Locus 165

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 617,927 – 618,032
Length 105
Max. P 0.749361
window262

overview

Window 2

Location 617,927 – 618,032
Length 105
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.52
Mean single sequence MFE -53.58
Consensus MFE -39.49
Energy contribution -39.77
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.749361
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 617927 105 - 22224390
UUGCUGCACCUGCUGCGAUCCUGGUUGAUCA-GCG--GCCAUGGGCGCCAGUGGUGCUGGACCCUCGCCGGCGGAAGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGGUAGCAGGC
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>DroPse_CAF1 7127 100 - 1
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>DroEre_CAF1 2578 100 - 1
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-----...((((((((((((......)))).-.((--(((.(.((((((...)))))).).(((((((((((.......)))))))).))).).)))).)))))))). ( -52.00)
>DroWil_CAF1 2874 103 - 1
-----GCACUUGCUGUAAUCCGGGCUGCACCUGUGGUACCAUCGGAGCCAAUGGGGCGGGACCCUCGCCGGCGGGUGCCGCUGGCGGUGGUGGUGCCGGAUAGCAGGC
-----...((((((...((((((.((((.((((((((.((...)).))).))))))))).(((.((((((((((...)))))))))).)))....)))))))))))). ( -53.90)
>DroYak_CAF1 1325 100 - 1
-----GCACCUGCUGCAUUCCUGGUUGAUCG-GCG--GCCAUGGGCGCCAGUGGUGCUGGACCCUCGCCGGCGGGCGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGGUAGCAGGC
-----...((((((((...((((((((....-.))--)))).))(((((...)))))(((((((((((((.(((......))).)))))))))).))).)))))))). ( -55.80)
>DroPer_CAF1 15104 100 - 1
-----GCACCUGCUGAGACCCUGGUUGGGCC-GCU--GCCAUGGGAGCCAAUGGAGCAGGUCCUUCGCCGGGUGCUGCCGUCGGUGGCGGAGGCGCCGGAUAGCAGGC
-----...(((((((...((.((((.(((((-(((--.((((.(....).))))))).)))))...))))((((((.((((.....)))).)))))))).))))))). ( -49.80)
>consensus
_____GCACCUGCUGCGAUCCUGGUUGAUCC_GCG__GCCAUGGGAGCCAAUGGUGCUGGACCCUCGCCGGCGGAUGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGAUAGCAGGC
........((((((((....(((((.......((....((((.(....).)))).))...((((((((((.(((......))).))))))))))))))))))))))). (-39.49 = -39.77 +   0.28)

alignment

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