Locus 1155

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,446,562 – 3,446,653
Length	91
Max. P	0.999915

overview

Window 6

Location	3,446,562 – 3,446,653
Length	91
Sequences	4
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.22
Mean single sequence MFE	-27.40
Consensus MFE	-19.49
Energy contribution	-21.18
Covariance contribution	1.69
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.50
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	2.53
SVM RNA-class probability	0.995036
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3446562 91 + 22224390
CA---------------CACAGAUUUUUCCAGUGCAGAAAUAAGCAUGACGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAUUUGGACCAUAUCACACAUACGCCACCAGUUAUCU--------
..---------------...((((.......((((........))))(.(((((..(((((((.((((......)))).)))))))..))))).).......))))-------- ( -20.20)
>DroSec_CAF1 18742 114 + 1
AAAGCUUAUGAUAUUUGCACAUAUUGGUACAGUGCAUAAGUAACCAAGUCGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAAUCGGGCCAUAUCACGCACACGCCACCGGUUAUCUGCCAGGUA
...(((((((.(((((((........))).))))))))))).(((..(.(((...((((((((.((((......)))).))))))))...))).)...(((.....))).))). ( -30.60)
>DroSim_CAF1 18815 114 + 1
AAAGCUUAUGAUAUUUACACAUGUUGGCACAGUGCAUAAGUAACCAUGACGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAAUCGGGCCAUAUCACGCAUACGCCACCGGUUAUCUGCCAGGUA
...(((((((.......(((.(((....))))))))))))).(((.((.(((((.((((((((.((((......)))).)))))))).))))).))..(((.....))).))). ( -33.81)
>DroYak_CAF1 19983 114 + 1
AACUCUUAUGAUAUUUUCACAUAUUUUUGCAGUGCAGAAAUAACCAUGAUGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAUUCGGACCAUAUCACACAUACGCCACCAGUUAUCUGUCAGCUU
........(((((........(((((((((...)))))))))....((.(((((..(((((((.((((......)))).)))))))..))))).)).........))))).... ( -25.00)
>consensus
AAAGCUUAUGAUAUUU_CACAUAUUGGUACAGUGCAGAAAUAACCAUGACGUAUACGUGAUAUAGUCUCCAAUCGGACCAUAUCACACAUACGCCACCAGUUAUCUGCCAGGUA
.................................((((..((((((..(.(((((.((((((((.((((......)))).)))))))).))))).)...))))))))))...... (-19.49 = -21.18 +   1.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,446,562 – 3,446,653
Length	91
Sequences	4
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.22
Mean single sequence MFE	-38.95
Consensus MFE	-30.98
Energy contribution	-32.60
Covariance contribution	1.62
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-4.41
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	4.53
SVM RNA-class probability	0.999915
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3446562 91 - 22224390
--------AGAUAACUGGUGGCGUAUGUGUGAUAUGGUCCAAAUGGAGACUAUAUCACGUAUACGUCAUGCUUAUUUCUGCACUGGAAAAAUCUGUG---------------UG
--------((((((...((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))..))))))..((((.(((....))))))---------------). ( -34.00)
>DroSec_CAF1 18742 114 - 1
UACCUGGCAGAUAACCGGUGGCGUGUGCGUGAUAUGGCCCGAUUGGAGACUAUAUCACGUAUACGACUUGGUUACUUAUGCACUGUACCAAUAUGUGCAAAUAUCAUAAGCUUU
.....(((((.(((((((...(((((((((((((((((((....)).).))))))))))))))))..)))))))))..((((((((....))).)))))..........))).. ( -40.80)
>DroSim_CAF1 18815 114 - 1
UACCUGGCAGAUAACCGGUGGCGUAUGCGUGAUAUGGCCCGAUUGGAGACUAUAUCACGUAUACGUCAUGGUUACUUAUGCACUGUGCCAACAUGUGUAAAUAUCAUAAGCUUU
.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((((....)).).)))))))))))))))))))))))))))..((((((((....))).)))))..........))).. ( -46.70)
>DroYak_CAF1 19983 114 - 1
AAGCUGACAGAUAACUGGUGGCGUAUGUGUGAUAUGGUCCGAAUGGAGACUAUAUCACGUAUACAUCAUGGUUAUUUCUGCACUGCAAAAAUAUGUGAAAAUAUCAUAAGAGUU
..((((.((((((((((.((..((((((((((((((((((.....).)))))))))))))))))..))))))))..))))))..)).......(((((.....)))))...... ( -34.30)
>consensus
UACCUGGCAGAUAACCGGUGGCGUAUGCGUGAUAUGGCCCGAAUGGAGACUAUAUCACGUAUACGUCAUGGUUACUUAUGCACUGUAAAAAUAUGUG_AAAUAUCAUAAGCUUU
........(((((((((.((((((((((((((((((((((.....).)))))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((....))))))))............... (-30.98 = -32.60 +   1.62)

alignment

secondary structure

dotplot

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