Locus 1542

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,451,752 – 4,451,851
Length 99
Max. P 0.955556
window2525

overview

Window 5

Location 4,451,752 – 4,451,851
Length 99
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.12
Mean single sequence MFE -38.76
Consensus MFE -23.88
Energy contribution -23.68
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.06
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 1.46
SVM RNA-class probability 0.955556
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4451752 99 + 22224390
GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGAAUAU-GUA------UG------------UGUGU--GUACUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG
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>DroSec_CAF1 53221 107 + 1
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>DroSim_CAF1 54559 105 + 1
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.(((((((...((......))..((((.((((((..((.....))((((((..((((..((((-(....))))).------------)))))--)))))))))))))))....))))))) ( -35.50)
>DroEre_CAF1 55167 115 + 1
GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGUUACAGAUACAGAUAGAGAACAU-ACACAUAUGUGUGUGUACACAUG--UGU--GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG
.(((((((...((......))..((((.(((((((....(((....((....))....))).(-((((((((((((....)))))))--)))--))).)))))))))))....))))))) ( -44.90)
>DroYak_CAF1 53890 112 + 1
GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGAGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGAAUACUAUA------UGUGUGUACACAUGUGUGU--GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG
.(((((((((((.(((((.......(((.((........)))))(.(((((.((((......)))).------))))).).....))))).)--))))((((....))))....)))))) ( -36.90)
>consensus
GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGAAUAU_AUA_AUAU_UG____________UGUGU__GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG
.(((((((...((......))..((((.(((((((.....((((.......).)))..................................((....)))))))))))))....))))))) (-23.88 = -23.68 +  -0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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