Locus 1022

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	2,986,384 – 2,986,480
Length	96
Max. P	0.922006

overview

Window 7

Location	2,986,384 – 2,986,480
Length	96
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.10
Mean single sequence MFE	-31.22
Consensus MFE	-18.11
Energy contribution	-17.62
Covariance contribution	-0.49
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.10
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.779713
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2986384 96 + 22224390
CAGGCCGACGCCAAUCCGCAUGAGCUCAGCUAUCGUUGGUUCAUCAACGAUGAGCUAAUGACCGGAGACUUUACCACUAAGAUGGUAAGUGCAUC---A-
..(((....))).....((((((((((.....(((((((((((((...)))))))))))))...))).)))(((((......))))).))))...---.- ( -31.80)
>DroVir_CAF1 527772 92 + 1
CAGGCGGACGCCAAUCCGCCGGAGGUCAGCUAUCGUUGGUUCAUCAAUGAUGAGCUAAUCACCGGUGAUUUUACCACCAAAAUGGUAGGUCU--------
..(((....)))....((((((.(((.((((((((((((....)))))))).)))).))).)))))).....((((((.....))).)))..-------- ( -36.00)
>DroEre_CAF1 395078 100 + 1
CAGGCCGAUGCCAAUCCGCACGAGCUCAGCUACCGUUGGUUCAUCAACGAUGAGCUCAUGACCGGCGACUUUACCACCAAGAUGGUAAGCCCACCCGCAC
..(((....))).....((..(((((((.....((((((....)))))).)))))))......((.(..(((((((......)))))))..).)).)).. ( -31.70)
>DroYak_CAF1 375613 97 + 1
CAGGCGGACGCCAAUCCGCAUGAGCUCAGCUAUCGCUGGUUCAUCAACGACGAGCUCAUGACCGGCGACUUUACCACCAAAAUGGUAAGCACACC---AA
..((.(..((((......((((((((((((....))).(((.......))))))))))))...))))..(((((((......)))))))..).))---.. ( -32.20)
>DroMoj_CAF1 642263 92 + 1
CAGGCGGAUGCGAAUCCGCCGGAGGUCAGCUAUCGUUGGUUCAUCAAUGAUGAGCUCGUGCCUGGGGACUUUACAACGAAAAUGGUAAGUGG--------
..(((((((....)))))))........(((((((((((((((((...)))))))..((.(....).))....))))))...))))......-------- ( -31.30)
>DroAna_CAF1 563703 99 + 1
CAGGCGGAUGCCAAUCCUCACGAGCUCAGCUAUCGAUGGUUUAUCAACGAUGAACUCAUGACGGGGGAUUUUACUACAAAAAUGGUGAGUUUUUUUUCA-
..(((....)))(((((((.(((((...))).((.((((((((((...))))))).))))))))))))))((((((......))))))...........- ( -24.30)
>consensus
CAGGCGGACGCCAAUCCGCACGAGCUCAGCUAUCGUUGGUUCAUCAACGAUGAGCUCAUGACCGGCGACUUUACCACCAAAAUGGUAAGUCCA_C___A_
..(((....)))...(((........((((....))))(((((((...))))))).......)))....(((((((......)))))))........... (-18.11 = -17.62 +  -0.49)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	2,986,384 – 2,986,480
Length	96
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.10
Mean single sequence MFE	-34.02
Consensus MFE	-21.66
Energy contribution	-24.25
Covariance contribution	2.59
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.43
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.922006
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2986384 96 - 22224390
-U---GAUGCACUUACCAUCUUAGUGGUAAAGUCUCCGGUCAUUAGCUCAUCGUUGAUGAACCAACGAUAGCUGAGCUCAUGCGGAUUGGCGUCGGCCUG
-.---(((((..(((((((....)))))))......(((((.((((((.(((((((......)))))))))))))((....)).))))))))))...... ( -34.90)
>DroVir_CAF1 527772 92 - 1
--------AGACCUACCAUUUUGGUGGUAAAAUCACCGGUGAUUAGCUCAUCAUUGAUGAACCAACGAUAGCUGACCUCCGGCGGAUUGGCGUCCGCCUG
--------..(((.(((.....)))))).........((.(.((((((.(((.(((......))).))))))))).).))(((((((....))))))).. ( -31.70)
>DroEre_CAF1 395078 100 - 1
GUGCGGGUGGGCUUACCAUCUUGGUGGUAAAGUCGCCGGUCAUGAGCUCAUCGUUGAUGAACCAACGGUAGCUGAGCUCGUGCGGAUUGGCAUCGGCCUG
...(((((.((((((((((....))))).)))))((((((((((((((((((((((......))))))....)))))))))...)))))))....))))) ( -45.40)
>DroYak_CAF1 375613 97 - 1
UU---GGUGUGCUUACCAUUUUGGUGGUAAAGUCGCCGGUCAUGAGCUCGUCGUUGAUGAACCAGCGAUAGCUGAGCUCAUGCGGAUUGGCGUCCGCCUG
..---((((..((((((((....)))))))....((((((((((((((((((((((......)))))))....))))))))...))))))))..)))).. ( -43.50)
>DroMoj_CAF1 642263 92 - 1
--------CCACUUACCAUUUUCGUUGUAAAGUCCCCAGGCACGAGCUCAUCAUUGAUGAACCAACGAUAGCUGACCUCCGGCGGAUUCGCAUCCGCCUG
--------.............((((((....(((....)))......(((((...)))))..))))))............(((((((....))))))).. ( -22.50)
>DroAna_CAF1 563703 99 - 1
-UGAAAAAAAACUCACCAUUUUUGUAGUAAAAUCCCCCGUCAUGAGUUCAUCGUUGAUAAACCAUCGAUAGCUGAGCUCGUGAGGAUUGGCAUCCGCCUG
-.............................(((((....(((((((((((.(((((((.....)))))).).))))))))))))))))(((....))).. ( -26.10)
>consensus
_U___G_UGCACUUACCAUUUUGGUGGUAAAGUCCCCGGUCAUGAGCUCAUCGUUGAUGAACCAACGAUAGCUGAGCUCAUGCGGAUUGGCAUCCGCCUG
............(((((((....))))))).....(((..((((((((((((((((......))))))....)))))))))))))...(((....))).. (-21.66 = -24.25 +   2.59)

alignment

secondary structure

dotplot

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