Locus 1126

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 3,335,873 – 3,335,993
Length 120
Max. P 0.573946
window1812

overview

Window 2

Location 3,335,873 – 3,335,993
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.11
Mean single sequence MFE -37.58
Consensus MFE -25.89
Energy contribution -25.89
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.573946
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3335873 120 - 22224390
GCAUCACGUCAUCCGGCAAGAUCGUCUAUAUGACGGCCAUAUUCCCCUAUGUGGUGCUUAUAAUAUUUUUUUUUCGGGGCAUCACCUUGAAGGGUGCUGCAGAUGGGGUGGCACACUUGU
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>DroVir_CAF1 24247 120 - 1
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>DroGri_CAF1 23068 120 - 1
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>DroWil_CAF1 222558 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 29691 120 - 1
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>DroAna_CAF1 19162 120 - 1
GGAUCACAUCAUCCGGGAAAAUAGUCUACAUGACGGCCAUCUUUCCGUACGUGGUGCUCAUUAUAUUUUUCUUCAGAGGCAUCACCUUGAAGGGAGCCGCCGAUGGAGUGGCUCAUCUGU
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>consensus
GCAUCACAUCGUCCGGCAAAAUCGUCUACAUGACGGCCAUAUUUCCCUAUGUGGUGCUCAUCAUAUUCUUCUUUCGGGGCAUCACACUGAAGGGUGCCGCCGAUGGGGUGGCCCAUCUGU
(..((((.(((((((((......(((.....)))..........((((.(((((((((...................)))))))))....)))).))))..))))).))))..)...... (-25.89 = -25.89 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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