| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 3,102,222 – 3,102,321 |
| Length | 99 |
| Max. P | 0.516481 |
| Location | 3,102,222 – 3,102,321 |
|---|---|
| Length | 99 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 102 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.20 |
| Mean single sequence MFE | -42.05 |
| Consensus MFE | -31.02 |
| Energy contribution | -30.88 |
| Covariance contribution | -0.13 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.30 |
| Structure conservation index | 0.74 |
| SVM decision value | -0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.516481 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3102222 99 - 22224390 CCGGAGGUACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCGGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ..............(((((((....(((((((((((..(((((.....)))))))))))))..(((.((((((..---.)))))).))).))).))))))). ( -43.10) >DroSec_CAF1 61826 99 - 1 CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCGGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ((((....))))..(((((((....(((((((((((..(((((.....)))))))))))))..(((.((((((..---.)))))).))).))).))))))). ( -45.70) >DroSim_CAF1 62099 99 - 1 CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCUGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ((((....))))..(((((((....((((((.((((..(((((.....)))))...)))).)))((.((((((..---.)))))).))..))).))))))). ( -45.30) >DroEre_CAF1 61605 99 - 1 CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUGGCCGACGAGUGAUGGACGCUCUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC---UUGCUAUAGUGAUCGGCGGCGGCA ....((((.....))))((((..(.(((((..(((((.(((((.....))))))))..))..))((.(((((...---..))))).))..))).)..)))). ( -42.10) >DroYak_CAF1 66584 99 - 1 CAGUGGGCACUGCACCCGCCGAUGACGAAGUGGCCGAUGAGUGAUGGACGCUUUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC---UGGGUAUGGUGAUUGGCGGCGGCA .(((....)))((..((((((((.((...((((((((.(((((.....)))))))).....)))))....(((..---..)))...)).))))))))..)). ( -37.40) >DroMoj_CAF1 89641 96 - 1 CACCGG---CUGUG---GCCGACGAUGAAGUGCCCGAGCUGUGGUGCACACUCUCGCAGCUGCCACAAUAGCCGCCGCCGGCAAUGGUAAUCGGUGGCAGAG ....((---(((((---((.(.(((.((.(((((((.....))).))))..)))))...).)))))...))))((((((((.........)))))))).... ( -38.70) >consensus CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUGGCCGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC___UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ...............((((((....((((((.((.((.(((((.....))))))))).)))..(((.(((((((....))))))).))).))).)))))).. (-31.02 = -30.88 + -0.13)
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