Locus 1587

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,551,613 – 4,551,733
Length 120
Max. P 0.890566
window2603

overview

Window 3

Location 4,551,613 – 4,551,733
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.50
Mean single sequence MFE -55.93
Consensus MFE -24.69
Energy contribution -22.83
Covariance contribution -1.86
Combinations/Pair 1.62
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.44
SVM decision value 0.96
SVM RNA-class probability 0.890566
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4551613 120 + 22224390
AAUGGUAUCGUUGGUGCCCAAGUUCCGCUCGGCGCGGGAAUUGGCCUCGCGCACAGUUAUCGCAAGGACAACGGCGUGUCGGUGGUCCUUUAUGGUGAUGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG
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>DroVir_CAF1 4503 120 + 1
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>DroEre_CAF1 3784 120 + 1
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>DroWil_CAF1 4239 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 4328 120 + 1
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>DroAna_CAF1 5351 120 + 1
AAUGGCAUUGUCGGGGCCCAGGUCCCACUGGGUGCCGGUGUCGCCCUCGCCCAUCAGUACCGACGGGAUGGGGGCGUCUGUGUGGCCCUCUAUGGUGACGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG
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>consensus
AAUGGCAUAGUUGGUGCCCAAGUGCCGCUGGGCGCCGGAAUCGCCCUCGCCCAUCGCUAUCGGGACGAUGACGGCGUGUGUGUGGCCCUCUAUGGCGACGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG
..((((......(((((....)))))....((((((((.......)))))...............((.((.((.(((..(((.....))).))).)).))...))))).......)))). (-24.69 = -22.83 +  -1.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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