Locus 1480

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,415,767 – 4,415,884
Length 117
Max. P 0.725479
window2370

overview

Window 0

Location 4,415,767 – 4,415,884
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.98
Mean single sequence MFE -33.64
Consensus MFE -30.46
Energy contribution -30.74
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.725479
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4415767 117 - 22224390
GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU---GUUUGCUGCUG
((..(((((.((((..((((((..((((((((((.....)))..)))))))))))...............(((((.....)))))...............))))))---.)))))..)). ( -33.70)
>DroSec_CAF1 18174 120 - 1
GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUUGUUGUUUGCUGCUG
((..(((((.((((....((((..((((((((((.....)))..))))))))))).....))))(((((.(((((.....))))).((((.....))))....)))))..)))))..)). ( -34.80)
>DroSim_CAF1 19614 120 - 1
GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUUGUUGUUUGCUGCUG
((..(((((.((((....((((..((((((((((.....)))..))))))))))).....))))(((((.(((((.....))))).((((.....))))....)))))..)))))..)). ( -34.80)
>DroEre_CAF1 19208 117 - 1
GGAGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU---GUUUGCUGCUG
...(((..(((......(....).((((((((((.....)))..))))))).....)))..)))(((((.(((((.....))))).....(((((..........)---))))))))).. ( -33.00)
>DroYak_CAF1 18878 117 - 1
GGAAGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCGUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU---GUUAGCUGCUG
...(((((..((((....((((..((((((((((.....)))..))))))))))).....))))(((((..((((..((((((....)))))).....)))).)))---))...))))). ( -31.90)
>consensus
GGUGGCAGAGGGCUAACGGAAACUGCUGACCACUUAUCCAGUUCGGUCAGCUUUCAUCUAAGUCGCAGCACCAUAUCUUUUAUGGCAAUAAAACAUAUUACGAGUU___GUUUGCUGCUG
((((((((((((((...(....).((((((((((.....)))..)))))))...............))).))((((.((((((....)))))).))))............))))))))). (-30.46 = -30.74 +   0.28)

alignment

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