Locus 1303

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 3,888,529 – 3,888,627
Length 98
Max. P 0.848256
window2084

overview

Window 4

Location 3,888,529 – 3,888,627
Length 98
Sequences 5
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.06
Mean single sequence MFE -38.34
Consensus MFE -31.50
Energy contribution -31.54
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.848256
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3888529 98 + 22224390
AUACCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA-------ACGGACACUGGUCUGC
...(((.........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).((((.....))))...)))...-------.(((((....))))). ( -36.80)
>DroSec_CAF1 6053 98 + 1
AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA-------ACGGACACUGGACUGC
(((((..........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).))))).((..((((((((....-------.))))...))))..)) ( -37.70)
>DroSim_CAF1 3113 98 + 1
AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA-------ACGGACACUGGACUGC
(((((..........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).))))).((..((((((((....-------.))))...))))..)) ( -37.70)
>DroEre_CAF1 6651 105 + 1
AUGCCCAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUUCAUCCGGACAGCGGACAACGGACAACGGAUAAC
..............(((((((((((((((..((((((...((((((.....))).)))(((((....)))))...))))))..))))).)))).))))))..... ( -40.40)
>DroYak_CAF1 8507 105 + 1
AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUGCGGACAGCGGACAACGGACACUGGGCUGU
..((((........((((((((((((((((.(((.....))).)))))).)))))((((.((((.....)))).)))))))))((.....)).....)))).... ( -39.10)
>consensus
AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA_______ACGGACACUGGACUGC
...((..........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).((((.....)))).((((............))))....))..... (-31.50 = -31.54 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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