>literature.adineta_ricciae1          
GGCTTATTACAACTTACCAAGAGGTAAATGATCAACTCTGATCAAATACATGTTGCGATGACGAAAACGTGCGGGCTGGTAGCAATACTAGTCTGCCAGAGCAAC
xxxxxxxxxxxxx<<<<<xxxx>>>>>x<<<<<<xxxx>>>>>>xxxxxxx<<<<<xxxx<<<xxxx>>><<<<<<<<<<<xxxx>>>>>>>>>>>xxxx>>>>>
.............(((((....))))).((((((....)))))).......(((((....(((....)))(((((((((((....)))))))))))....))))) -45.31
>stem.down22C
ACTTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATACTCGTTCCACTACGG
......(((((((.((((.......)))).)))))))........... -10.39
>stem.up22C
ACTTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTAT
.....(((((............)))))...  -3.51


>literature.a.acus.22
ACTTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATACTCGTTCCACTACGGTGGGCATCGGGAGGGTCTCCATGACCTTCCAATTTTTGGAGGCGGAAACGCCACC
xxxxxx<<<<<<<x<<<<xxxxxxx>>>>x>>>>>>>x<<<<<xxxx>>>>>xxxx<<<<<<x<<xxxxx>>>>>>>>xxxxxxxxxx<<<<xxxx>>>>xxx
......(((((((.((((.......)))).))))))).(((((....)))))....((((((.((.....))))))))..........((((....))))... -48.73
>stem.down22C
ACTTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATACTCGTTCCACTACGG
......(((((((.((((.......)))).)))))))........... -10.39
>stem.up22C
ACTTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATAC
.....(((((............))))).......  -3.51



>literature.c.elegans.1
GGTTTAATTACCCAAGTTTGAGGTAAACATTGAAACTGACCCAAAGAAATTTGGCGTTAGCTATAAATTTTGGAACGTCTCCTCTCGGGGAGACAAAAATACTAA
<<<<<xx<<<<<xxxxxxxxx>>>>>xxxxxx>>>>><<<<<<<<xxxx>>>>>x>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<xxxx>>>>>>>xxxxxxxxxxx
(((((..(((((.........)))))......)))))((((((((....))))).)))..................(((((((....)))))))........... -38.14
>stem.down20C
GGTTTAATTACCCAAGTTTGAGGTAAACATTGAAACTGACCCAAAGAAATT
(((((..(((((((....)).)))))......))))).............. -12.27
>stem.up20C 
GGTTTAATTACCCAAGTTTGA
(((......))).........  -3.26
>stem.up20C, added 24nt upstream
GCGCAGAGACGCGCCGTTCAAGTCGGTTTAATTACCCAAGTTTGAGGTAAACATTG
..((..((((..((((.......))))............))))...))........  -9.73




>literature.c.elegans.2
GGTTTTAACCCAGTTACTCAAGGTACGCTGGAGTTCTGACCTTTCGAAAGAAAGTGTCAAACGACTTTAATTTTTGGAACCGCTCTGCTGGGGTCATCCGGTAGAGCAAA
.xxxxx((((((((((((...)))).))))).)))x(((((((((xxxx)))))x))))xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx((((((((((xxxxxx))))))))))xxx
......(((((((((((.....))).))))).))).(((((((((....))))).))))......................((((((((((......))))))))))... -54.79
>stem.down20C
GGTTTTAACCCAGTTACTCAAGGTACGCTGGAGTTCTGACCTTTCGAAA
((((..(((((((((((.....))).))))).)))..))))........ -23.35
>stem.up20C
GGTTTTAACCCAGTTACTCAAGGTACGCTGGAGTTCTGACCTTTCGAAAGAAAGTGTCAAACGACTTTAATTTTTGGAACCGCTCTGCTGGGGTCATCCGGTAGAGCAAA
(((....(((..(.....)..)))..)))..  -5.26



>literature.c.fasciculata
AACTAACGCTATATAAGTATCAGTTTCTGTACTTTATTGGTATAAGAAGCTTCCGGAAACAACCGGCACAAATTTTGAGGCGGAAGCGCTG
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>x>>>>>>>x<<<<xxxxxx>>>>xxxxxxxxxxxx<<<<xxxx>>>>x
.....................((((((((((((.....))))).))))))).((((......))))............((((....)))). -30.83
>stem.down20C
              AAGTATCAGTTTCTGTACTTTATTGGTATAAGAAGCTTCCGGAAA
              .......((((((((((((.....)))))).))))))........ -15.12
>stem.up20C
AACTAACGCTATATAAGTATCAGTTTCTGTACTTTATTGGTATAAG
.......((((...(((((.(((...))))))))...)))).... -13.06
              AAGUAUCAGUUUCUGUACUUUAUUGGUAUAAG
              ..((((((((...........))))))))...  -7.56
              (((((.(((...))))))))............  -6.68





>literature.c.intestinalis
ATTCTATTTGAATAAGGTAAGAATCTGAGCTTTGGCTCAACTATGT
(((((((((xxxxx)))))x))))xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
(((((((((.....))))).))))......................  -5.71
>stem.down21C added 10nt upstream
ATTTGAAGGTATTCTATTTGAATAAGGTAAGAATCTGAGCTT
.......((.(((((((((.....))))).))))))......  -8.73
>stem.up21.C added  16nt upstream
TCATACATTTGAAGGTATTCTATTTGAATAAGGTAAGAA
((.((((((((((((....)).)))))))...))).)).  -7.18


>literatur.e.gracilis.tessier1.29C
TTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATATTCGTTCCACCCATGTGGACAAGGAAGCCCAAAGCGACTTCCAATTTTTGGAGGCGGCAACGCCATCC
xxxxx<<<<<<x<<<<xxxxxxx>>>>x>>>>>><x<<<<<xxxx>>>>>>xx<<xx<<<xxxxxxxx<<<<<<xxxxx>>>>>>x>>>xxxx>>xxxx
.....((((((.((((.......)))).))))))(.(((((....))))))..((..(((........((((((.....)))))).)))....)).... -26.52
>stem.down29C
TTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATATTCGTTCCACCCA
.....((((((.((((.......)))).))))))..........  -6.22
>stem.up29C
TTTCTGAGTGTCTATTTTTTTTCGGTATATAT
...(((((............))))).......  -2.59



>literature.e.multilocularis
CACCGTTAATCGGTCCTTACCTTGCAGTTTTGTATGGTGAGTATCGATGCAGCTGAGGCTGTGCCTACGAGCTGACCCAGTATTTGGCTGGTCCTTCGAGGGCC
xxxxxxxx<<<<<<x<<<<<<x<<<<xxxx>>>>x>>>>>>x>>>>>>x<<<<<<<<<<xxx>>>>x>x>>>>>xxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<xxx>>>>>>
........((((((.((((((.(((......))).)))))).)))))).(((((.((((...))))...)))))...............(((((.....))))) -36.34
>stem.down35
CACCGTTAATCGGTCCTTACCTTGCAGTTTTGTATGGTGAGTATCGATGCAGCTGAGG
....(((.((((((.((((((.(((......))).)))))).))))))..)))..... -19.78
>stem.up35
CACCGTTAATCGGTCCTTACCTTGCAGTTTTGTATGGT
..((((....(((..((........))..))).)))).  -3.76



>literature.e.sulcatum.EBEL
ACTCGTTTCTTAGTAATACTTTGTTTCGGTATCTATCCTAGCCCTTGCGGCTGGCACCCAGGCAAGTTTCCCTGCCTGGGTCCTTTTGGCTTTTTTTGGTGTGTTTGTG
xxxxxxxxxxxx<<<<<<<<xxxxxxx>>>>>x>>>x<<<<<<xxxxx>>>>>>x<<<<<<<<<xxxxxxxx>>>>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<xxxx>>>
............((((((((.......))))).))).((((((.....)))))).(((((((((........)))))))))............................ -33.00
>stem.down25
ACTCGTTTCTTAGTAATACTTTGTTTCGGTATCTATCCTAGCCCTT
..(((...(((..(((((.......))))))))....)))......  -5.70
>stem.up25
ACTCGTTTCTTAGTAATACTTTGTTTCGGTATCTATCCTAGCCCTTGCGGCTGGCACCCAGGCAAGTTTCCCTGCCTGGGTCCTTTTGGCTTTTTTTGGTGTGTTTGTG
((.((...(..((.....))..)...)))).........  -4.69
((.((...(..(((...)))..)...)))).........  -4.64




>literature.f.hepatica
AACCTTAACGGTTCTCTGCCCTGTATATTAGTGCATGGTAAGAATCGTTGGACCATCGGTCCAAACCCATTATTTGGCTAGCCTCCATTCTGCAGAGGCTAAGAATCC
xxxxxxx<<<<<<<<xx<<<x<<<<xxxxxx>>>>x>>>x>>>>>>>><<<<<xxxxx>>>>>xxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<xxxxxxxxx>>>>>>>xxxxxxx
.......((((((((..(((.((((......)))).))).))))))))(((((.....)))))...............(((((((.........)))))))....... -46.72
>stem.down16
AACCTTAACGGTTCTCTGCCCTGTATATTAGTGCATGGTAAGAATCGTTGGACCATCGG
....(((((((((((.((((.(((((....))))).)))))))))))))))........ -31.45
>stem.up16
AACCTTAACGGTTCTCTGCCCTGTATATTAGTG
.((..(((((((.....)))..)).))...)).  -4.58





>literature.h.contortus.2
GGTTTTAACCCAGTATCTCAAGGTACTACGGGCGTCTGACCTTCCACTTGTGGTTGCGTCACAAACCTCAATTTTTGGATAGCTCACTCGGGGAATCCGGGCGGGCAACAAGC
xxxxxxxx<<<<<<<<<xxxx>>>>>>xx>>>xxxx<<<<xxx<<<xxxx>>>xxxx>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<xxx>>>>>>>>>>>xxxxxxx
........(((((((((....))))))..)))....((((...(((....)))....))))....................((((.(((((.....))))).))))....... -37.63
>stem.down25
GGTTTTAACCCAGTATCTCAAGGTACTACGGGCGTCTGACCTTC
((((....(((((((((....))))))..))).....))))... -17.74
>stem.up25
GGTTTTAACCCAGTATCTCAAGGTACTA
(((....(((..(.....)..)))))).  -2.99




>literatur.hydra-A
CAAACTTCTATTTTCTTAATAAAGGTAGGTACCATAACAGTTTACTTCTCTTTACGATTTTCGGGGTTTCGGGATTGGCT
xxxxxx<<<<<<<<xxxxxxx>>>>>>>>xxxxxxxxx<<<<xxxx<<<<xxx<<xxxxxxxxxx>>xxx>>>>xx>>>>
......((((((((.......)))))))).........((((....((((...((..........))...))))..)))) -14.37
>stem.down21
CAAACTTCTATTTTCTTAATAAAGGTAGGTACCATAACAGT
......((((((((.......))))))))............  -6.02
>stem.up21
CAAACTTCTATTTTCTTAATAAAGG
..((((.((((.....)))).))))  -3.97



>literatur.hydra-B                   
ACGGAAAAAAACACATACTGAAACTTTTTAGTCCCTGTGTAATAAGGTAGGCATCAATAAATTTTGACGCAAATTTTCGAATTTTCGGGGTTTCGGTAGTGGGTAAA
xxxxxxxxxxx<<<x<<<<<<<<<<<<<<<xxx<<<xxxxxxxx>>>>>><<<<<<<xxxxxx>>>>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxx>>>>>>>>>>>>>xxxxxx
...........(((.((((((((((........(((........)))...((.((((......)))).))..................)))))))))))))...... -32.62
>stem.down21
                    AAACTTTTTAGTCCCTGTGTAATAAGGTAGGCATCAATAAATTT
                    ..........((((((........)))..)))............  -7.12
>stem.up21 -- no other hp found





>literature.k.brevis
AATCTCCGTAGCCATTTTGGCTCAAGGTACAAGTCGGGCTGATGCGGTCACGCAGGCCTCTTTTGTATCAGATAAGACAGCAGAGGTACATGATATAAATATTTATTATCGCGATGCTCCATCTGAAAAATTCCACTTGGCAGAGAAGA
xx<<<<xxxx<<<<xxx<<<xxxxxxxxxxxx<<<xxx<<<<<<xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>>>>>>xxxx>>>xx<<<<<<<<<<<<<<<xxxxxxxxxxx>>>>xxx>>>>>>>x>>>>xxxxxxx>>>xx>>>>x>>>>xxx
..((((....((((...(((............(((...((((((.....................))))))....)))..((((((..(((((((...........))))...)))..)).)))).......)))..)))).))))... -46.29
>stem.down.21
AATCTCCGTAGCCATTTTGGCTCAAGGTACAAGTCGGGCTG
....(((((..((((((.....)).))))...))))).... -14.43
>stem.up.21
AATCTCCGTAGCCATTTTGGCTCAAGGTACAAGTCGGG
.((((..(.(((((...)))))).)))).......... -11.42





>final.k.micrum.20
CTTCCTCACCGTAGCCATTTTGGCTCAAGGTACAAGTTGGGCTGTTGCGGTCACGCAGGCCTTTTTTAATCGCTCTATAGCCAACTCTGAATCCGAAGTCATTCTGCATGGCGCAAGTGCATGCATGTTGACCTCCTAGGA
xxxxxx......................>>>..............................................................................................................
.......(((..((((.....))))...))).(((((((((((..((((....))))))))..........(((....)))))))).))..(((((.((((...((((((((....)).))))))...)))).))...))) -66.47
>stem.down20
((..((.(((..((((.....))))...)))...))..)).. -16.75
...((..(((..((((.....))))...))).......)). -14.58
>stem.up20
..((.(((..((((.....))))...)))...)). -12.93
..((.(((..(((((...)))))...)))...)). -12.63



>literature.l.collosoma
AACTAAAACAATTTTTGAAGAACAGTTTCTGTACTTCATTGGTATGTAGAGACTTCCAGAACCTAGTTCTGAAATTTTGGACCGAGCTTTCGGGCTTT
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>xx>>>>>>>xx<<<<<<xxx>>>>>>xxxxxxxxxx<<<<xxxx>>>>xxxxx
.......................((((((((((((.....)))))..)))))))..((((((...))))))..........((((....))))..... -24.00
>stem.down28
                GAAGAACAGTTTCTGTACTTCATTGGTATGTAGAGACTTCCAGAACCTAGTTCTGAAATTTTGGACCGAGCTTTCGGGCTTT
                ..((..((((((((((((.....)))))..)))))))))....... -14.79
>stem.up28
AACTAAAACAATTTTTGAAGAACAGTTTCTGTACTTCATTGGTATGTAGAGACTTCCAGAACCTAGTTCTGAAATTTTGGACCGAGCTTTCGGGCTTT
..((...((((((..(((((.((((...)))).)))))..))).)))..)).. -19.04



>literature.l.enriettii
AACTAACGCTATATAAGTATCAGTTTCTGTACTTTATTGGTATGCGAAACCTTCCGGAACCTGTCTTCCGGCAAGATTTTGGGAGCGCGGAACGGTTT
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>>x>>>>>xxx<<<<<<xxxxxx>>>>>>xxxxxxxxxxx<<<<x<<xxx>>>>>>
......................(((((((((((.....)))))).)))))...((((((......))))))...........((((.((...)))))) -16.26
>stem.down36
                  ATCAGTTTCTGTACTTTATTGGTATGCGAAACCTTCCGGAACCTG
                  ....(((((((((((.....)))))).))))).............  -7.88
>stem.up36
AACTAACGCTATATAAGTATCAGTTTCTGTACTTTATTGGTATGCGAAACCTTCCGGAACCTG
......((((((..(((((.(((...)))))))).....))).))).................  -8.88



>literature.m.pellucidum
ACATTACTGAGTGTAATCATTTTTTCGGTATAAATCACTTCCACTCTGTGGAACCGGAAGCTTTGCGCTTCCAATTTTTGCAACCCGAAAAGGGTAC
xxxxxxx<<<x<x<x<<x<<<xxxxx>>>>>>x>>>>x<<<<<xxxxx>>>>>xx<<<<<<xxxxx>>>>>>xxxxxxxxxx<<<<xxxxx>>>>xx
.......(((...(.((.(((.....))))))..))).(((((.....)))))..((((((.....))))))..........((((.....)))).. -26.58
>stem.down23
        GAGTGTAATCATTTTTTCGGTATAAATCACTTCCA
        (((((..(((........)))......)))))...  -5.48
        ((((((((((........))).))...)))))...  -4.68
>stem.up23
ACATTACTGAGTGTAATCATTTTTTCGGTATAAATCACTTCCAC
....(((((((((....)))....))))))..............  -7.66




>literature.o.dioica
ACTCATCCCATTTTTGAGTCCGATTTCGATTGTCTAACAGGTAAGAATCGTCTCCATGCCAACTCTCTCCTATCCCTCTCGCCTCTTACAAA
<<<<<xxxxxxxxx>>>>>x<<<<<<xxx<<<xxxxx>>>xxxx>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
(((((.........))))).((((((...(((.....)))....)))))).......................................... -14.19
>stem.down20
ACTCATCCCATTTTTGAGTCCGATTTCGATTGTCTAACAGGTAAGAATCGTCTCCATGCC
........(((....(((..((((((..(((........)))..)))))).))).))).. -14.72
>stem.up20
    ATCCCATTTTTGAGTCCGATTTCGATTGTCTAACAGGTAAGAAT
    .....((..(((((......)))))..))...............  -2.03
    .....(((((((.((..(((.......)))..))...)))))))  -8.31
 



>literature.p.curvicauda
CACCTTCTGAGTGTCTATTTTTTTCGGTATATACTCGTTCCACTCCTGTGGACACCCGAACGACCATTGAGCCGTTCAATTTTTGCAGGCGGCAACGCCACAC
xxxxxxx<<<<<<<x<<<<xxxxxx>>>>x>>>>>>>x<<<<<xxxx>>>>>xxxxx<<<<<x<xxxxxx>x>>>>>xxxxxxxxx<<<<xxxxx>>>>xxxx
.......(((((((.((((......)))).))))))).(((((....))))).....(((((.(......).)))))..........(((......))).... -34.62
>stem.down22
CACCTTCTGAGTGTCTATTTTTTTCGGTATATACTCGTTCCACTCC
.......(((((((.((((......)))).)))))))......... -10.87
>stem.up22
CACCTTCTGAGTGTCTATTTTTTTCGGTATATA
.(((....((((....)))).....))).....  -4.31
......(((((...........)))))......  -3.60





>literature.philodina
GGCTTATTACAACTTACCAAGAGGTAAATGATCAATTTTGATCAAATACATGTTGCGATGACGAAAACGTGCGGATCGGTGGCAACACTGATCTGCCAGAGCAAC
xxxxxxxxxxxxx<<<<<xxxx>>>>>x<<<<<<xxxx>>>>>>xxxxxxx<<<<<xxxx<<<xxxx>>><<<<<<<<<<<xxxx>>>>>>>>>>>xxxx>>>>>
.............(((((....))))).((((((....)))))).......(((((....(((....)))(((((((((((....)))))))))))....))))) -52.41
>stem.down20
GGCTTATTACAACTTACCAAGAGGTAAATGATCAATTTTG
((.((((......(((((....))))))))))).......  -7.94
>stem.up20
GGCTTATTACAACTTACCAAGAGGTAAATGATCAATTTTG
((.(((((((..(((...)))..)))).))))).......  -7.70





>literature.p.pacificus.1
GGTTTAATTACCCAAGTTTGAGGTAAAGATTCGATCTGGCTCATGGAAACATGTGGCCTTTTGCCCACCCAAATTTTGGAACGGCGCTGCCTAGGCGGCGCCA
<<x<<xx<<<<<xxxxxxxxx>>>>>xxxxxx>>x>><<<<<<<<xxxx>>>>x>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<xxxx>>>>>>>>x
.......(((((.........)))))...........((((((((....)))).))))........................((((((((....)))))))). -45.98
>stem.down20
GGTTTAATTACCCAAGTTTGAGGTAAAGATTCGATCT
((((.(((((((((....)).)))...)))).)))). -10.90
>stem.up20 here more upstream nucleotides needed!
GGTTTAATTACCCAAGTTTGAGGT
(((......)))............  -3.26


>literature.p.pacificus.2
GGTTTATACCCAGTATCTCAAGGTACGCTTGGGCTTCTGACCAGAAAATCTCTGTGTTGGACAACCAACAGTTTTTGGGCAGCTCTGCGGGGGATATCCTGAGAGCAACA
xxxxxxxx<<<<<<xx<<xxx>>xxx>>x>>>>xx<<<<<<<<<<xxxxx>>>>x>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<x<<<<xxxxxx>>>>>>>>>xxxx
........((((((..(.....)...)).))))..((((((((((.....)))).))))))....................(((((.((((......))))))))).... -41.68
>stem.down20
GGTTTATACCCAGTATCTCAAGGTACGCTTGGGCTTCTGACCAGAAA
((((....(((((((((....)))))...)))).....))))..... -19.94
>stem.up20
GGTTTATACCCAGTATCTCAAGGTACG
......((((...........))))..  -3.53
.......(((..(.....)..)))  -2.22




>literature.r.costata
CATTACTGGGTGTAATCATTTTTTCGGTATAAATCTCTTCCACCTGGAAGAACCGGAAGCCACTGGCTTCCAATTTTTGCAACCCGAAAGGGTAC
xxxxxxxx<<<x<x<<x<<<xxxxx>>>>>>x>>><<<<<<xxxx>>>>>>xxx<<<<<<xxxxx>>>>>>xxxxxxxxxx<<<<xxxx>>>>xx
........(((...((.(((.....)))))..)))((((((....))))))...((((((.....))))))..........((((....)))).. -35.72
>stem.down20
CATTACTGGGTGTAATCATTTTTTCGGTATAAATCTCTTCCACCTGGA
.....(((((((.((..((((.........))))...)).))))))). -12.58
>stem.up20
CATTACTGGGTGTAATCATTTTTTCGGTATAAATCTCTTC
...(((((((((....)))....))))))...........  -7.29




>literature.s.mansoni
AACCGTCACGGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGGTAAGAACCGTCGACCAAGAATCGAAGTTTTCTTTGGCAGCCCTACACACGGGG
xxxx<<<<<<<<<<<<<<xx<<<<xxxxxx>>>>x>>>>>x>>>>>>x>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<xxxxxx>>>>
....((((((((((((((..((((......)))).))))).)))))).))).........................((((......)))) -24.84
>stem.down28
AACCGTCACGGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGGTAAGAACCGTCGACCAAGAATC
..((((((((((((((..(((((....))))).))))))).)))).))).......... -21.63
>stem.up28
AACCGTCACGGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGGTA
(((((((((..((((....)))).)))).).))))....  -9.51



>literature.s.mediterranea1
GCCGTTAGACGGTCTTATCGAAATCTATATAAATCTTATATGGTACGGACCGTTATCCAACATTAGTTGGTTAATTTTTGACAGTCACTTGAATCACAAGTGACTAT
xxxxxxx<<<<<<<<xxxxxxxxx<<<<<<<<xxx>>>>>>>>xxx>>>>>>>>xx<<<<<xxxx>>>>>xxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<xxxxx>>>>>>>>>xx
.......((((((((.........((((((((...))))))))...))))))))..(((((....)))))............(((((((((.....))))))))).. -43.84
>stem.down22
GCCGTTAGACGGTCTTATCGAAATCTATATAAATCTTATATGGTACGGACCGTTATCCA
.......(((((((....((....((((((((...))))))))..)))))))))..... -17.56
>stem.up22 - a very bad one
       GACGGTCTTATCGAAATCTATATAAATCTTATATGGTACGGACCGTTATCCAACATTAGTTGGTTAATTTTTGACAGTCACTTGAATCACAAGTGACTAT
       ...(((..(((.(....).)))...))).........  -0.89




>literature.t.brucei
aactaacgctattattagaacagtttctgtactatattggtatgagaagctcccagtagcagctgggccaacaCacgcaTttgtgctgttggttcCcgccgcatactgcgggaatctggaaggtggggtcggatgacctccactcttt
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGCTGGGCCAACAGACGCATTGTGCTGTTGGTTCCTGCCGCATACTGCGGGAATCTGGAAGGTGGGGTCGGATGACCTCCACTCTTT
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>x>>>>>>><<<<<<<<<x<<x<<<<<<<<<<x<<<xxx>>>>>>>>>>>>>xx>>x>>x>>>>>x>>xxxxxxxxx<<x<<<<<<<xxxx>>>>x>>>>>xxxx
.....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((((.((.((((((((((.(((...)))))))))))))..)).)).))))).)).........((.(((((((....)))).))))).... -67.58
>stem.down23
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCAGTAGCAGC
.......((((((........((((((((((((.....))))).)))))))...))))))... -21.26
             ATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCC
             ........((((((((((((.....))))).)))))))... -14.03
>stem.up23
AACTAACGCTATTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAG
..((...((((.(((.((.((((...)))).))))).))))...))... -13.17



>literature.t.cruzi
AACTAACGCTATTATTGATACAGTTTCTGTACTATATTGGTACGCGAAGCTTCCAAATCCGCGAGTCGCGGCTATGTTTGGTCAATTTCTTTTGACCGGGGTCCACGAACCCTTT
xxxxxxxxxxxxxxxx<<xxx<<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>>x>>>>>>x<<<<<<<<<<<xxx>>>>>xxxx>>>>>>>>xxxxxxxxxxxxxx<<<<<xxxxxx>>>>>xx
................((...((((((((((((.....)))))).)))))).(((((((((((...)))))....))))))))..............(((((......))))).. -39.11
>stem.down23
             ATTGATACAGTTTCTGTACTATATTGGTACGCGAAGCTTCCAAATCCGCG
             .(((....((((((((((((.....)))))).))))))..)))....... -16.86
>stem.up23
AACTAACGCTATTATTGATACAGTTTCTGTACTATATTGGTACGCGA
......((((((((..(.(((((...)))))).....))))).))). -13.51
......(((...(((..(((.(((......))).)))..))).))). -14.48




>literature.t.spiralis
AGGTATTTACCAGATCTAAAAGGTAAATATTTCAAATCTGACACTTTTAGTGTCTTGACAATTTTTGTCTTGGACTTTGGGTTTCCCATGGTCCTTT
<<<<<<<<<<<xxxxxxxxxx>>>>>>>>>>>xxxx<<x<<<<<xxxxx>>>>>xx>>xxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<xxx>>>>>>>>>>xxx
(((((((((((..........)))))))))))....((.(((((.....)))))..)).............((((((((((...))))))))))... -29.49
>stem.down36
AGGTATTTACCAGATCTAAAAGGTAAATATTTCAAATCTGACAC
(((((((((..........)))))))))................  -7.21
>stem.up36 no nice up-version. maybe in another proposed SL RNA? 




>literature.t.vivax
AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAAGACCGTGGTAATTTTGGACACGGCCCTCGTGGCCGCGGCCCCGCGGCCAAACAACACAAAACAAATTT
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<<<<<xxxxx>>>>>x>>>>>>><<<<<<<xxxx>>>>>x>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx<<<<<<<<xxxx>>>>>>>>xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
.....................((((((((((((.....))))).)))))))(((((((....))))).)).....................((((((((....))))))))................... -52.77
>stem.down36
AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAAGCTCCCGGTCGCAA
.................((..((((((((((((.....))))).))))))).....)).... -10.39
>stem.up36
AACTAAAGCTTTTATTAGAACAGTTTCTGTACTATATTGGTATGAGAA
..((...(((..((.(((.((((...)))).)))))..)))...))..  -7.18




>csa.paired_scaffold_remainder_32138:663425-663578 
AGATTGTGAAAGCGATCTATGGTAAAATACATTCTATTTGAATAAGGTAAGAATTTCCTCGGAAAAAAATCTACACCATATTCAAATAGAACTTTTGTTGGATTATTTCAACGCTCAAAAACTGTGGATTTACGTTATTTGGATTTACTCTGTG
>cin.scaffold_8104:933-1036 1079
TTAAAGCACCCAAGTCATACATTTGAAGGTATTCTATTTGAATAAGGTAAGAATCTGAGCTTTGGCTCAACTATATATAAACAAAAGAGTACTGGACCTAAAAT