Locus 1337

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,012,487 – 4,012,597
Length	110
Max. P	0.823893

overview

Window 1

Location	4,012,487 – 4,012,597
Length	110
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.30
Mean single sequence MFE	-36.25
Consensus MFE	-23.85
Energy contribution	-25.30
Covariance contribution	1.45
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.51
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.806209
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4012487 110 + 22224390
--GUGCAAAGUGCC--AGUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU
--((((((((((((--(((((.((..((((((((........))))).)))((((((.....)))))-)..((((.....)))).))..)))).))))))))...)))))..... ( -41.80)
>DroSec_CAF1 26868 91 + 1
-----------------GUGCAACAUCCAU------UGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU
-----------------(((((...(((((------((((((.......))((((((.....)))))-)...)))))..((((((((....))))))))..)))))))))..... ( -33.20)
>DroSim_CAF1 25702 97 + 1
-----------------GUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU
-----------------(((((...((((......(((((((.......))((((((.....)))))-)...)))))..((((((((....))))))))..)))))))))..... ( -33.20)
>DroEre_CAF1 25339 111 + 1
GACUGC-AACUGCA--ACUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCAAUUGGAUGCACACGCU
...(((-(...(((--(.(((((......))))).))))...)))).....((((((.....)))))-).((((((..(((((((((....))))))))...)..))).)))... ( -36.30)
>DroYak_CAF1 25138 111 + 1
CACUGC-AAGUGCA--AGUGUAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCAAUUGAAUGCACACGUU
...(((-(.(.(((--(.(((((......))))).)))).).)))).....((((((.....)))))-).((((((((.((((((((....)))))))).))...))).)))... ( -34.20)
>DroAna_CAF1 29711 102 + 1
--GUGCA--GUGGCAGAUUGCAACUGGCAUUGCAAUUGCCGC---A------AACUGUUGAACAACUCGAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU
--(((((--(((((((.((((((......)))))))))))))---.------...(((..(...(((((..((((.....))))..)))))..)..)))......)))))..... ( -38.80)
>consensus
___UGC___GUGC___AGUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU_GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU
.................(((((...((((......(((((.((((.....))(((((.....)))))..)).)))))..((((((((....))))))))..)))))))))..... (-23.85 = -25.30 +   1.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	4,012,487 – 4,012,597
Length	110
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.30
Mean single sequence MFE	-35.20
Consensus MFE	-24.44
Energy contribution	-25.30
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.69
SVM RNA-class probability	0.823893
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4012487 110 - 22224390
AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCACU--GGCACUUUGCAC--
.....(((((...(((((((((((....)))).((((....(((..(-((((((((..((((.....))))...)))))))))...)))...))))...--))))))))))))-- ( -39.40)
>DroSec_CAF1 26868 91 - 1
AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCA------AUGGAUGUUGCAC-----------------
...(((((((((((..((((((((....)))).....(((((.((((-(((((.....))))))..))).)))))))))------.)))))).)))))----------------- ( -31.60)
>DroSim_CAF1 25702 97 - 1
AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCAC-----------------
...((((((((((((((((...)))))......((((((.(((...(-(((((.....))))))((.......)))))))))))..)))))).)))))----------------- ( -32.70)
>DroEre_CAF1 25339 111 - 1
AGCGUGUGCAUCCAAUUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCAGU--UGCAGUU-GCAGUC
...(((.(((...((((((.((((....)))).)))))))))))).(-(((((.....))))))....((((((..(((((((((((....))))))))--)))..))-)))).. ( -41.40)
>DroYak_CAF1 25138 111 - 1
AACGUGUGCAUUCAAUUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUACACU--UGCACUU-GCAGUG
...((((((((((((((((.((((....)))).)))))........(-((((((((..((((.....))))...)))))))))...)))))).)))))(--(((....-)))).. ( -35.20)
>DroAna_CAF1 29711 102 - 1
AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUCGAGUUGUUCAACAGUU------U---GCGGCAAUUGCAAUGCCAGUUGCAAUCUGCCAC--UGCAC--
.(((((.(((...((.(((.((((....)))).))).)))))))).(((..((.....))..)------)---).((((((((((((....)))))))).))))..--.))..-- ( -30.90)
>consensus
AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC_AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCACU___GCAC___GCA___
...(((((((((((..(((.((((....)))).)))..(((((......(((....)))..((((.....)))).)))))......)))))).)))))................. (-24.44 = -25.30 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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