Locus 1581

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,533,275 – 4,533,372
Length 97
Max. P 0.500000
window2593

overview

Window 3

Location 4,533,275 – 4,533,372
Length 97
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.38
Mean single sequence MFE -41.25
Consensus MFE -25.00
Energy contribution -23.58
Covariance contribution -1.41
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.61
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4533275 97 - 22224390
GUCGUAGG---------CGGCUCUG--AUUGGCCAGAACACGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGCUUGGCGGGCGACGUCUGGCACCAGUGAU-GCUUAUUAUCGAUUC---GA
((((((((---------((.(.(((--....((((((...((....((((((.(((((...))))).)))))).))))))))..))).).)-)))))....))))..---.. ( -37.40)
>DroPse_CAF1 8166 103 - 1
GUUGUCGG---G----CCGGC-CUGCUAUUGGUCAGAACUGGGCGGCGUCUGGCAGACGACAUCUGGCAGGCCGCGUCUGGCAACAGUGAU-GCCCGUGUUUGAGUAGUCGA
((((((((---(----(((((-((((((...(((....(..(((...)))..).....)))...)))))))))).))))))))))..((((-((.((....)).))).))). ( -45.30)
>DroSec_CAF1 6561 97 - 1
GUCGUAGG---------CGACUCUG--AUUGGCCAGAGCAGGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGUUUGGCAGGCGGCGUCUGGCAGCAGUGAU-GACUGUUAUCGAUUC---GA
((((....---------))))((.(--((((((((((.....(((((..(((.(((((...))))).)))))))).))))))((((((...-.))))))..))))).---)) ( -39.00)
>DroSim_CAF1 6202 97 - 1
GUCGUAGG---------CGACUCUG--AUUGGCCAGAGCAGGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGUUUGGCAGGCGGCGUCUGGCAGCAGUGAU-GACUGUUAUCGAUUC---GA
((((....---------))))((.(--((((((((((.....(((((..(((.(((((...))))).)))))))).))))))((((((...-.))))))..))))).---)) ( -39.00)
>DroMoj_CAF1 28006 99 - 1
---GUAGGCGAUAUGCUCGUAGCUG--AUUGGCUACGAGACGGCGGCGUCUGCCAGGCGGCUUCUGGCAGGCCGCUUCUGGCAACAGUACUUACAGUUUUAUGU--------
---(((((.......(((((((((.--...)))))))))..((((((..((((((((.....)))))))))))))).(((....)))..)))))..........-------- ( -45.30)
>DroPer_CAF1 8117 104 - 1
GUUGUCGG---G----CCGGCCCUGCUAUUGGUCAGAACUGGGCGGCGUCUGGCAGACGACAUCUGGCAGGCCGCGUCUGGCAACAGUGAU-GCCCGUGUUUGAGUAGUCGA
...((.((---(----....))).)).((((.(((((..(((((((((((((.((((.....)))).)))).)))..(((....)))...)-)))))..))))).))))... ( -41.50)
>consensus
GUCGUAGG_________CGGCUCUG__AUUGGCCAGAACAGGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGUCUGGCAGGCCGCGUCUGGCAACAGUGAU_GCCUGUUAUCGAUUC___GA
......................(((......((((((.....(((((..(((.((((.....)))).)))))))).))))))..)))......................... (-25.00 = -23.58 +  -1.41)

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