>literature.t.vivax AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<>>>>x>>>>>>><<<<<<>>>>x>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<>>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxx .....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).)).....................((((((((....))))))))................... -52.77 >final.t.vivax.23C AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxx.............................>>>..............................................................................xxxxxxxxxxx ..............((((((.((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).))...))))))..(((.....)))(((((((....))))))).................... -56.55 >final.t.vivax.23C.SMconstraint AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxx.xxxxxxxxx...................>>>..............................xxxxxxxx........................................xxxxxxxxxxx .....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).))...........(((.....)))(((((((....))))))).................... -53.76 .....................((((((((((((.....))))).))))))).((((((....))))(((...........)))))......((((((((....))))))))................... -53.41 >final.t.vivax.23C.MMconstraint AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx......................................<<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>.................................xxxxxxxxxxx .....................((((((((((((.....))))).)))))))..(((((((.((.(((((...........)))))..)).))))))).((((....)))).................... -48.29 .....................((((((((((((.....))))).)))))))..(((((((.((.(((((.((....))..)))))..)).))))))).((((....)))).................... -47.57 >alternative length AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...................................................xxxxxxxx<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx .....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).))..........(.(((((.....))))).)............................... -43.38 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx.............................................<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>.............xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx .....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((((.((.(((((...........)))))..)).))))))).)).............................. -42.79 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx..........................................>>>.....<<<<<>>>>>>>>>>>>..xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx .....................((((((((((((.....))))).))))))).((((((....))))(((.((....))..)))))............................................. -30.91 >t.vivax.mini0 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ..((((........))))...((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).))...(((((...(((.....)))(((((((....)))))))........)))))....... -60.06 >t.vivax.mini1 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT .xxx..................................>>>..<<<<<>>>><<<<<<<<>>>>>>>>....xxxxxx<<<<<<<<<<<<<((((((((....))))))))>>>>>>>>>>>>>>>>>>> .......(((..(((.((.((((...)))).)))))..)))..(((...)))((((((....))))).)......................((((((((....))))))))................... -46.90 >t.vivax.mini2 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ..xx.................<<<<<<<<<<<<.....>>>...........<<<<<<<<>>>>>>>>....xxxxxx<<<<<<<<<<<<<((((((((....))))))))>>>>>>>>xxxx>>>>>>> ......(((((((..(((((....)))))...............)))))))(((((((....))))).)).............(.......((((((((....)))))))).......)........... -49.66 .....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).)).............(.......((((((((....)))))))).......)........... -53.64 >t.vivax.mini3 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ......................................>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>....xxxxxx<<<<>>>>>>>xxxx>>>>>>> .((((..((((..((..(...((((((((((((.....))))).))))))).)..))...))).)..))))....................((((((((....))))))))................... -43.94 >t.vivax.mini4 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ......................................>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>> .((((..((((..((..(...((((((((((((.....))))).))))))).)..))...))).)..))))........................................................... -22.16 >t.vivax.mini5 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ......................................>>>..(((...))).(((((....)))))..<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >t.vivax.mini6 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ......................................>>>......<<<<<<.......>>>><<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> >t.vivax.mini7 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT .xxxxxxx..............................>>>...........................<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>x>>x>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> .....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((((.((.(((((...........)))))..)).))))))).)).............................. -42.79 >t.vivax.mini8 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ......................................>>>..(((...)))..((((....))))(((<<<<<<.....)))xxxxxxx<<<<<<.<<<<<>>>>>>>>>>>................. .......(((..((.(((.((((...)))).)))))..)))..(((...)))..((((....))))(((...........)))........((((((((....))))))))................... -48.25 >t.vivax.mini9 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT .xxxxxxx..............................>>>.........................(((<<<<<<.....)))xxxxxxx<<<<<<.<<<<<>>>>>>>>>>>................. .................(...((((((((((((.....))))).)))))))..)((((....))))(((...........)))........((((((((....))))))))................... -51.40 >t.vivax.mini10 AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT ......................................>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>.((.(((((<<<<<<.....)))))xx))x<<<<<<.<<<<<>>>>>>>>>>>................. .......((....((..(...((((((((((((.....))))).))))))).)..)).)).((.(((((...........)))))..))..((((((((....))))))))................... -48.61 >t.vivax.pseudoknot? AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>>>..<<<<<<<<>>>>>>>>....xxxxxx<<<<<<<<<<<<<((((((((....))))))))......xxxxxxxx..... ......((((((((((((..................))))))...))))))(((((((....))))).)).............(.......((((((((....)))))))).....)............. -46.00