Locus 1510

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,430,617 – 4,430,737
Length 120
Max. P 0.999634
window2440 window2441

overview

Window 0

Location 4,430,617 – 4,430,737
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -26.40
Consensus MFE -26.40
Energy contribution -26.40
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.628051
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4430617 120 + 22224390
GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC
((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40)
>DroSec_CAF1 32963 120 + 1
GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC
((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40)
>DroSim_CAF1 34290 120 + 1
GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC
((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40)
>DroEre_CAF1 34058 120 + 1
GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC
((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40)
>DroYak_CAF1 33310 120 + 1
GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC
((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40)
>consensus
GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC
((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) (-26.40 = -26.40 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 4,430,617 – 4,430,737
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -38.00
Consensus MFE -38.00
Energy contribution -38.00
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.61
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 3.81
SVM RNA-class probability 0.999634
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4430617 120 - 22224390
GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC
((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00)
>DroSec_CAF1 32963 120 - 1
GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC
((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00)
>DroSim_CAF1 34290 120 - 1
GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC
((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00)
>DroEre_CAF1 34058 120 - 1
GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC
((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00)
>DroYak_CAF1 33310 120 - 1
GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC
((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00)
>consensus
GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC
((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... (-38.00 = -38.00 +   0.00)

alignment

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