| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,921,399 – 4,921,510 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.692952 |
| Location | 4,921,399 – 4,921,510 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 86.55 |
| Mean single sequence MFE | -28.30 |
| Consensus MFE | -17.82 |
| Energy contribution | -19.18 |
| Covariance contribution | 1.36 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -2.51 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.692952 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4921399 111 + 22224390 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCU-GUAUAUAUAAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAUUAGGGUGGCUCGACA ....(((((.((((((((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).))))-))(((((((.....)))))----))...............)))))))... ( -30.00) >DroSec_CAF1 8057 112 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCUGGUAUAUAUUAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAUUAGGGCGGCUCGACC ....(((((((..(((((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).)))))((((((((((....)).))----))))))..........)).)))))... ( -33.00) >DroEre_CAF1 7807 111 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCU-AUAUAUAUUAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAUUAGGGUGGCUCGACC ....(((((.((.(.(((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).)))(-((((((((((....)).))----))))))).......)..)))))))... ( -27.80) >DroYak_CAF1 7816 111 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCA-AUAUAUAUUAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAGAAGGGUGGCUCGACA ....(((((.((.(.(((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).))).-((((((((((....)).))----))))))........)..)))))))... ( -27.10) >DroAna_CAF1 8783 111 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUGUUCUAGAU-GUGGACAUAUAGUAUCCG-AUAGGUAGU-GUAUAUAUCGGU-AUAUAACGGGAUAUAUAGAGA-UGGGAUGGUGCGACU .......((((..............((((((.....-..))))))....(((((.-((......(-((((((..((..-......))..)))))))...)-).))))))))).... ( -23.60) >consensus AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCU_GUAUAUAUUAGCAAUAUAU____AUGUAUAAAUAUUAGGGUGGCUCGACA ....(((((((.....((((((....))))))(((((..(((((((((.......)))))))))...)))))....)).((((((....)))))).............)))))... (-17.82 = -19.18 + 1.36)
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