>literature.t.brucei
aactaacgctattattagaacagtttctgtactatattggtatgagaagctcccagtagcagctgggccaacaCacgcaTttgtgctgttggttcCcgccgcatactgcgggaatctggaaggtggggtcggatgacctccactcttt
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>x>>>>>>><<<<<<<<<x<<x<<<<<<<<<<x<<<xxx>>>>>>>>>>>>>xx>>x>>x>>>>>x>>xxxxxxxxx<<x<<<<<<<xxxx>>>>x>>>>>xxxx
.....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((((.((.((((((((((.(((...)))))))))))))..)).)).))))).)).........((.(((((((....)))).))))).... -67.58
>final.t.brucei.23C
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
xxxxxxxxxxxx..........................>>>..........................................................................................................
...............((((...(((((((((((.....))))).))))))((((((((((.((.((((((((((.(((...)))))))))))))..)).)).))))).)))..))))((((((((((((....)))).)))).)))) -78.03
>final.t.brucei.23C.SMconstraint
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
xxxxxxxxxxxx..........................>>>......................................................................xxxxxxx.............................
......................(((((((((((.....))))).))))))((((((((((.((.((((((((((.(((...)))))))))))))..)).)).))))).))).......(((((((((((....)))).)))).))). -72.77
>final.t.brucei.23C.MMconstraint
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
xxxxxxxxxxxxxxxxxxx...................>>>.....................................xxxxxxxxxxxxx........................................................

xxxxxxxxxxxxxxxxxxx...................>>>...........<<<<<<<>>>>>>>>........<<<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>.xxxxxxx<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>
.....................((((((((((((.....))))).)))))))((((((....))))))....(...((((.(((((.((.(....).)).))))).)))).).......(((((((((((....)))).)))).))). -62.10
xxxxxxxxxxxxxxxxxxx...................>>>.......>>>>>.........<<<.....................................<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>.........xxxxxxxxxxxxxx
.....................((((((((((((.....))))).)))))))....((.((((..((((((((((.(((...))))))))))))))))).)).((((.(((....)))...))))....................... -50.46

>t.brucei.mini0
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
...............((((...(((((((((((.....))))).))))))((((((((((.((.((((((((((.(((....)))))))))))))..)).)).))))).)))..))))((((((((((((....)))).)))).)))) -80.31
>t.brucei.mini1
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.xxxxxxxxxxxxxxx......................>>>........................................<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>.xxxxxxx<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>
.....................((((((((((((.....))))).)))))))((((((....))))))....(...((((..(((((.((.(....).)).))))).)))).).......(((((((((((....)))).)))).))). -60.45
>t.brucei.mini2
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.xxxxxxxxxx...........................>>>.........................<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>.xxxxxxx<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>
......................(((((((((((.....))))).))))))((((((((((.((.((((((((((.(((....)))))))))))))..)).)).))))).))).......(((((((((((....)))).)))).))). -75.05
>t.brucei.mini3
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.xxxxxxxxxx...........................>>>.>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>.xxxxxxx<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>
...........(((((.(...((((((((((((.....))))).)))))))..))))))............................................................(((((((((((....)))).)))).))). -34.05
>t.brucei.mini4
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.xxxxxxxxxx...........................>>>.>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>.xxxxxxx.xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
...........(((((.(...((((((((((((.....))))).)))))))..))))))......................................................................................... -15.95
>t.brucei.mini5
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.xxxxxxxxxxxxxxx......................>>>............(((((((..(((......)))..)).....)))))..<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<...>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
.....................((((((((((((.....))))).)))))))..(((((((..(((......)))..)).....)))))..((((((.(((.(((..(.(((....))).)..))).))).)))..))).......... -48.89
>t.brucei.mini6
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
..xxxxxxxxx......x....................>>>.............................................................<((((<(((<<<.)))>>>))))xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
.....................((((((((((((.....))))).)))))))....(..((((..((((((((((.(((....)))))))))))))))))..).((((.(((....)))...))))....................... -53.11
>t.brucei.mini7
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
......................................>>>.......>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
..(((..(((..((((.(...((((((((((((.....))))).)))))))..)))))..))))))................(((.....((((((.(((.(((..(.(........).)..))).))).)))..)))..)))..... -44.64
>t.brucei.mini8
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.<<<<<<<<<<<<<<xxx<<<<<<<<<...........>>>..........((((((....))))))........<<<<<<<<<<<<<<<<<>>>>>>>>>>>.....(((<<..)))>........<<<<<>>>>>>..........
.....................((((((((((((.....))))).)))))))((((((....))))))....(((.......(((((.((.(....).)).))))))))(((....))).(((((((((((....)))).)))).))). -55.37
>t.brucei.mini9
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<...........>>>...................<<<<<<<...............>>>.......................(((<<..)))>........<<<<<>>>>>>..........
.....................((((((((((((.....))))).)))))))..(((((((.((.((((((((((.(((....)))))))))))))..)).)).)))))(((....))).(((((((((((....)))).)))).))). -71.99
>t.brucei.mini10
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
.<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<...........>>>.>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<(((<<..)))>........<<<<<>>>>>>..........
..(((..(((..((((.(...((((((((((((.....))))).)))))))..)))))..))))))..........................................(((....))).(((((((((((....)))).)))).))). -43.42


>t.brucei-alternativSM.mini1
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
......................................>>>.......<<<<<...>>>>><<<<<<<<>>>>>>>>.xxxxxxxxxx............................................................
..((...((((.((.(((.((((...)))).))))).))))...))..(((......))).((((......))).)..............(((((((((........)))))))))..((((((((((((....)))).)))).)))) -57.98