Locus 1321

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,935,499 – 3,935,592
Length	93
Max. P	0.891031

overview

Window 8

Location	3,935,499 – 3,935,592
Length	93
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.05
Mean single sequence MFE	-43.02
Consensus MFE	-27.53
Energy contribution	-27.78
Covariance contribution	0.25
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.96
SVM RNA-class probability	0.891031
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3935499 93 + 22224390
CCGGUGGUCAGUUGGUGGCCGGUGGAUCGCUGAUGGGUGGGGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC---GUCGU
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>DroPse_CAF1 69711 87 + 1
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..((((((....((((.((.(((((---------(((((.......))))..((......)).....)))))))).)))).....))))))..... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 51930 93 + 1
CCGGUGGUCAGUUGGUGGCUGGUGGAUCGCUAGUGGGUGGAGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC---GUCGU
.(((((((.....((((((.(((((.....(((.(((((..(((.((((....)))).)))..)))))))))))))))))))))))))---).... ( -48.20)
>DroEre_CAF1 58166 93 + 1
CCGGUGGCCAAUUGGUGACCGGUGGAUCGCUGGUGGGCGGGGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC---AUCGU
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>DroYak_CAF1 56870 93 + 1
CCGGUGGGCAGUUGGUGGCCGGGGGAUCGCUGGUGGGUGGAGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUUCUGCCGCCGCCACCGCCACC---GUCGU
.((((((.(.((.((((((.((.((((((....)))((((((...((((....)))).))))))...))).)))))))))).))))))---).... ( -43.50)
>DroPer_CAF1 58240 87 + 1
CCGGGGGUCAACUGGUAGCCGGAAG---------CGGCGGAGAUCACGCCACGGCCUACUCCACAUUGCUGCCGCCACCGCCACCACCCCCAUCGG
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>consensus
CCGGUGGUCAAUUGGUGGCCGGUGGAUCGCUGGUGGGCGGAGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC___AUCGU
..(((((.....(((((((.(((((.........(((.(..(((.((((....)))).)))..).))))))))))))))))))))........... (-27.53 = -27.78 +   0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,935,499 – 3,935,592
Length	93
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.05
Mean single sequence MFE	-43.60
Consensus MFE	-29.17
Energy contribution	-29.12
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.64
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.812726
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3935499 93 - 22224390
ACGAC---GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCCCCACCCAUCAGCGAUCCACCGGCCACCAACUGACCACCGG
....(---((((((((((((((.((..((.(((.((((((.((....)).)))))).)))))(((...))))).)).)))))).....))))))). ( -44.20)
>DroPse_CAF1 69711 87 - 1
CCGAUGGGGGUGGUGGCGGUGGCGGCAGCAAUGUGGAGUAGGCCGUGGCGUGAUCUCCGCCG---------CUGCCGGCUACCAGUUGACCCCCGG
....(((((((.(..((((((((((((((...((((((((.((....)).))..)))))).)---------))))).)))))).))).))))))). ( -48.40)
>DroSec_CAF1 51930 93 - 1
ACGAC---GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCUCCACCCACUAGCGAUCCACCAGCCACCAACUGACCACCGG
....(---((((((((((((((.((..((.(((..(((((.((....)).)))))..))))).(....)..)).)).)))))).....))))))). ( -42.70)
>DroEre_CAF1 58166 93 - 1
ACGAU---GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCCCCGCCCACCAGCGAUCCACCGGUCACCAAUUGGCCACCGG
.((.(---((((((((.(((((((((((..(((.....))).))))))).))))..))).)))))).)).....(((((..((....))..))))) ( -42.00)
>DroYak_CAF1 56870 93 - 1
ACGAC---GGUGGCGGUGGCGGCGGCAGAAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCUCCACCCACCAGCGAUCCCCCGGCCACCAACUGCCCACCGG
....(---(((((((((((.(((((.....(((..(((((.((....)).)))))..)))...))..((......))))).)).)))).)))))). ( -40.20)
>DroPer_CAF1 58240 87 - 1
CCGAUGGGGGUGGUGGCGGUGGCGGCAGCAAUGUGGAGUAGGCCGUGGCGUGAUCUCCGCCG---------CUUCCGGCUACCAGUUGACCCCCGG
....(((((((((((((((.(((((((....)..((((((.((....)).))..))))))))---------)).)).)))))).....))))))). ( -44.10)
>consensus
ACGAC___GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCUCCACCCACCAGCGAUCCACCGGCCACCAACUGACCACCGG
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alignment

secondary structure

dotplot

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