUUCCUGAUCGUAUGAAUCACUUAUCACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAACGUCGA
((((((------((...((((((.(((((((....))))))((((((...)))))).).))))))..((((((((.(((((....))))).)))))))).......))))..)))). ( -45.60)
>DroGri_CAF1 132134 111 - 1
UGAUUGCGAUUGCGAUUGGGAUUGUGAUUGCGACUGGGAUUGU---UCCUGGUCAUAGGAGUCACUGAUGACGCUCGCUGUGGAGGCGGUUGGCGUGGU---GGUGCUCAACGUCGA
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>DroSec_CAF1 86630 111 - 1
CGAUUG------GGACUGCGAUUGAGAUUGCGAUUGCGAUUGCGAUUCCUGAUCGUAUGAAUCACUUAUCACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUACUGCCCAACGUCGA
((((((------((..((((((((..((((((((....))))))))..).)))))))..........((((((((.(((((....))))).)))))))).......))))..)))). ( -45.00)
>DroEre_CAF1 91029 111 - 1
CGACUG------GGACUGCGAUUGCGAUUGAGACUGCGAUUGCGAUUCUUGAUCGUAUGAAUCACUUAUAACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAACGUCGA
((((((------((..((((((((((((..(((.(((....)))..)))..)))))..............(((((.(((((....))))).))))))))))))...))))..)))). ( -45.50)
>DroYak_CAF1 88055 105 - 1
CGACUG------GGAUUGUGACUGCGAUUGCGAC------UGCGAUUCCUGAUCGUAUGAGUCACUUAUUACGCUGGCCGUAGAGGCGGUGGGCGUAGUCGCGCUGCCCAACGUCGA
((((((------((..(((((((((......(((------(((((((...))))))...)))).........(((.(((((....))))).))))))))))))...))))..)))). ( -46.10)
>DroAna_CAF1 85653 111 - 1
GGACUG------GGACUGGGACUGGGACUGCGAUUGGGAUUGCGACUCCUGGUCGUAGGAAUCACUGAUAACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAGCGUCGA
.(.(((------((.(((.(((..(((.((((((....))))))..)))..))).)))....(((.(((.(((((.(((((....))))).))))).))))))...))))))..... ( -50.40)
>consensus
CGACUG______GGACUGCGAUUGAGAUUGCGACUGCGAUUGCGAUUCCUGAUCGUAUGAAUCACUUAUAACGCUGGCCGUGGAGGCGGUGGGCGUGGUCGUGCUGCCCAACGUCGA
((((........((..(((((((........((((.....((((((.....))))))..)))).......(((((.(((((....))))).))))))))))))...))....)))). (-26.85 = -26.67 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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