Locus 1385

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,160,426 – 4,160,537
Length	111
Max. P	0.794230

overview

Window 9

Location	4,160,426 – 4,160,537
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.06
Mean single sequence MFE	-53.73
Consensus MFE	-39.76
Energy contribution	-43.18
Covariance contribution	3.42
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.60
SVM RNA-class probability	0.794230
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4160426 111 + 22224390
CGCUGCCCAAGGCGGCCGCCGUUUGAGGAUCCGGUUCCGGUUUACCCAGCUUCAGCUCCUCGAAUAGCUGGGCAGUGGCAUACGGACUGGGUGACCAAAUGAGUCGCAGCU
(((((((((.(((....)))(((((((((.(((....)))........((....)))))))))))...)))))))))((((.((...(((....)))..)).)).)).... ( -45.90)
>DroVir_CAF1 51808 111 + 1
CGCUGCCCAAGGCGGCGGCCACCUGGGCAUCCGGCUCCGGUUUGCCCAGUUUGAGCUCCUCGAACAGCUGGGCCGUGGCAUACGGACUGGGCGACCAGAUCAGACGCAGCC
.(((((((...((.((((((...((((((.(((....)))..))))))(((((((...))))))).....)))))).))....)).((((....)))).......))))). ( -57.60)
>DroGri_CAF1 40443 111 + 1
CGCUGCCCACGGCGGCGGCCACCUGGGCAUCCGGUUCUGAUUUGCCCAAUUUAAGCUCCUCAAACAGCUGAGCCGUCGCAUACGGACUGGGUGACCAGAUCAGACGCAGCU
.(((((((...(((((((((...((((((..((....))...)))))).....((((........))))).))))))))....)).((((....)))).......))))). ( -48.30)
>DroMoj_CAF1 64315 111 + 1
CGCUGCCCAGGGCGGCGGCCACCUGGGCAUCCGGCUCCUCCUUGCCCAGCUUCAGCUCCUCGAAGAGCUGGGCCGUCGCAUACGGGCUGGGCGACCAGAUGAGGCGCAGCC
.(((((((...(((((((((..(((((((...((.....)).)))))))...((((((......)))))))))))))))...((..((((....)))).)).)).))))). ( -62.40)
>DroAna_CAF1 57718 111 + 1
CACUGCCCAGGGCCACCGCCUGCUGGGGAUCCGGUUCGGGCUUCCCCAGCUUCAGUUCCUCGAACAGCUGGGCGGUGGCGUACGGACUGGGUGACCAAAUGAGUCGCAGCU
..((((.....(((((((((.((((((((((((...))))..))))))))..(((((........)))))))))))))).....((((((....)).....)))))))).. ( -55.70)
>DroPer_CAF1 73850 111 + 1
CGCUGCCCAGAGCCACGGCCUGGCAGGGGUCCGGCUCCGGCUUGCCCAGCUUCAGCUCCUCAAACAGCUGGGCCGUAGCGUACGGACUGGGCGACCAGAUGAGACGCAGCC
.(((((((...((.((((((..((..(((((((....)))...))))(((....))).........))..)))))).))....)).((((....)))).......))))). ( -52.50)
>consensus
CGCUGCCCAGGGCGGCGGCCACCUGGGCAUCCGGCUCCGGCUUGCCCAGCUUCAGCUCCUCGAACAGCUGGGCCGUGGCAUACGGACUGGGCGACCAGAUGAGACGCAGCC
.(((((((...((.((((((..(((((((.(((....)))..)))))))...(((((........))))))))))).))....)).((((....)))).......))))). (-39.76 = -43.18 +   3.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,160,426 – 4,160,537
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.06
Mean single sequence MFE	-51.95
Consensus MFE	-41.24
Energy contribution	-41.42
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.611864
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4160426 111 - 22224390
AGCUGCGACUCAUUUGGUCACCCAGUCCGUAUGCCACUGCCCAGCUAUUCGAGGAGCUGAAGCUGGGUAAACCGGAACCGGAUCCUCAAACGGCGGCCGCCUUGGGCAGCG
.(((((((((.....))))..((((..((..((((..(((((((((..(((......))))))))))))..(((....)))..........))))..))..))))))))). ( -46.20)
>DroVir_CAF1 51808 111 - 1
GGCUGCGUCUGAUCUGGUCGCCCAGUCCGUAUGCCACGGCCCAGCUGUUCGAGGAGCUCAAACUGGGCAAACCGGAGCCGGAUGCCCAGGUGGCCGCCGCCUUGGGCAGCG
.((((((((((.((((((.(((((((((((.....))))...((((.(....).))))...)))))))..))))))..))))).((.((((((...)))))).))))))). ( -52.80)
>DroGri_CAF1 40443 111 - 1
AGCUGCGUCUGAUCUGGUCACCCAGUCCGUAUGCGACGGCUCAGCUGUUUGAGGAGCUUAAAUUGGGCAAAUCAGAACCGGAUGCCCAGGUGGCCGCCGCCGUGGGCAGCG
.(((..(((((.((((((..((((((.((....))..(((((..(.....)..)))))...))))))...))))))..)))))((((((((((...))))).)))))))). ( -44.90)
>DroMoj_CAF1 64315 111 - 1
GGCUGCGCCUCAUCUGGUCGCCCAGCCCGUAUGCGACGGCCCAGCUCUUCGAGGAGCUGAAGCUGGGCAAGGAGGAGCCGGAUGCCCAGGUGGCCGCCGCCCUGGGCAGCG
((((.((((......))).(((((((((((.....))))..(((((((....)))))))..))))))).....).))))...(((((((((((...))).))))))))... ( -59.20)
>DroAna_CAF1 57718 111 - 1
AGCUGCGACUCAUUUGGUCACCCAGUCCGUACGCCACCGCCCAGCUGUUCGAGGAACUGAAGCUGGGGAAGCCCGAACCGGAUCCCCAGCAGGCGGUGGCCCUGGGCAGUG
.(((((((((.....))))..((((.......(((((((((.....((((...))))....((((((((...(((...))).)))))))).))))))))).))))))))). ( -53.80)
>DroPer_CAF1 73850 111 - 1
GGCUGCGUCUCAUCUGGUCGCCCAGUCCGUACGCUACGGCCCAGCUGUUUGAGGAGCUGAAGCUGGGCAAGCCGGAGCCGGACCCCUGCCAGGCCGUGGCUCUGGGCAGCG
.(((((((((..((((((.((((((((((((...)))))..(((((.(....).)))))..)))))))..))))))...)))).....((((((....)).))))))))). ( -54.80)
>consensus
AGCUGCGUCUCAUCUGGUCACCCAGUCCGUAUGCCACGGCCCAGCUGUUCGAGGAGCUGAAGCUGGGCAAACCGGAACCGGAUCCCCAGGUGGCCGCCGCCCUGGGCAGCG
.(((((.......((((....)))).(((...(((.((((((((((........)))))...((((((...(((....)))..))))))..))))).)))..)))))))). (-41.24 = -41.42 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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