Locus 1179

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,513,945 – 3,514,046
Length	101
Max. P	0.969451

overview

Window 7

Location	3,513,945 – 3,514,046
Length	101
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.48
Mean single sequence MFE	-35.67
Consensus MFE	-23.42
Energy contribution	-24.07
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.34
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.53
SVM RNA-class probability	0.770310
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3513945 101 + 22224390
--------UAUGU--CU--CCA------UCUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGUGACAAGCUGGUCCGCCAGCUAUAUUGGG
--------..(((--(.--(..------(((((((((((......)))))))))))......((((.(.((((.....)))).).))))).))))((((((....))))))........ ( -37.50)
>DroPse_CAF1 29543 107 + 1
------UAUAUAU------CGUGUGUAUAUUUUCAGCUCACAGUCGGACUGGGAGAAUGUGUGGCAUCAGGAGACCCAUUCCCGGUGCCGGGACAAGCUCAUCCGCCAGUUAUACUGGG
------(((((((------...)))))))...........((((..(((((((((..(((.(((((((.((((.....)))).))))))).).))..))).....))))))..)))).. ( -32.40)
>DroGri_CAF1 44846 113 + 1
UAUAGAAGUGUAUCUAAUAAUU------UUGCACAGUUCACAGUCAGACUGGGAGAACGUUUGGCACCGGGAGGCGCAUUCCCGAUGCCGAGACAAGCUGGUCCGCCAGCUCUAUUGGG
.(((((.(((((..........------.))))).((((.(((.....)))...))))((((((((.((((((.....)))))).)))).))))..(((((....)))))))))).... ( -40.50)
>DroEre_CAF1 24942 107 + 1
---GAAAUAAUAU------CCUUUG---UUUUUUAGUUCGCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGGGAUAAGCUGGUCCGCCAGCUUUAUUGGG
---..((((((((------(((...---((((((((((((....))))))))))))......((((.(.((((.....)))).).))))))))))((((((....)))))))))))... ( -38.40)
>DroYak_CAF1 19614 104 + 1
---GAAAUAAUAU------ACA------UCUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGCGACAAGCUGGUCCGCCAGCUUUAUUGGG
---....(((((.------...------(((((((((((......)))))))))))..((((((((.(.((((.....)))).).)))))).))(((((((....)))))))))))).. ( -38.60)
>DroAna_CAF1 41324 105 + 1
--UAAAAAAAAAC------UCA------AUUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAAUGUGUGGCACCAGGAGACCCAUUCCCGUUGUCGGGACAAGCUCGUCCGGCAAUUGUACUGGG
--..........(------((.------.((((((((((......))))))))))......((....)).))).((((...(.((((((((.((......)))))))))).)...)))) ( -26.60)
>consensus
____AAAAAAUAU______CCA______UUUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGGGACAAGCUGGUCCGCCAGCUAUAUUGGG
............................(((((((((((......))))))))))).....(((((.(.((((.....)))).).))))).....((((((....))))))........ (-23.42 = -24.07 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,513,945 – 3,514,046
Length	101
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.48
Mean single sequence MFE	-35.55
Consensus MFE	-23.82
Energy contribution	-23.85
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969451
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3513945 101 - 22224390
CCCAAUAUAGCUGGCGGACCAGCUUGUCACGGCAGCGGGAGUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAGA------UGG--AG--ACAUA--------
((((((...(((((.(((...((.(((...((((.((((((.....)))))).))))))).))))).)))))...)))))).........(------((.--..--.))).-------- ( -41.30)
>DroPse_CAF1 29543 107 - 1
CCCAGUAUAACUGGCGGAUGAGCUUGUCCCGGCACCGGGAAUGGGUCUCCUGAUGCCACACAUUCUCCCAGUCCGACUGUGAGCUGAAAAUAUACACACG------AUAUAUA------
....(((((..(((((...(((((..(((((....)))).)..)).)))....)))))..((..(((.(((.....))).))).))....))))).....------.......------ ( -30.60)
>DroGri_CAF1 44846 113 - 1
CCCAAUAGAGCUGGCGGACCAGCUUGUCUCGGCAUCGGGAAUGCGCCUCCCGGUGCCAAACGUUCUCCCAGUCUGACUGUGAACUGUGCAA------AAUUAUUAGAUACACUUCUAUA
....((((((((((....))))).(((.((((((((((((.......))))))))))....((((...(((.....))).)))).......------........)).)))..))))). ( -38.80)
>DroEre_CAF1 24942 107 - 1
CCCAAUAAAGCUGGCGGACCAGCUUAUCCCGGCAGCGGGAGUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGCGAACUAAAAAA---CAAAGG------AUAUUAUUUC---
.......(((((((....)))))))((((.((((.((((((.....)))))).))))...(((..((.......))..)))..........---....))------))........--- ( -34.80)
>DroYak_CAF1 19614 104 - 1
CCCAAUAAAGCUGGCGGACCAGCUUGUCGCGGCAGCGGGAGUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAGA------UGU------AUAUUAUUUC---
((((((...(((((.(((.(.((.....))((((.((((((.....)))))).))))....).))).)))))...))))))..........------...------..........--- ( -39.30)
>DroAna_CAF1 41324 105 - 1
CCCAGUACAAUUGCCGGACGAGCUUGUCCCGACAACGGGAAUGGGUCUCCUGGUGCCACACAUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAAU------UGA------GUUUUUUUUUA--
.......((((((((((..(((((..(((((....)))).)..)).))))))))...........(((((((...)))))))......)))------)).------...........-- ( -28.50)
>consensus
CCCAAUAAAGCUGGCGGACCAGCUUGUCCCGGCAGCGGGAAUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAAA______AGG______AUAUAAUUU____
..((((...(((((.((((......)))).((((.(((((.......))))).))))..........)))))...))))........................................ (-23.82 = -23.85 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:03:08 2006