Locus 1519

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,435,129 – 4,435,241
Length 112
Max. P 0.913579
window2465

overview

Window 5

Location 4,435,129 – 4,435,241
Length 112
Sequences 4
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.90
Mean single sequence MFE -33.10
Consensus MFE -26.20
Energy contribution -26.07
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.09
SVM RNA-class probability 0.913579
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4435129 112 - 22224390
CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCUGCUGCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGAGUGUGUGUGUGUGUGUAUAUACAUCUUAUG
(((.((((...))))..(..((((((((((((((((((((.(((.((((((((...))))..)))).))).))))))))))))))))))))..))))............... ( -36.50)
>DroSec_CAF1 37536 105 - 1
CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCU---GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGAGUGUGUGUGUG----UAUAUACAUCUUAUG
....((((...)))).((..((((((((((((((((((((.(((.(((---(((.....)).)))).))).))))))))))))))))))))..----))............. ( -33.40)
>DroSim_CAF1 38415 91 - 1
CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCACUUAUAUGUGUGUAUCUGCU---GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGCGAGUGUGUGUGUG----U--------------
....((((...))))..(..((((((((((..((((((((.(((.(((---(((.....)).)))).))).))))))))..))))))))))..----)-------------- ( -30.50)
>DroYak_CAF1 37579 105 - 1
CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCU---GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGGGUGUGUGUGUAU----AUAUACAUCUUAUG
(((((((((....((....((((((((((....))))))))))..)).---)))))(((((.(....).))))).)))).((((((((((....----)))))))))).... ( -32.00)
>consensus
CACAGCAGCCUCUGCCUAUGUAUAUGCAUUUAUAUGUGUGUAUCUGCU___GCUGCGCAGGACAGUCGAUUUGCAUGUGUGAGUGUGUGUGUG____UAUAUACAUCUUAUG
....((((...)))).....((((((((((((((((((((.(((.(((....((.....))..))).))).))))))))))))))))))))..................... (-26.20 = -26.07 +  -0.13)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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