Overview on processed synteny regions for HOXC9_ENSG00000180806_3e5.protein.info

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60region60, score=268626867.27-0.82.08Danio_rerio19 13916949 13917991 2 72.7% 54.1% 1 198.5 between_species_paralog: hoxa9a
61region61, score=123812383.29-0.81.6Tetraodon_nigroviridis8 6620995 6621216 1 28.5% 83.8% 1 135 between_species_paralog: HOXAb9
62region62, score=2262260.44-0.810.22Tetraodon_nigroviridisUn_random
63region63, score=125812583.22-0.881.35Gasterosteus_aculeatuscontig_2344 65911 66165 1 32.7% 80% -1 145 noComparaHits:
64region64, score=4684681.27-0.980.64Gallus_gallusUn_random
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GSTENG00017478001
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85region85, score=316331635.88-3.672.5Danio_rerio9 1580192 1581290 2 99.2% 53% -1 280 between_species_paralog: hoxd9a
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93region93, score=396639667.57-42.91Mus_musculus2 74498895 74500251 2 76.2% 58.3% 1 257 between_species_paralog: Hoxd9
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95region95, score=130513051.78-4.180.22Gasterosteus_aculeatuscontig_2642
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97region97, score=465146519.15-4.413.2Xenopus_tropicalisscaffold_56 1415310 1416635 2 99.2% 52.3% 1 266 noComparaHits: ENSXETG00000000724
98region98, score=408040807.97-4.582.9Macaca_mulatta3 99059984 99061847 2 99.2% 50.2% 1 247 between_species_paralog: HOXA9
99region99, score=2432430.01-4.60Macaca_mulatta17
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102region102, score=1951950.01-4.60Mus_musculus2
103region103, score=354035406.82-4.612.52Canis_familiaris36 22958879 22959109 1 29.6% 93.5% 1 154 noComparaHits: ENSCAFG00000023404
104region104, score=455145518.91-4.633.1Homo_sapiens7 27169750 27171601 2 99.2% 49.8% -1 244.3 within_species_paralog: HOXA9
105region105, score=442344238.82-4.753.06Canis_familiaris14 43293507 43295428 2 99.2% 47.7% -1 248.4 between_species_paralog: 482372
106region106, score=418941898.72-4.863.14Gallus_gallus2 32579719 32581455 2 99.2% 51.1% -1 248 between_species_paralog: HXA9_CHICK
107region107, score=444644468.94-4.93.12Mus_musculus6 52153830 52155687 2 99.2% 50.4% -1 248 between_species_paralog: Hoxa9
108region108, score=312431246.37-5.192.3Gallus_gallus7 17409077 17409745 1 69.2% 38.5% -1 126 noComparaHits: NP_997060.1
109region109, score=399639968.23-5.482.75Monodelphis_domestica8 293276346 293276801 1 56.2% 46.8% 1 119 between_species_paralog: HOXA9

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
p1 CALCOCO1 ENSP00000262059 ENST00000262059 ENSG00000012822 NP_065949.1 12 52391995 52405293 52396060 -1 14 691 1428
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p4 HOXC11 ENSP00000243082 ENST00000243082 ENSG00000123388 HXC11_HUMAN 12 52653293 52655464 52653746 1 2 304 632
p5 HOXC10 ENSP00000307321 ENST00000303460 ENSG00000180818 HXC10_HUMAN 12 52665311 52669497 52665821 1 2 342 708
p6 HOXC9 ENSP00000302836 ENST00000303450 ENSG00000180806 HXC9_HUMAN 12 52680240 52682725 52680627 1 2 260 556
p7 HOXC8 ENSP00000040584 ENST00000040584 ENSG00000037965 HXC8_HUMAN 12 52689336 52691432 52689696 1 2 242 469
p8 HOXC6 ENSP00000243108 ENST00000243108 ENSG00000197757 HXC6_HUMAN 12 52708573 52710013 52708921 1 2 235 491
p9 HOXC5 ENSP00000309336 ENST00000312492 ENSG00000172789 HXC5_HUMAN 12 52713174 52714543 52713504 1 2 222 467
p10 HOXC4 ENSP00000305973 ENST00000303406 ENSG00000198353 HXC4_HUMAN 12 52733974 52735256 52734367 1 2 264 566
p11 SMUG1 ENSP00000338606 ENST00000337581 ENSG00000123415 SMUG1_HUMAN 12 52862147 52863991 52862549 -1 2 270 568
p12 CBX5 ENSP00000209875 ENST00000209875 ENSG00000094916 CBX5_HUMAN 12 52921806 52937701 52932122 -1 4 191 401.7
p13 HNRPA1 ENSP00000341826 ENST00000340913 ENSG00000135486 ROA1_HUMAN 12 52960859 52964364 52962510 1 10 372 562
p14 NFE2 ENSP00000312436 ENST00000312156 ENSG00000123405 NFE2_HUMAN 12 52972425 52975299 52972980 -1 2 373 762.7
total length of ref-loci (on slice) = 583305 (58e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1 (region 1 for Hsap)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 2 (region 1 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 15 -i 102535406:103079076 -f 41e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=13295 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
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p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1162.7 15 102535406 102547731 -1 12 95.5% 78.9% 2244 0.94 / 0.18 = 5.22 ortholog_one2one: Calcoco1 1
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p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 675.8 15 103076478 103079076 -1 2 100% 88.8% 1125 0.74 / 0.11 = 6.73 ortholog_one2one: Nfe2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3 (region 1 for Mmul)
region3, score=12914 region3, score=12914 region3, score=12914
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 11 -i 50799467:51402814 -f 45e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=331.23 log_scoreRatio_sum=33.3 focal_scoreRatio_sum=119.67
AlnScore=12914 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 1157.9 11 50799467 50813539 -1 11 82.2% 85.1% 2037 0.94 / 0.18 = 5.22 ortholog_one2one: CALCOCO1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 606 11 51036974 51043365 1 2 100% 86.7% 1035 0.57 / 0.06 = 9.5 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 425 11 51052937 51053542 1 1 72.3% 98% 606 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 610 11 51071312 51073479 1 2 99% 96.3% 903 0.56 / 0.03 = 18.67 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 568 11 51083777 51087885 1 2 81% 98.6% 831 0.59 / 0.19 = 3.11 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 555 11 51098616 51101089 1 2 100% 95.6% 825 0.52 / 0.01 = 52 ortholog_one2one: HOXC9 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 455 11 51107689 51109686 1 2 88% 90.5% 669 0.34 / 0.02 = 17 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 491 11 51127353 51128787 1 2 100% 97.9% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 314 11 51131926 51132378 1 1 68% 99.3% 453 0.57 / 0.32 = 1.78 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 518 11 51153294 51154580 1 2 100% 92.8% 792 0.51 / 0.08 = 6.38 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 553 11 51281980 51283824 -1 2 100% 97.4% 813 0.73 / 0.02 = 36.5 ortholog_one2one: SMUG1 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 399.7 11 51344412 51363039 -1 4 100% 94.5% 603 0.37 / 0.01 = 37 ortholog_one2one: CBX5 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 478 11 51388168 51390759 1 4 65.6% 76% 960 0.01 / 0.14 = 0.07 ortholog_one2many: ENSMMUG00000012989 noData
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 746.7 11 51399610 51402814 -1 2 100% 94.6% 1173 0.74 / 0.02 = 37 ortholog_one2one: NFE2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 4 (region 1 for Btau)
region4, score=11686 region4, score=11686 region4, score=11686
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 5 -i 16526128:16874969 -f 26e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=362.79 log_scoreRatio_sum=31.94 focal_scoreRatio_sum=126.19
AlnScore=11686 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 626 5 16868572 16874969 -1 2 100% 90.3% 993 0.57 / 0.02 = 28.5 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 539 5 16857536 16859124 -1 2 100% 90.1% 870 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 606 5 16838893 16841078 -1 2 98.4% 96.7% 897 0.56 / 0.04 = 14 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 553 5 16811866 16814511 -1 2 100% 99.2% 786 0.52 / 0.01 = 52 ortholog_one2one: HOXC9 1
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 342 5 16772489 16774359 -1 2 65.7% 88.7% 504 0.34 / 0.27 = 1.26 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q6 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q6 q6 489 5 16754275 16755703 -1 2 100% 97.5% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: Q28015_BOVIN 1
p9 q7 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q7 q7 460 5 16749677 16751039 -1 2 100% 94.9% 702 0.57 / 0.01 = 57 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q8 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q8 q8 569 5 16729786 16731061 -1 2 100% 90% 900 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 q9 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q9 q9 504 5 16609804 16611606 1 2 99.3% 89.2% 807 0.73 / 0.11 = 6.64 ortholog_one2one: SMUG1_BOVIN 1
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 401.7 5 16554116 16563425 1 4 100% 95.5% 600 0.37 / 0.01 = 37 apparent_ortholog_one2one: Q52T68_BOVIN 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 523.6 5 16533665 16536290 -1 5 65.3% 99.2% 741 0.01 / 0.06 = 0.17 ortholog_one2many: ROA1_BOVIN 4
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 691.9 5 16526128 16528480 1 2 100% 91% 1128 0.74 / 0.09 = 8.22 ortholog_one2one: NP_001014923.1 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 5 (region 1 for Cfam)
region5, score=12209 region5, score=12209 region5, score=12209
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 27 -i 4008479:5021721 -f 76e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=257.8 log_scoreRatio_sum=30.56 focal_scoreRatio_sum=66.01
AlnScore=12209 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
p1 q2 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q2 q2 1116 27 4529145 4542635 1 11 87.1% 85.8% 1926 0.94 / 0.21 = 4.48 ortholog_one2one: 486505 1
p2 q3 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q3 q3 534 27 4318373 4324857 -1 2 100% 75.6% 1065 0.57 / 0.17 = 3.35 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 q4 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q4 q4 486 27 4307268 4308845 -1 2 100% 82.8% 867 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: HOXC12 1
p4 q5 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q5 q5 549 27 4288983 4291010 -1 2 99% 88.1% 906 0.56 / 0.13 = 4.31 ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q6 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q6 q6 657 27 4274733 4278914 -1 2 100% 92.4% 1026 0.59 / 0.07 = 8.43 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 454 27 4254360 4256431 -1 2 90.1% 89% 681 0.34 / 0.03 = 11.33 ortholog_one2one: 607052 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 489 27 4235998 4237443 -1 2 100% 97.5% 726 0.56 / 0.01 = 56 ortholog_one2one: 486499 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 450 27 4231281 4232665 -1 2 100% 93.1% 693 0.57 / 0.03 = 19 ortholog_one2one: 607625 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 562 27 4211935 4213230 -1 2 100% 99.2% 792 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: 486498 1
p11 q11 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q11 q11 485 27 4090464 4092280 1 2 100% 85.2% 813 0.73 / 0.14 = 5.21 ortholog_one2one: 486497 1
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 399.7 27 4040285 4050441 1 4 100% 95% 600 0.37 / 0.01 = 37 ortholog_one2one: 477593 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 551.4 27 4017226 4019929 -1 4 75% 78% 1062 0.01 / 0.01 = 1 between_species_paralog: 476099 3
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 659.4 27 4008479 4010923 1 2 100% 88.5% 1125 0.74 / 0.13 = 5.69 ortholog_one2one: 486495 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 6 (region 1 for Xtro)
region6, score=7062 region6, score=7062 region6, score=7062
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_226.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_226 -i 280901:557959 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=39.3 log_scoreRatio_sum=10.24 focal_scoreRatio_sum=14.42
AlnScore=7062 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 483 scaffold_226 280901 284157 1 2 100% 69.3% 918 0.57 / 0.25 = 2.28 between_species_paralog: ENSXETG00000025184 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 393 scaffold_226 343006 344320 1 2 100% 70.6% 792 0.51 / 0.03 = 17 noComparaHits: ENSXETG00000023470 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 422 scaffold_226 362368 364628 1 2 100% 69.7% 936 0.56 / 0.33 = 1.7 apparent_ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 478 scaffold_226 374651 378201 1 2 100% 67.3% 1053 0.59 / 0.32 = 1.84 ortholog_one2one: HOXC10 1
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 464 scaffold_226 388156 390498 1 2 100% 83.6% 783 0.52 / 0.16 = 3.25 noComparaHits: hoxc9 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 440 scaffold_226 396316 398530 1 2 89.7% 92.2% 657 0.34 / 0.06 = 5.67 ortholog_one2one: hoxc8 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 422 scaffold_226 418988 420489 1 2 97.4% 86.5% 690 0.56 / 0.14 = 4 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 330 scaffold_226 422390 423774 1 2 100% 70.6% 678 0.57 / 0.29 = 1.97 ortholog_one2one: HOXC5 1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 383 scaffold_226 463073 464312 1 2 100% 71.9% 795 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2one: HOXC4 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gapq ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q10 gape - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7 (region 1 for Drer)
region7, score=7050 region7, score=7050 region7, score=7050
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.23.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 23 -i 35580664:35921769 -f 26e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=24.94 log_scoreRatio_sum=4.13 focal_scoreRatio_sum=9.36
AlnScore=7050 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 137.9 23 35580664 35582160 -1 2 19.7% 41.1% 504 0.94 / 0.9 = 1.04 noComparaHits: calcoco1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 488 23 35634466 35637164 1 2 99.7% 71.3% 924 0.57 / 0.24 = 2.37 ortholog_one2many: hoxc13a 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 370 23 35645087 35646667 1 2 100% 65.9% 843 0.51 / 0.08 = 6.38 noComparaHits: Q4PR84_BRARE 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 410 23 35656397 35658682 1 2 100% 64.6% 942 0.56 / 0.35 = 1.6 ortholog_one2many: hoxc11a 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 257.4 23 35665105 35667851 1 2 94.4% 45.2% 1005 0.59 / 0.63 = 0.94 noComparaHits: Q4PR86_BRARE 2
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 403 23 35676857 35678692 1 2 99.6% 72.3% 777 0.52 / 0.27 = 1.93 ortholog_one2one: hoxc9a 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 438 23 35682935 35684949 1 2 100% 82% 750 0.34 / 0.06 = 5.67 ortholog_one2one: hoxc8a 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 367 23 35696960 35698247 1 2 98.3% 73.1% 696 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2many: hoxc6a 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 226.4 23 35700226 35701742 1 2 100% 53.6% 699 0.57 / 0.51 = 1.12 ortholog_one2one: hoxc5a 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 381 23 35712551 35713874 1 2 100% 69% 804 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2one: hoxc4a 1
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 q13 --- - - - - - - - - - - - -
p13 q12 /+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 456.9 23 35912140 35913858 -1 4 75.3% 65% 1050 0.01 / 0.18 = 0.06 between_species_paralog: hnrpa1 1
p14 --- gapq ENSP00000312436 NFE2 q11 --- - - - - - - - - - - - -
--- q13 gape - - - q13 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8 (region 1 for Mdom)
region8, score=977 region8, score=977 region8, score=977
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob04.Un.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l Un -i 106218114:106223253 -f 39e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=28 log_scoreRatio_sum=3.33 focal_scoreRatio_sum=9.33
AlnScore=977 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 480 Un 106218114 106219621 1 2 100% 95.9% 723 0.56 / 0.02 = 28 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9 (region 1 for Trub)
region9, score=7467 region9, score=7467 region9, score=7467
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_66.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_66 -i 66101:225073 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=26.33 log_scoreRatio_sum=3.06 focal_scoreRatio_sum=9.1
AlnScore=7467 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 499 scaffold_66 191837 194602 -1 2 100% 71.6% 924 0.57 / 0.22 = 2.59 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000149366 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 378 scaffold_66 183469 185171 -1 2 100% 66.1% 837 0.51 / 0.06 = 8.5 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000164408 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 402 scaffold_66 171697 173892 -1 2 100% 64% 972 0.56 / 0.36 = 1.56 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000149367 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 206.5 scaffold_66 162817 165131 -1 2 64% 51.1% 669 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: NEWSINFRUG00000146333 3
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 399 scaffold_66 154982 156667 -1 2 99.6% 69.4% 810 0.52 / 0.28 = 1.86 ortholog_one2one: HXC9_FUGRU 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 427 scaffold_66 149217 151058 -1 2 90.5% 88.1% 657 0.34 / 0.08 = 4.25 ortholog_one2one: O42503_FUGRU 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 368 scaffold_66 139091 140214 -1 2 100% 73.7% 708 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2one: O42504_FUGRU 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 135 scaffold_66 135771 135977 -1 1 31.1% 91.3% 207 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146325 1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 368 scaffold_66 126560 127863 -1 2 100% 68.8% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146324 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 273 scaffold_66 71311 73952 1 4 97.9% 64.2% 594 0.37 / 0.32 = 1.16 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146323 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 333.5 scaffold_66 68705 69532 -1 3 54.8% 70.1% 672 0.01 / 0.4 = 0.03 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000146321 1
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 192 scaffold_66 66101 66628 1 1 47.7% 57.5% 528 0.74 / 0.74 = 1 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000146319 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 10 (region 1 for Gacu)
region10, score=3319 region10, score=3319 region10, score=3319
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob05.contig_2643.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2643 -i 4976:46955 -f 31e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.94 log_scoreRatio_sum=2.91 focal_scoreRatio_sum=4.95
AlnScore=3319 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 409 contig_2643 45173 46955 -1 2 99.6% 73.9% 783 0.52 / 0.26 = 2 noComparaHits: ENSGACG00000009396 1
p7 q2 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q2 q2 419 contig_2643 39204 41140 -1 2 88.8% 86.3% 657 0.34 / 0.1 = 3.4 noComparaHits: ENSGACG00000009401 1
p8 q3 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q3 q3 365 contig_2643 28322 29473 -1 2 96.6% 74.9% 702 0.56 / 0.25 = 2.24 noComparaHits: Q4VQD3_GASAC 1
p9 q4 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q4 q4 135 contig_2643 24698 24928 -1 1 34.7% 80.5% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 noComparaHits: ENSGACG00000009416 1
p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 373 contig_2643 14513 15813 -1 2 100% 69.5% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 noComparaHits: ENSGACG00000009421 1
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 11 (region 1 for Olat)
region11, score=7720 region11, score=7720 region11, score=7720
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 7 -i 12781664:12979066 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=23.67 log_scoreRatio_sum=2.83 focal_scoreRatio_sum=8.26
AlnScore=7720 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 234.9 7 12781664 12786178 -1 4 55.4% 33.3% 1245 0.94 / 0.83 = 1.13 ortholog_one2one: ENSORLG00000007883 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 480 7 12836622 12839106 1 2 100% 70.2% 918 0.57 / 0.25 = 2.28 ortholog_one2one: Q3V600_ORYLA 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 368 7 12845783 12847609 1 2 99.6% 65.8% 828 0.51 / 0.09 = 5.67 ortholog_one2one: Q3V601_ORYLA 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 415 7 12857047 12859665 1 2 98.7% 66.6% 930 0.56 / 0.34 = 1.65 ortholog_one2many: Q90ZG3_ORYLA 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 216.6 7 12866025 12868489 1 2 100% 39% 984 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: Q3V603_ORYLA 3
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 409 7 12875582 12877182 1 2 99.2% 73.1% 780 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2one: HXC9_ORYLA 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 421 7 12880841 12882567 1 2 89.7% 87.6% 651 0.34 / 0.1 = 3.4 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA
1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 364 7 12891828 12892930 1 2 99.1% 72.5% 717 0.56 / 0.25 = 2.24 noComparaHits: HXC9_ORYLA ;
Q3V609_ORYLA
1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 135 7 12895763 12895993 1 1 34.7% 81.8% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: Q3V607_ORYLA 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 355 7 12904751 12906049 1 2 100% 66.9% 783 0.51 / 0.37 = 1.38 ortholog_one2one: HXC4_ORYLA 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q11 q11 278 7 12970430 12973774 -1 4 100% 61.3% 636 0.37 / 0.3 = 1.23 ortholog_one2one: ENSORLG00000007971 1
p13 q12 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 403.5 7 12975670 12977062 1 4 94.4% 52.4% 1182 0.01 / 0.28 = 0.04 between_species_paralog: ENSORLG00000008001 1
p14 q13 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q13 q13 190 7 12978623 12979066 -1 1 40.2% 64.7% 444 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 12 (region 2 for Drer)
region12, score=1914 region12, score=1914 region12, score=1914
syntenyRegion: Danio_rerio.glob02.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 11 -i 1362989:1521780 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.53 log_scoreRatio_sum=1.83 focal_scoreRatio_sum=1.4
AlnScore=1914 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
--- q2 gaps - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p1 --- gapq ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gapq ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q3 /+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 281 11 1397134 1398255 1 2 96.5% 53.7% 816 0.51 / 0.3 = 1.7 ortholog_one2one: hoxc12b 2
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q4 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q4 q4 349 11 1379049 1380153 -1 2 100% 71.3% 699 0.56 / 0.28 = 2 ortholog_one2many: hoxc6b 2
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q5 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q5 q5 340.1 11 1362989 1365267 1 2 90% 63.9% 732 0.73 / 0.4 = 1.83 ortholog_one2one: ENSDARG00000063611 1
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 13 (region 1 for Tnig)
region13, score=7224 region13, score=7224 region13, score=7224
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 9 -i 4148559:4311213 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=22.58 log_scoreRatio_sum=1.67 focal_scoreRatio_sum=8.05
AlnScore=7224 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 500 9 4183940 4186707 1 2 100% 71.6% 927 0.57 / 0.22 = 2.59 ortholog_one2many: HOXC13 ;
GSTENG00028043001
1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 367 9 4193048 4194863 1 2 100% 65.6% 843 0.51 / 0.09 = 5.67 ortholog_one2many: GSTENG00028042001 ;
HOXC12
1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 403 9 4205409 4207568 1 2 100% 65% 957 0.56 / 0.36 = 1.56 between_species_paralog: GSTENG00028041001 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 207.1 9 4213950 4216234 1 2 59.9% 53.7% 639 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: HOXC10 ;
GSTENG00028041001
4
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 390 9 4222544 4224265 1 2 99.6% 68.1% 819 0.52 / 0.29 = 1.79 ortholog_one2many: HOXC9 ;
GSTENG00028039001
1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 424 9 4228016 4229943 1 2 88.8% 88.8% 645 0.34 / 0.09 = 3.78 ortholog_one2one: HOXC8 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 370.6 9 4239684 4240805 1 3 99.6% 74.6% 711 0.56 / 0.24 = 2.33 ortholog_one2one: HOXC6 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 137 9 4243970 4244176 1 1 31.1% 92.8% 207 0.57 / 0.7 = 0.81 between_species_paralog: HOXC5 ;
GSTENG00028038001
1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 366 9 4251930 4253228 1 2 100% 68.4% 795 0.51 / 0.35 = 1.46 ortholog_one2many: GSTENG00028038001 ;
HOXC4
1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 202.9 9 4304902 4305941 -1 3 73.8% 62% 465 0.37 / 0.49 = 0.76 ortholog_one2one: GSTENG00028035001 1
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 324.9 9 4307821 4308642 1 3 51.6% 68.4% 693 0.01 / 0.42 = 0.02 between_species_paralog: GSTENG00028034001 1
p14 q12 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q12 q12 182 9 4310779 4311213 -1 1 38.9% 60.7% 435 0.74 / 0.76 = 0.97 ortholog_one2one: GSTENG00028033001 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 14 (region 1 for Ggal)
region14, score=829 region14, score=829 region14, score=829
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob05.Un_random.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 20045123:20048409 -f 25e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.06 log_scoreRatio_sum=1.12 focal_scoreRatio_sum=3.06
AlnScore=829 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 461 Un_random 20045123 20048409 -1 2 99.6% 83.5% 783 0.52 / 0.17 = 3.06 ortholog_one2one: HXD9_CHICK 1
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 15 (region 2 for Gacu)
region15, score=1423 region15, score=1423 region15, score=1423
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob10.contig_2646.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2646 -i 1107:47554 -f 35e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.62 log_scoreRatio_sum=1.1 focal_scoreRatio_sum=0.95
AlnScore=1423 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 148.7 contig_2646 45027 47554 1 3 19.1% 46.8% 417 0.94 / 0.89 = 1.06 noComparaHits: ENSGACG00000009377 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 489 contig_2646 8977 11713 -1 2 99.7% 71% 915 0.57 / 0.24 = 2.37 noComparaHits: ENSGACG00000009389 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 228 contig_2646 1107 1694 -1 1 70.6% 59.6% 588 0.51 / 0.43 = 1.19 noComparaHits: 2
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 16 (region 3 for Gacu)
region16, score=7243 region16, score=7243 region16, score=7243
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.groupXII.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXII -i 11539588:11716245 -f 13e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=20.34 log_scoreRatio_sum=0.98 focal_scoreRatio_sum=7.47
AlnScore=7243 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 148.7 groupXII 11539588 11542115 -1 3 19.1% 46.8% 417 0.94 / 0.89 = 1.06 ortholog_one2one: ENSGACG00000009377 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 489 groupXII 11575429 11578165 1 2 99.7% 71% 915 0.57 / 0.24 = 2.37 ortholog_one2one: ENSGACG00000009389 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 326.2 groupXII 11585448 11587454 1 2 89.4% 65.5% 747 0.51 / 0.19 = 2.68 ortholog_one2one: ENSGACG00000009391 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 414 groupXII 11597219 11599472 1 2 100% 65.2% 954 0.56 / 0.34 = 1.65 ortholog_one2many: ENSGACG00000009392 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 213.8 groupXII 11606255 11609065 1 2 67.5% 48.1% 717 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: ENSGACG00000009394 3
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 409 groupXII 11616265 11618047 1 2 99.6% 73.9% 783 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2one: ENSGACG00000009396 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 419 groupXII 11622080 11624016 1 2 88.8% 86.3% 657 0.34 / 0.1 = 3.4 ortholog_one2one: ENSGACG00000009401 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 365 groupXII 11633747 11634898 1 2 96.6% 74.9% 702 0.56 / 0.25 = 2.24 ortholog_one2one: Q4VQD3_GASAC 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 135 groupXII 11638292 11638522 1 1 34.7% 80.5% 231 0.57 / 0.71 = 0.8 ortholog_one2one: ENSGACG00000009416 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 373 groupXII 11647407 11648707 1 2 100% 69.5% 792 0.51 / 0.34 = 1.5 ortholog_one2one: ENSGACG00000009421 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q11 q11 204.5 groupXII 11708653 11710250 -1 3 74.3% 63.3% 468 0.37 / 0.49 = 0.76 ortholog_one2one: ENSGACG00000009433 3
p13 q12 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q12 q12 304.8 groupXII 11711994 11713700 1 2 80.4% 48% 1152 0.01 / 0.45 = 0.02 between_species_paralog: ENSGACG00000009435 3
p14 q13 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q13 q13 194 groupXII 11715415 11716245 -1 1 64.3% 44.3% 831 0.74 / 0.74 = 1 ortholog_one2one: ENSGACG00000009442 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 17 (region 2 for Ggal)
region17, score=740 region17, score=740 region17, score=740
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob06.Un_random.minQN4.fac2.03.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 11038119:11040351 -f 17e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.24 log_scoreRatio_sum=0.81 focal_scoreRatio_sum=0.75
AlnScore=740 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q1 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q1 q1 468 Un_random 11038119 11040351 -1 2 100% 74.1% 918 0.56 / 0.25 = 2.24 apparent_ortholog_one2one: HOXC11 1
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 18 (region 4 for Gacu)
region18, score=655 region18, score=655 region18, score=655
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob16.contig_2645.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2645 -i 278:19677 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.65 log_scoreRatio_sum=0.5 focal_scoreRatio_sum=0.55
AlnScore=655 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q1 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q1 q1 414 contig_2645 7501 9754 -1 2 100% 65.2% 954 0.56 / 0.34 = 1.65 noComparaHits: ENSGACG00000009392 1
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 19 (region 3 for Drer)
region19, score=618 region19, score=618 region19, score=618
syntenyRegion: Danio_rerio.glob12.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 6 -i 37029814:37032288 -f 19e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.5 log_scoreRatio_sum=0.41 focal_scoreRatio_sum=0.3
AlnScore=618 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 399 6 37029814 37032288 -1 2 83% 69.5% 822 0.57 / 0.38 = 1.5 ortholog_one2many: hoxc13b 2
p3 --- gape ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 20 (region 3 for Ggal)
region20, score=579 region20, score=579 region20, score=579
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob08.Un_random.minQN4.fac2.05.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 4242275:4245456 -f 24e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.36 log_scoreRatio_sum=0.31 focal_scoreRatio_sum=0.27
AlnScore=579 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 374 Un_random 4242275 4245456 1 2 58.2% 87.9% 594 0.57 / 0.42 = 1.36 ortholog_one2one: HOXC13 1
p3 --- gape ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 21 (region 2 for Trub)
region21, score=417 region21, score=417 region21, score=417
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob12.scaffold_3110.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_3110 -i 2081:3808 -f 13e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.98 log_scoreRatio_sum=-0.01 focal_scoreRatio_sum=0.2
AlnScore=417 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 269 scaffold_3110 2081 3808 1 2 97.3% 46.5% 942 0.57 / 0.58 = 0.98 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000160125 3
p3 --- gape ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gape ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gape ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 22 (region 4 for Drer)
region22, score=438 region22, score=438 region22, score=438
syntenyRegion: Danio_rerio.glob10.24.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 24 -i 25215421:25218683 -f 24e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.93 log_scoreRatio_sum=-0.06 focal_scoreRatio_sum=0.93
AlnScore=438 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 244 24 25215421 25218674 1 2 67.7% 66.8% 552 0.52 / 0.56 = 0.93 between_species_paralog: hoxb9a 3
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 23 (region 3 for Trub)
region23, score=375 region23, score=375 region23, score=375
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob10.scaffold_3809.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_3809 -i 3209:5756 -f 19e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.9 log_scoreRatio_sum=-0.1 focal_scoreRatio_sum=0.3
AlnScore=375 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 184.6 scaffold_3809 3209 5738 1 2 97.4% 41% 834 0.56 / 0.62 = 0.9 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000159821 3
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 24 (region 5 for Gacu)
region24, score=1188 region24, score=1188 region24, score=1188
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob13.contig_2345.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2345 -i 69:24078 -f 18e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.89 log_scoreRatio_sum=-0.11 focal_scoreRatio_sum=0.97
AlnScore=1188 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 295 contig_2345 22662 24078 -1 2 94.8% 52.3% 858 0.57 / 0.54 = 1.06 noComparaHits: Q9PWC4_GASAC 2
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 259 contig_2345 11801 13413 -1 2 88.2% 49.3% 849 0.56 / 0.59 = 0.95 noComparaHits: ENSGACG00000007132 4
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 230 contig_2345 4545 6328 -1 2 100% 40% 1080 0.59 / 0.67 = 0.88 noComparaHits: ENSGACG00000007128 2
p6 --- gape ENSP00000302836 HOXC9 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 25 (region 2 for Btau)
region25, score=2844 region25, score=2844 region25, score=2844
syntenyRegion: Bos_taurus.glob03.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 2 -i 16934945:17074109 -f 10e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.84 log_scoreRatio_sum=-0.15 focal_scoreRatio_sum=2.58
AlnScore=2844 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 271 2 17072594 17074109 -1 2 74.8% 54.8% 726 0.57 / 0.57 = 1 between_species_paralog: HOXD13 2
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 191.2 2 17066540 17067497 -1 2 100% 41.6% 903 0.51 / 0.52 = 0.98 noComparaHits: HOXD12 2
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 290 2 17003673 17005967 -1 2 93% 47.8% 1011 0.59 / 0.59 = 1 noComparaHits: HOXD10 2
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 257 2 16998550 16999927 -1 2 76.5% 57.3% 699 0.52 / 0.53 = 0.98 between_species_paralog: HOXD9 2
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 295 2 16991120 16992329 -1 2 97.9% 58.2% 813 0.34 / 0.37 = 0.92 between_species_paralog: HOXD8 2
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 261 2 16969554 16970762 -1 2 83.7% 60.4% 669 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: HOXD4 2
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 26 (region 2 for Cfam)
region26, score=3569 region26, score=3569 region26, score=3569
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob04.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 9 -i 27682151:28287891 -f 45e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.85 log_scoreRatio_sum=-0.16 focal_scoreRatio_sum=2.63
AlnScore=3569 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 242 9 28285974 28287891 -1 2 75.2% 49.6% 744 0.57 / 0.62 = 0.92 between_species_paralog: 491060 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q2 q2 239.8 9 28212650 28216111 -1 2 95% 52% 651 0.52 / 0.56 = 0.93 ortholog_one2many: 608958 2
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--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q5 q5 190.2 9 28185777 28187509 -1 2 99.1% 47.5% 684 0.56 / 0.61 = 0.92 between_species_paralog: 491056 3
p9 q6 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q6 q6 187.2 9 28181580 28183107 -1 2 98.2% 43.7% 777 0.57 / 0.59 = 0.97 noComparaHits: 491056 3
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 294.4 9 28165652 28167383 -1 3 73.9% 64.5% 651 0.51 / 0.47 = 1.09 between_species_paralog: HOXB4 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q8 /+ ENSP00000209875 CBX5 q8 q8 260.3 9 27692222 27696299 -1 4 95.3% 65.1% 546 0.37 / 0.35 = 1.06 between_species_paralog: 491051 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 189 9 27682151 27682855 1 1 59.5% 46% 705 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: Q9XSV2_CANFA 3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 27 (region 5 for Drer)
region27, score=2098 region27, score=2098 region27, score=2098
syntenyRegion: Danio_rerio.glob07.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 2 -i 12067416:12092957 -f 19e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.85 log_scoreRatio_sum=-0.17 focal_scoreRatio_sum=2.3
AlnScore=2098 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 178.3 2 12090569 12092957 -1 2 57% 50% 579 0.57 / 0.72 = 0.79 noComparaHits: hoxd13a 6
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 201.3 2 12085228 12087473 -1 2 70.9% 48.8% 603 0.51 / 0.5 = 1.02 noComparaHits: hoxd12a 3
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 274 2 12079182 12080927 -1 2 93.1% 51.2% 879 0.56 / 0.56 = 1 ortholog_one2many: hoxd11a 3
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 277 2 12071103 12072729 -1 2 91.8% 47.2% 912 0.59 / 0.6 = 0.98 noComparaHits: hoxd10a 1
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 280 2 12067416 12068514 -1 2 99.2% 53% 783 0.52 / 0.49 = 1.06 between_species_paralog: hoxd9a 2
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 28 (region 6 for Drer)
region28, score=943 region28, score=943 region28, score=943
syntenyRegion: Danio_rerio.glob08.3.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 24709898:24717334 -f 56e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.79 log_scoreRatio_sum=-0.23 focal_scoreRatio_sum=0.76
AlnScore=943 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q1 q1 309 3 24715895 24717334 -1 2 98.8% 62.5% 687 0.34 / 0.34 = 1 between_species_paralog: hoxb8a 2
p8 q2 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q2 q2 140 3 24709898 24710191 -1 1 43.8% 68% 294 0.56 / 0.71 = 0.79 noComparaHits: hoxb7a 6
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 29 (region 6 for Gacu)
region29, score=269 region29, score=269 region29, score=269
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob19.contig_6417.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_6417 -i 33858:46196 -f 93e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.78 log_scoreRatio_sum=-0.24 focal_scoreRatio_sum=0.2
AlnScore=269 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q1 q1 126 contig_6417 45990 46184 -1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: 2
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 30 (region 2 for Hsap)
region30, score=3529 region30, score=3529 region30, score=3529
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob04.17.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 17 -i 43490986:44160948 -f 50e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.74 log_scoreRatio_sum=-0.26 focal_scoreRatio_sum=2.62
AlnScore=3529 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 248 17 44159169 44160948 -1 2 82.7% 48.1% 843 0.57 / 0.61 = 0.93 within_species_paralog: HOXB13 4
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q2 q2 239.6 17 44055273 44058630 -1 2 94.6% 52.2% 648 0.52 / 0.56 = 0.93 within_species_paralog: HOXB9 4
p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q3 q3 305 17 44045578 44047065 -1 2 99.6% 62.1% 717 0.34 / 0.34 = 1 within_species_paralog: HOXB8 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q5 q5 194.6 17 44028777 44030511 -1 2 97% 48.9% 669 0.56 / 0.6 = 0.93 within_species_paralog: HOXB6 3
p9 q6 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q6 q6 184.9 17 44024609 44026043 -1 2 97.3% 42.6% 756 0.57 / 0.6 = 0.95 noComparaHits: HOXB5 3
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 275 17 44009128 44010680 -1 2 87.5% 56.5% 726 0.51 / 0.51 = 1 within_species_paralog: HOXB4 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q9 /+ ENSP00000209875 CBX5 q9 q9 253 17 43503805 43509365 -1 4 86.9% 68.4% 492 0.37 / 0.37 = 1 within_species_paralog: CBX1 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q10 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q10 q10 193 17 43490986 43491942 1 1 68.9% 38.6% 957 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: NFE2L1 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 31 (region 2 for Mdom)
region31, score=3258 region31, score=3258 region31, score=3258
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob03.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 187431208:187538599 -f 81e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.77 log_scoreRatio_sum=-0.26 focal_scoreRatio_sum=2.87
AlnScore=3258 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 273 4 187431208 187433161 1 2 86.7% 44.8% 999 0.57 / 0.57 = 1 between_species_paralog: HOXD13 1
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 209.6 4 187439427 187440514 1 2 100% 43.2% 843 0.51 / 0.48 = 1.06 noComparaHits: ENSMODG00000024741 ;
HOXD12
1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 258 4 187447929 187449656 1 2 89.5% 49.8% 867 0.56 / 0.59 = 0.95 ortholog_one2many: HOXD11 2
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 283 4 187458276 187460683 1 2 93% 49.5% 939 0.59 / 0.6 = 0.98 noComparaHits: HOXD10 1
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 270 4 187464529 187465943 1 2 76.2% 60.8% 672 0.52 / 0.51 = 1.02 ortholog_one2many: HOXD9 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 257 4 187472546 187473901 1 2 97.9% 48.3% 903 0.34 / 0.45 = 0.76 ortholog_one2many: HOXD8 1
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q6,q7 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 274 4 187497377 187498595 1 2 85.2% 59.7% 648 0.51 / 0.51 = 1 between_species_paralog: HOXD4 1
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 32 (region 4 for Ggal)
region32, score=295 region32, score=295 region32, score=295
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob07.Un_random.minQN4.fac2.04.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 376759:377022 -f 20e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.73 log_scoreRatio_sum=-0.3 focal_scoreRatio_sum=0.15
AlnScore=295 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q1 q1 167 Un_random 376765 377022 -1 1 32.6% 88.4% 258 0.51 / 0.7 = 0.73 ortholog_one2many: HOXB4 2
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 33 (region 2 for Mmul)
region33, score=276 region33, score=276 region33, score=276
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob06.1099214175475.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 1099214175475 -i 270:614 -f 26e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.72 log_scoreRatio_sum=-0.32 focal_scoreRatio_sum=0.72
AlnScore=276 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 154 1099214175475 342 572 1 1 29.6% 93.5% 231 0.52 / 0.72 = 0.72 noComparaHits: 4
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 34 (region 5 for Ggal)
region34, score=207 region34, score=207 region34, score=207
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob10.Un_random.minQN4.fac2.06.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 13865410:13865634 -f 17e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.71 log_scoreRatio_sum=-0.33 focal_scoreRatio_sum=0.24
AlnScore=207 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 102 Un_random 13865410 13865619 1 1 34.5% 65.4% 210 0.56 / 0.79 = 0.71 noComparaHits: 8
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 35 (region 4 for Trub)
region35, score=696 region35, score=696 region35, score=696
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob07.scaffold_346.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_346 -i 149638:226432 -f 58e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.7 log_scoreRatio_sum=-0.33 focal_scoreRatio_sum=0.54
AlnScore=696 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 232 scaffold_346 195288 196163 1 2 44.8% 74.7% 450 0.57 / 0.64 = 0.89 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000162059 6
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p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q3 --- - - - - - - - - - - - -
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p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 36 (region 7 for Drer)
region36, score=1533 region36, score=1533 region36, score=1533
syntenyRegion: Danio_rerio.glob06.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 16 -i 20974639:21201168 -f 17e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.68 log_scoreRatio_sum=-0.34 focal_scoreRatio_sum=1.79
AlnScore=1533 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 283 16 21167725 21168969 1 2 94.2% 49.4% 825 0.57 / 0.56 = 1.02 between_species_paralog: hoxa13b 4
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 256 16 21177661 21179250 1 2 87.2% 52% 798 0.56 / 0.59 = 0.95 between_species_paralog: hoxa11b 4
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p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 205.5 16 21188212 21189729 1 2 97.7% 46.8% 747 0.52 / 0.63 = 0.83 between_species_paralog: hoxa9b 4
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 37 (region 5 for Trub)
region37, score=253 region37, score=253 region37, score=253
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob09.scaffold_4108.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_4108 -i 5942:6196 -f 19e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.7 log_scoreRatio_sum=-0.35 focal_scoreRatio_sum=0.7
AlnScore=253 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 141 scaffold_4108 5951 6187 1 1 30% 84.8% 237 0.52 / 0.74 = 0.7 noComparaHits: NEWSINFRUG00000159744 4
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 38 (region 2 for Xtro)
region38, score=3054 region38, score=3054 region38, score=3054
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob04.scaffold_334.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_334 -i 198979:589462 -f 29e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.66 log_scoreRatio_sum=-0.36 focal_scoreRatio_sum=2.31
AlnScore=3054 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 209.2 scaffold_334 584781 589462 -1 2 90.8% 48% 621 0.52 / 0.62 = 0.84 between_species_paralog: HOXB9 4
--- q2 gapp - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q3 q3 294 scaffold_334 572885 573865 -1 2 99.6% 58.8% 762 0.34 / 0.37 = 0.92 noComparaHits: ENSXETG00000021993 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q5 q5 198.8 scaffold_334 550361 552753 -1 2 96.6% 48.7% 669 0.56 / 0.59 = 0.95 noComparaHits: ENSXETG00000021987 3
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--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q9 /+ ENSP00000209875 CBX5 q9 q9 258.1 scaffold_334 206553 209823 -1 4 97.9% 62.8% 555 0.37 / 0.35 = 1.06 between_species_paralog: cbx1 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q10 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q10 q10 197 scaffold_334 198979 199926 1 1 71.3% 38.3% 948 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: NFE2L1 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 39 (region 6 for Ggal)
region39, score=1728 region39, score=1728 region39, score=1728
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob03.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 27 -i 3518829:3641295 -f 92e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.64 log_scoreRatio_sum=-0.38 focal_scoreRatio_sum=1.81
AlnScore=1728 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 248 27 3518829 3521207 1 2 74.8% 50.6% 771 0.57 / 0.61 = 0.93 between_species_paralog: HOXB13 2
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q2 q2 241.3 27 3563906 3568210 1 2 88.5% 52.1% 618 0.52 / 0.56 = 0.93 between_species_paralog: HOXB9 3
p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q3 q3 305 27 3578995 3580475 1 2 93.8% 63.1% 702 0.34 / 0.34 = 1 ortholog_one2many: HXB8_CHICK 1
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q4 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q4 q4 126 27 3586387 3586581 1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: HXB5_CHICK ;
HXB8_CHICK
1
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 40 (region 7 for Gacu)
region40, score=221 region40, score=221 region40, score=221
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob18.contig_2644.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2644 -i 2418:2693 -f 21e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.68 log_scoreRatio_sum=-0.38 focal_scoreRatio_sum=0.68
AlnScore=221 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 123 contig_2644 2436 2690 -1 1 32.7% 64.7% 255 0.52 / 0.77 = 0.68 noComparaHits: 8
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 41 (region 8 for Gacu)
region41, score=237 region41, score=237 region41, score=237
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob20.contig_4905.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_4905 -i 15859:22506 -f 50e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.68 log_scoreRatio_sum=-0.38 focal_scoreRatio_sum=0.68
AlnScore=237 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 132 contig_4905 15877 16086 -1 1 26.9% 87.1% 210 0.52 / 0.76 = 0.68 noComparaHits: ENSGACG00000011902 6
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 42 (region 9 for Gacu)
region42, score=1004 region42, score=1004 region42, score=1004
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob09.groupV.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupV -i 4547908:4610678 -f 47e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.59 log_scoreRatio_sum=-0.44 focal_scoreRatio_sum=0.42
AlnScore=1004 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q1 q1 126 groupV 4610472 4610666 -1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: ENSGACG00000003945 2
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q2 /+ ENSP00000209875 CBX5 q2 q2 224.8 groupV 4551655 4552726 -1 4 82.7% 62.7% 465 0.37 / 0.44 = 0.84 between_species_paralog: ENSGACG00000003918 1
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q3 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q3 q3 182 groupV 4547908 4548918 1 1 72.9% 34.1% 1011 0.74 / 0.76 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000003904 3
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 43 (region 2 for Tnig)
region43, score=180 region43, score=180 region43, score=180
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob10.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 6 -i 2710876:2711259 -f 29e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.63 log_scoreRatio_sum=-0.45 focal_scoreRatio_sum=0.13
AlnScore=180 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q1 q1 102 6 2710876 2711223 -1 1 38.6% 49.1% 348 0.51 / 0.81 = 0.63 noComparaHits: GSTENG00023870001 noData
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 44 (region 6 for Trub)
region44, score=176 region44, score=176 region44, score=176
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob11.scaffold_95.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_95 -i 213357:213686 -f 25e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.62 log_scoreRatio_sum=-0.47 focal_scoreRatio_sum=0.12
AlnScore=176 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q1 q1 100 scaffold_95 213384 213686 1 1 37.5% 53.4% 303 0.51 / 0.82 = 0.62 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149044 noData
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 45 (region 8 for Drer)
region45, score=3547 region45, score=3547 region45, score=3547
syntenyRegion: Danio_rerio.glob05.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 21911303:23046123 -f 85e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3547 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
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hoxb13a
3
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p8 q6 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q6 q6 201.4 3 22995009 22996746 -1 2 96.6% 48.1% 681 0.56 / 0.58 = 0.97 between_species_paralog: hoxb6a 3
p9 q7 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q7 q7 128 3 22991260 22991502 -1 1 35.6% 76.5% 243 0.57 / 0.72 = 0.79 noComparaHits: hoxb5a ;
hoxb3a
3
p10 q8 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q8 q8 285 3 22976974 22978642 -1 2 95.8% 58% 735 0.51 / 0.49 = 1.04 between_species_paralog: hoxb4a 2
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 256.9 3 21911303 21916008 1 4 95.8% 61.7% 531 0.37 / 0.36 = 1.03 between_species_paralog: cbx1 2
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 q9 --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 46 (region 7 for Trub)
region46, score=1389 region46, score=1389 region46, score=1389
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob06.scaffold_130.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_130 -i 627432:684837 -f 43e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.53 log_scoreRatio_sum=-0.5 focal_scoreRatio_sum=0.73
AlnScore=1389 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 q2 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q2 q2 126 scaffold_130 631310 631504 1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: NEWSINFRUG00000132774 2
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q4 q4 181 scaffold_130 683878 684837 -1 1 68.9% 36.1% 960 0.74 / 0.76 = 0.97 noComparaHits: NEWSINFRUG00000131651 3
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p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 47 (region 10 for Gacu)
region47, score=531 region47, score=531 region47, score=531
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob17.contig_9874.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9874 -i 2484:8404 -f 44e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.55 log_scoreRatio_sum=-0.5 focal_scoreRatio_sum=0.45
AlnScore=531 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 130 contig_9874 8132 8404 -1 1 38.7% 68.1% 273 0.56 / 0.73 = 0.77 noComparaHits: ENSGACG00000005623 2
p9 q2 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q2 q2 125 contig_9874 2514 2708 -1 1 29.3% 87.7% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: ENSGACG00000005626 3
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 48 (region 3 for Tnig)
region48, score=520 region48, score=520 region48, score=520
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob07.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 3 -i 679890:697538 -f 13e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.52 log_scoreRatio_sum=-0.55 focal_scoreRatio_sum=1.1
AlnScore=520 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q1 q1 207.1 3 695232 697538 -1 2 59.9% 53.7% 639 0.59 / 0.7 = 0.84 noComparaHits: GSTENG00031862001 ;
GSTENG00031863001
4
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q2 127 3 679905 680132 -1 1 29.2% 73.7% 228 0.52 / 0.77 = 0.68 noComparaHits: GSTENG00031864001 7
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 49 (region 2 for Olat)
region49, score=1371 region49, score=1371 region49, score=1371
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob05.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 16 -i 13089813:13274687 -f 14e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.51 log_scoreRatio_sum=-0.56 focal_scoreRatio_sum=1.63
AlnScore=1371 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 287 16 13115192 13116153 1 2 96.4% 49.5% 852 0.57 / 0.55 = 1.04 between_species_paralog: Q3V623_ORYLA 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 242.4 16 13120125 13121652 1 2 94.7% 49.2% 816 0.56 / 0.61 = 0.92 between_species_paralog: Q3V624_ORYLA 3
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 216.6 16 13127640 13129140 1 2 91.8% 42.3% 933 0.59 / 0.69 = 0.86 noComparaHits: Q3V625_ORYLA 3
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 134 16 13131568 13131795 1 1 29.2% 80.3% 228 0.52 / 0.75 = 0.69 between_species_paralog: Q3V626_ORYLA 5
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 50 (region 3 for Btau)
region50, score=1399 region50, score=1399 region50, score=1399
syntenyRegion: Bos_taurus.glob04.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 39661371:40179376 -f 39e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.48 log_scoreRatio_sum=-0.59 focal_scoreRatio_sum=1.99
AlnScore=1399 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 119 4 39661371 39677269 -1 2 15.9% 48.2% 327 0.94 / 0.91 = 1.03 between_species_paralog: TAX1BP1 2
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 135 4 40143543 40144070 1 1 51.5% 48.6% 528 0.57 / 0.79 = 0.72 between_species_paralog: HOXA13 4
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 274 4 40157135 40159492 1 2 70.1% 61.5% 663 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: HOXA11 2
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 164 4 40170821 40171084 1 1 26% 88.8% 264 0.59 / 0.76 = 0.78 noComparaHits: HOXA10 3
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 247.6 4 40177480 40179376 1 2 99.2% 47.8% 885 0.52 / 0.55 = 0.95 between_species_paralog: HOXA9 3
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 51 (region 3 for Olat)
region51, score=595 region51, score=595 region51, score=595
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob07.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 15 -i 4350772:4374628 -f 18e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.49 log_scoreRatio_sum=-0.59 focal_scoreRatio_sum=0.84
AlnScore=595 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 132 15 4374398 4374607 -1 1 26.9% 87.1% 210 0.52 / 0.76 = 0.68 noComparaHits: Q9PVR1_ORYLA 6
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q2 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q2 q2 206.4 15 4350829 4351949 -1 2 84.5% 49.3% 666 0.51 / 0.63 = 0.81 noComparaHits: Q3V5Z3_ORYLA 5
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 52 (region 11 for Gacu)
region52, score=519 region52, score=519 region52, score=519
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob14.contig_9877.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9877 -i 4239:26330 -f 17e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.48 log_scoreRatio_sum=-0.59 focal_scoreRatio_sum=0.97
AlnScore=519 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 151 contig_9877 17464 17757 -1 1 37.7% 72.4% 294 0.52 / 0.72 = 0.72 noComparaHits: 4
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q2 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q2 q2 123 contig_9877 4239 4508 -1 1 40% 66% 270 0.56 / 0.74 = 0.76 noComparaHits: 3
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 53 (region 12 for Gacu)
region53, score=591 region53, score=591 region53, score=591
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob15.groupVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupVI -i 16155941:16182581 -f 20e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.49 log_scoreRatio_sum=-0.59 focal_scoreRatio_sum=0.84
AlnScore=591 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 132 groupVI 16162361 16162570 1 1 26.9% 87.1% 210 0.52 / 0.76 = 0.68 noComparaHits: ENSGACG00000011902 6
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q2 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q2 q2 203.9 groupVI 16181214 16182578 1 2 84.5% 46.8% 705 0.51 / 0.63 = 0.81 noComparaHits: ENSGACG00000011907 5
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 54 (region 8 for Trub)
region54, score=571 region54, score=571 region54, score=571
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob08.scaffold_39.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_39 -i 578900:598598 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.46 log_scoreRatio_sum=-0.62 focal_scoreRatio_sum=0.84
AlnScore=571 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q2 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q2 q2 195 scaffold_39 597373 598598 1 2 82.2% 48% 657 0.51 / 0.65 = 0.78 noComparaHits: NEWSINFRUG00000162165 5
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 55 (region 13 for Gacu)
region55, score=1312 region55, score=1312 region55, score=1312
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob08.groupXX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXX -i 9710597:9849786 -f 10e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.47 log_scoreRatio_sum=-0.62 focal_scoreRatio_sum=1.6
AlnScore=1312 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 291 groupXX 9710597 9711713 1 2 94.5% 51% 834 0.57 / 0.54 = 1.06 between_species_paralog: ENSGACG00000008296 3
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p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 56 (region 14 for Gacu)
region56, score=1312 region56, score=1312 region56, score=1312
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob12.contig_1095.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_1095 -i 26357:49732 -f 18e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.47 log_scoreRatio_sum=-0.62 focal_scoreRatio_sum=1.6
AlnScore=1312 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 291 contig_1095 26357 27473 1 2 94.5% 51% 834 0.57 / 0.54 = 1.06 noComparaHits: ENSGACG00000008296 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 262 contig_1095 32620 34353 1 2 86.8% 54.3% 822 0.56 / 0.58 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000008297 3
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 152 contig_1095 39804 40055 1 1 24.6% 84.5% 252 0.59 / 0.78 = 0.76 noComparaHits: ENSGACG00000008303 4
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 131 contig_1095 43338 43559 1 1 28.5% 81.1% 222 0.52 / 0.76 = 0.68 noComparaHits: ENSGACG00000008310 7
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 57 (region 4 for Tnig)
region57, score=543 region57, score=543 region57, score=543
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob08.17.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 17 -i 9571355:9594639 -f 17e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.44 log_scoreRatio_sum=-0.65 focal_scoreRatio_sum=0.82
AlnScore=543 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 112 17 9576378 9576557 1 1 23.1% 85% 180 0.52 / 0.79 = 0.66 noComparaHits: GSTENG00018723001 ;
HOXDb9
9
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q2 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q2 q2 197.5 17 9593474 9594639 1 2 84.1% 46.7% 675 0.51 / 0.65 = 0.78 noComparaHits: HOXDb4 ;
GSTENG00018723001
5
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 58 (region 9 for Trub)
region58, score=1296 region58, score=1296 region58, score=1296
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob05.scaffold_48.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_48 -i 960816:1097507 -f 10e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.41 log_scoreRatio_sum=-0.67 focal_scoreRatio_sum=1.6
AlnScore=1296 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 263 scaffold_48 1084989 1085990 -1 1 98.5% 43.6% 1002 0.57 / 0.59 = 0.97 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000132089 5
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 157 scaffold_48 1066192 1066446 -1 1 24.9% 85.9% 255 0.59 / 0.77 = 0.77 noComparaHits: NEWSINFRUG00000138061 4
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 137 scaffold_48 1063108 1063341 -1 1 30% 80.8% 234 0.52 / 0.75 = 0.69 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000138062 5
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 59 (region 2 for Mmus)
region59, score=3289 region59, score=3289 region59, score=3289
syntenyRegion: Mus_musculus.glob04.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 11 -i 96010539:96636276 -f 47e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.32 log_scoreRatio_sum=-0.75 focal_scoreRatio_sum=2.52
AlnScore=3289 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 252 11 96010539 96012301 1 2 82.7% 49.3% 831 0.57 / 0.6 = 0.95 between_species_paralog: Hoxb13 4
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q2 q2 233.8 11 96087632 96090937 1 2 66.2% 65% 522 0.52 / 0.57 = 0.91 between_species_paralog: Hoxb9 4
p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q3 q3 306 11 96099053 96100545 1 2 99.6% 62.6% 717 0.34 / 0.34 = 1 between_species_paralog: Hoxb8 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q5 q5 192.5 11 96115267 96117015 1 2 97% 48.9% 669 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: Hoxb6 3
p9 q6 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q6 q6 128 11 96120850 96121188 1 1 49.1% 62.6% 339 0.57 / 0.72 = 0.79 noComparaHits: Hoxb5 3
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 274 11 96134860 96136373 1 2 87.5% 58.6% 717 0.51 / 0.51 = 1 between_species_paralog: Hoxb4 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q8 /+ ENSP00000209875 CBX5 q8 q8 199.5 11 96616898 96622841 1 3 85.9% 59.2% 468 0.37 / 0.5 = 0.74 between_species_paralog: Cbx1 5
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 192 11 96635326 96636276 -1 1 68.9% 38.8% 951 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: Nfe2l1 3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 60 (region 9 for Drer)
region60, score=2686 region60, score=2686 region60, score=2686
syntenyRegion: Danio_rerio.glob03.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 19 -i 13745903:14343697 -f 45e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.27 log_scoreRatio_sum=-0.8 focal_scoreRatio_sum=2.08
AlnScore=2686 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 115.9 19 13745903 13758918 -1 2 22% 38.2% 441 0.94 / 0.91 = 1.03 between_species_paralog: ENSDARG00000034062 2
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 275 19 13896379 13897419 1 1 98.2% 44.8% 1041 0.57 / 0.57 = 1 between_species_paralog: hoxa13a 5
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 144 19 13904077 13904907 1 1 93.1% 34.6% 831 0.56 / 0.77 = 0.73 between_species_paralog: hoxa11a 5
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 198.5 19 13916949 13917991 1 2 72.7% 54.1% 555 0.52 / 0.64 = 0.81 between_species_paralog: hoxa9a 5
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q5 q5 178.1 19 13926353 13927618 1 2 98.2% 44.5% 798 0.57 / 0.61 = 0.93 noComparaHits: hoxa5a 2
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 267 19 13934404 13935585 1 2 95.5% 52.5% 735 0.51 / 0.52 = 0.98 noComparaHits: ENSDARG00000057724 ;
hoxa3a
4
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 230 19 14330201 14332102 -1 4 94.2% 58.3% 534 0.37 / 0.42 = 0.88 between_species_paralog: 562559 3
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 140 19 14342714 14343697 -1 1 75.9% 31.6% 984 0.74 / 0.81 = 0.91 noComparaHits: zgc:77291 6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 61 (region 5 for Tnig)
region61, score=1238 region61, score=1238 region61, score=1238
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob06.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 8 -i 6606129:6713312 -f 80e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.29 log_scoreRatio_sum=-0.8 focal_scoreRatio_sum=1.6
AlnScore=1238 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 179.4 8 6606129 6607246 1 2 82.7% 41.1% 717 0.57 / 0.72 = 0.79 between_species_paralog: HOXAb13 ;
GSTENG00034119001
4
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 249 8 6611310 6613075 1 2 94.4% 48.4% 921 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: GSTENG00034118001 ;
HOXAb11
4
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 231.8 8 6616572 6618000 1 2 64.9% 52.4% 672 0.59 / 0.67 = 0.88 noComparaHits: HOXAb10 ;
GSTENG00034117001
2
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 135 8 6620995 6621216 1 1 28.5% 83.8% 222 0.52 / 0.75 = 0.69 between_species_paralog: HOXAb9 5
p7 --- gape ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 62 (region 6 for Tnig)
region62, score=226 region62, score=226 region62, score=226
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob11.Un_random.minQN4.fac2.03.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 110113334:110113492 -f 12e1 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.44 log_scoreRatio_sum=-0.81 focal_scoreRatio_sum=0.22
AlnScore=226 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q1 q1 106 Un_random 110113334 110113492 1 1 21.9% 96.2% 159 0.34 / 0.77 = 0.44 noComparaHits: GSTENG00008821001 5
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 63 (region 15 for Gacu)
region63, score=1258 region63, score=1258 region63, score=1258
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob11.contig_2344.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2344 -i 19832:66195 -f 35e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.22 log_scoreRatio_sum=-0.88 focal_scoreRatio_sum=1.35
AlnScore=1258 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q1 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q1 q1 145 contig_2344 65911 66165 -1 1 32.7% 80% 255 0.52 / 0.73 = 0.71 noComparaHits: 5
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q2 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q2 q2 130 contig_2344 60661 60927 -1 1 39.1% 70.7% 267 0.56 / 0.73 = 0.77 noComparaHits: ENSGACG00000007112 2
p9 q3 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q3 q3 125 contig_2344 54427 54621 -1 1 29.3% 87.7% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: ENSGACG00000007108 3
p10 q4 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q4 q4 266 contig_2344 45055 46274 -1 2 88.3% 55.8% 684 0.51 / 0.53 = 0.96 noComparaHits: ENSGACG00000007100 4
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 64 (region 7 for Ggal)
region64, score=468 region64, score=468 region64, score=468
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob04.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 27778788:27807228 -f 21e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.27 log_scoreRatio_sum=-0.98 focal_scoreRatio_sum=0.64
AlnScore=468 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 /+ ENSP00000307321 HOXC10 q1 q1 191 Un_random 27778788 27779183 -1 1 38% 74.2% 396 0.59 / 0.73 = 0.81 noComparaHits: 430550 3
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q2 /+ ENSP00000040584 HOXC8 q2 q2 119 Un_random 27806953 27807210 -1 1 36% 66.7% 258 0.34 / 0.74 = 0.46 noComparaHits: HOXB7 5
p8 --- gape ENSP00000243108 HOXC6 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000309336 HOXC5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 65 (region 10 for Trub)
region65, score=2951 region65, score=2951 region65, score=2951
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob03.scaffold_12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_12 -i 2262517:2382351 -f 90e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.12 log_scoreRatio_sum=-0.98 focal_scoreRatio_sum=2.47
AlnScore=2951 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 299 scaffold_12 2381071 2382351 -1 2 93.9% 53% 855 0.57 / 0.53 = 1.08 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149643 2
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 250 scaffold_12 2371829 2373453 -1 2 87.8% 47.2% 840 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000157392 4
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 224.8 scaffold_12 2365048 2366679 -1 2 94.2% 40.2% 1002 0.59 / 0.68 = 0.87 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149640 2
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 242.4 scaffold_12 2360018 2361166 -1 2 99.2% 49.3% 801 0.52 / 0.56 = 0.93 between_species_paralog: HXA9_FUGRU 3
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q5 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q5 q5 125 scaffold_12 2350063 2350257 -1 1 29.3% 87.7% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: 3
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 257 scaffold_12 2341353 2342542 -1 2 87.9% 54% 675 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149629 4
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 182.2 scaffold_12 2266887 2268097 1 2 94.2% 43.1% 717 0.37 / 0.54 = 0.69 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000149621 4
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 135 scaffold_12 2262517 2263137 1 1 56.8% 39.1% 621 0.74 / 0.82 = 0.9 noComparaHits: NEWSINFRUG00000149618 5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 66 (region 4 for Olat)
region66, score=1564 region66, score=1564 region66, score=1564
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob06.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 19 -i 17517940:17594165 -f 57e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.14 log_scoreRatio_sum=-0.99 focal_scoreRatio_sum=0.85
AlnScore=1564 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 188.2 19 17592729 17594165 -1 2 86% 48.6% 657 0.56 / 0.61 = 0.92 between_species_paralog: Q9PVR5_ORYLA 2
p9 q2 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q2 q2 126 19 17590252 17590446 -1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: Q3V611_ORYLA 2
p10 q3 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q2 q3 102 19 17580695 17581018 -1 1 39% 50.9% 324 0.51 / 0.81 = 0.63 noComparaHits: Q3V612_ORYLA noData
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q4 /+ ENSP00000209875 CBX5 q4 q4 220.7 19 17525501 17526816 -1 3 86.4% 56.6% 552 0.37 / 0.45 = 0.82 between_species_paralog: ENSORLG00000012360 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 67 (region 7 for Tnig)
region67, score=2919 region67, score=2919 region67, score=2919
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob02.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 21 -i 1946347:3104249 -f 87e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=2919 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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GSTENG00017476001
2
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HOXA10
3
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GSTENG00017478001
2
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p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
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HOXA5
3
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 258 21 3029847 3031009 1 2 84.8% 52% 714 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: HOXA4 4
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 154.8 21 3100643 3101312 -1 3 62.3% 56.9% 369 0.37 / 0.61 = 0.61 noComparaHits: 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 135 21 3103827 3104249 -1 1 37.8% 48.2% 423 0.74 / 0.82 = 0.9 noComparaHits: GSTENG00017488001 5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 68 (region 5 for Olat)
region68, score=2979 region68, score=2979 region68, score=2979
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob02.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 11 -i 10386271:10632363 -f 18e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.15 log_scoreRatio_sum=-1.02 focal_scoreRatio_sum=2.66
AlnScore=2979 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 119 11 10627464 10632363 1 2 20.3% 42.1% 420 0.94 / 0.91 = 1.03 between_species_paralog: ENSORLG00000005098 3
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p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 228.6 11 10545005 10546852 -1 2 98.5% 40.4% 1017 0.59 / 0.67 = 0.88 noComparaHits: Q3V630_ORYLA 2
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p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q6 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q6 q6 125 11 10525392 10525586 -1 1 29.3% 87.7% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 3
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 274 11 10516217 10517399 -1 2 88.3% 51.9% 756 0.51 / 0.51 = 1 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q8 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q8 q8 137.8 11 10390163 10391324 1 2 73.3% 47.4% 492 0.37 / 0.65 = 0.57 between_species_paralog: ENSORLG00000004972 4
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 135 11 10386271 10386681 1 1 36.7% 50.4% 411 0.74 / 0.82 = 0.9 noComparaHits: ENSORLG00000004962 4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 69 (region 3 for Mmul)
region69, score=3166 region69, score=3166 region69, score=3166
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob04.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 16 -i 32274193:32953353 -f 51e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.11 log_scoreRatio_sum=-1.06 focal_scoreRatio_sum=2.49
AlnScore=3166 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 247 16 32951584 32953353 -1 2 80.6% 48.7% 807 0.57 / 0.61 = 0.93 between_species_paralog: HOXB13 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q2 q2 238.8 16 32852664 32856017 -1 2 94.6% 52.2% 648 0.52 / 0.57 = 0.91 between_species_paralog: HOXB9 3
p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q3 q3 303 16 32842620 32844111 -1 2 99.2% 62.2% 711 0.34 / 0.35 = 0.97 between_species_paralog: HOXB8 2
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q5 q5 193.6 16 32826127 32827850 -1 2 97% 48.9% 669 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: HOXB6 3
p9 q6 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q6 q6 187.5 16 32821997 32823429 -1 2 98.2% 42.5% 810 0.57 / 0.59 = 0.97 noComparaHits: HOXB5 ;
HOXB6
3
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 227.1 16 32806511 32807977 -1 2 77.3% 53.8% 642 0.51 / 0.59 = 0.86 between_species_paralog: HOXB4 3
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q8 /+ ENSP00000209875 CBX5 q8 q8 125.2 16 32291938 32292898 -1 2 51.8% 62.5% 288 0.37 / 0.68 = 0.54 between_species_paralog: ENSMMUG00000019882 noData
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 193 16 32274193 32275149 1 1 68.9% 38.6% 957 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: NFE2L1 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 70 (region 10 for Drer)
region70, score=1358 region70, score=1358 region70, score=1358
syntenyRegion: Danio_rerio.glob09.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 12 -i 34135896:34673873 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.05 log_scoreRatio_sum=-1.1 focal_scoreRatio_sum=0.99
AlnScore=1358 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q1,q6 q1 247 12 34135896 34138094 1 2 99.6% 52.2% 726 0.34 / 0.47 = 0.72 between_species_paralog: hoxb8b 3
p8 q2 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q2 q2 183.9 12 34145297 34146365 1 2 86% 49.3% 627 0.56 / 0.62 = 0.9 between_species_paralog: ENSDARG00000054123 4
p9 q3 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q3,q4 q3 126 12 34613378 34613572 1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: hoxb5b 4
p10 q4 /+ ENSP00000305973 HOXC4 q3,q4 q4 124 12 34660341 34660601 -1 1 33% 67.8% 261 0.51 / 0.78 = 0.65 noComparaHits: hoxb5b 6
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gapq ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q5 gape - - - q5 - - - - - - - - - - - -
--- q6 gape - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 71 (region 4 for Btau)
region71, score=1344 region71, score=1344 region71, score=1344
syntenyRegion: Bos_taurus.glob05.4.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 37099437:37159149 -f 45e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.09 log_scoreRatio_sum=-1.2 focal_scoreRatio_sum=0.93
AlnScore=1344 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q1 q1 112 4 37099446 37099652 1 1 28.9% 75.7% 207 0.34 / 0.76 = 0.45 noComparaHits: HOXA7 5
p8 q2 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q2 q2 211.1 4 37106916 37109024 1 2 97% 46.6% 741 0.56 / 0.57 = 0.98 between_species_paralog: HOXA6 2
p9 q3 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q3 q3 178.5 4 37111024 37112741 1 2 93.2% 45.2% 729 0.57 / 0.61 = 0.93 noComparaHits: HOXA5 2
p10 q4 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q4 q4 167 4 37124791 37125126 1 1 44.3% 70.1% 336 0.51 / 0.7 = 0.73 between_species_paralog: HOXA4 3
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 72 (region 8 for Tnig)
region72, score=991 region72, score=991 region72, score=991
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob05.2.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 1166951:1435728 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=3.01 log_scoreRatio_sum=-1.23 focal_scoreRatio_sum=0.63
AlnScore=991 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q1 q1 121 2 1435438 1435635 -1 1 28.1% 84.8% 198 0.56 / 0.75 = 0.75 between_species_paralog: GSTENG00019143001 ;
HOXBb6
2
p9 q2 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q2 q2 126 2 1432928 1433122 -1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: HOXBb5 ;
GSTENG00019143001
2
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q3 /+ ENSP00000209875 CBX5 q3 q3 110 2 1383183 1383641 -1 1 59.7% 42.9% 459 0.37 / 0.72 = 0.51 between_species_paralog: GSTENG00019151001 4
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q4 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q4 q4 180 2 1379476 1380423 1 1 67.8% 37% 948 0.74 / 0.76 = 0.97 noComparaHits: GSTENG00019152001 3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 73 (region 16 for Gacu)
region73, score=3177 region73, score=3177 region73, score=3177
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob02.groupX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupX -i 9794354:9976077 -f 14e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3177 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 q6 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q6 q6 125 groupX 9889875 9890069 -1 1 29.3% 87.7% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: ENSGACG00000007108 3
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 266 groupX 9880503 9881722 -1 2 88.3% 55.8% 684 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: ENSGACG00000007100 4
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 74 (region 3 for Mdom)
region74, score=2816 region74, score=2816 region74, score=2816
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob02.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 2 -i 200454569:201365664 -f 68e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.74 log_scoreRatio_sum=-1.58 focal_scoreRatio_sum=2.23
AlnScore=2816 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 261 2 201363772 201365664 -1 2 78.2% 52.5% 777 0.57 / 0.59 = 0.97 between_species_paralog: HOXB13 2
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 q4 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q4 q4 187.2 2 201175607 201177388 -1 2 87.2% 45.2% 684 0.56 / 0.61 = 0.92 between_species_paralog: HOXB6 3
p9 q5 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q5 q5 126 2 201170761 201170955 -1 1 29.3% 89.2% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: HOXB5 2
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p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 /+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 246.5 2 200463844 200466752 -1 4 88% 62.8% 513 0.37 / 0.38 = 0.97 between_species_paralog: ENSMODG00000012368 1
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 75 (region 5 for Btau)
region75, score=1631 region75, score=1631 region75, score=1631
syntenyRegion: Bos_taurus.glob02.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 19 -i 30587825:31423489 -f 63e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.55 log_scoreRatio_sum=-1.78 focal_scoreRatio_sum=1.64
AlnScore=1631 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 /+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 210.7 19 31422097 31423462 1 2 49.1% 58.7% 501 0.57 / 0.67 = 0.85 between_species_paralog: HOXB13 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 q4 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q4 q4 123 19 31225476 31225664 -1 1 26.8% 88.9% 189 0.56 / 0.74 = 0.76 noComparaHits: HXB7_BOVIN 4
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q4 --- - - - - - - - - - - - -
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p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 q6 /+ ENSP00000312436 NFE2 q6 q6 192 19 31092565 31093524 -1 1 68.9% 38.4% 960 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: NFE2L1 2
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 76 (region 11 for Trub)
region76, score=2699 region76, score=2699 region76, score=2699
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob04.scaffold_41.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_41 -i 501809:744758 -f 18e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
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--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 143 scaffold_41 744327 744758 -1 1 38.6% 47.9% 432 0.74 / 0.81 = 0.91 noComparaHits: NEWSINFRUG00000132945 4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 77 (region 17 for Gacu)
region77, score=2582 region77, score=2582 region77, score=2582
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob06.groupXI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXI -i 1524174:1924958 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.41 log_scoreRatio_sum=-1.96 focal_scoreRatio_sum=2.01
AlnScore=2582 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 265 groupXI 1524174 1526021 1 2 97% 47.7% 939 0.57 / 0.58 = 0.98 between_species_paralog: ENSGACG00000005617 4
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 q2 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q2 q2 151 groupXI 1626140 1626433 1 1 37.7% 72.4% 294 0.52 / 0.72 = 0.72 noComparaHits: 4
p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q4 q3 109 groupXI 1639398 1639658 1 1 36.8% 61.8% 261 0.34 / 0.76 = 0.45 noComparaHits: 5
p8 q4 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q4 q4 130 groupXI 1655556 1655828 1 1 38.7% 68.1% 273 0.56 / 0.73 = 0.77 noComparaHits: ENSGACG00000005623 2
p9 q5 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q5 q5 125 groupXI 1661252 1661446 1 1 29.3% 87.7% 195 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: ENSGACG00000005626 3
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 267 groupXI 1677315 1679544 1 2 84.1% 55.9% 723 0.51 / 0.52 = 0.98 between_species_paralog: ENSGACG00000005628 3
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 /+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 211.1 groupXI 1916376 1919816 1 3 89% 52.7% 609 0.37 / 0.47 = 0.79 between_species_paralog: ENSGACG00000005637 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 157 groupXI 1924197 1924958 -1 1 59.8% 41.3% 762 0.74 / 0.79 = 0.94 noComparaHits: ENSGACG00000005644 4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 78 (region 9 for Tnig)
region78, score=2184 region78, score=2184 region78, score=2184
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob03.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 37976867:38178237 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.4 log_scoreRatio_sum=-2.02 focal_scoreRatio_sum=1.72
AlnScore=2184 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 273 Un_random 38176507 38178237 -1 2 98.2% 44.8% 996 0.57 / 0.57 = 1 between_species_paralog: GSTENG00020457001 ;
HOXB13
3
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p7 q3 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q3 q3 154 Un_random 38129988 38130416 -1 1 59.5% 52.7% 429 0.34 / 0.67 = 0.51 between_species_paralog: HOXB8 2
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q4 --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 259 Un_random 38083035 38085184 -1 2 84.8% 57.1% 702 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: HOXB4 3
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 /+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 126 Un_random 37980902 37981705 -1 1 79.1% 33.6% 804 0.37 / 0.68 = 0.54 between_species_paralog: GSTENG00004640001 3
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 150 Un_random 37976867 37977349 1 1 41.3% 49.1% 483 0.74 / 0.8 = 0.93 noComparaHits: GSTENG00004639001 4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 79 (region 6 for Olat)
region79, score=2552 region79, score=2552 region79, score=2552
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob04.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 8 -i 24280190:24595464 -f 24e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.29 log_scoreRatio_sum=-2.05 focal_scoreRatio_sum=2
AlnScore=2552 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
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p8 q4 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q4 q4 130 8 24362765 24363079 1 1 45.1% 60.6% 315 0.56 / 0.73 = 0.77 between_species_paralog: Q3V617_ORYLA 3
p9 q5 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q5 q5 126 8 24368213 24368491 1 1 41.9% 67.7% 279 0.57 / 0.73 = 0.78 noComparaHits: Q9PVS0_ORYLA 2
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 273 8 24381089 24382996 1 2 89.8% 55.1% 732 0.51 / 0.51 = 1 between_species_paralog: Q3V619_ORYLA 3
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q7 /+ ENSP00000209875 CBX5 q7 q7 189.5 8 24585261 24589103 1 3 53.9% 81.6% 309 0.37 / 0.52 = 0.71 between_species_paralog: ENSORLG00000017056 3
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 118 8 24595054 24595464 -1 1 36.7% 46.4% 411 0.74 / 0.84 = 0.88 noComparaHits: ENSORLG00000017060 5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 80 (region 3 for Xtro)
region80, score=2190 region80, score=2190 region80, score=2190
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob06.scaffold_161.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_161 -i 1967281:2103539 -f 10e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.24 log_scoreRatio_sum=-2.42 focal_scoreRatio_sum=0.76
AlnScore=2190 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q1 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q1 q1 349 scaffold_161 2101409 2103539 1 2 91.1% 65.6% 732 0.73 / 0.38 = 1.92 ortholog_one2one: SMUG1 1
p12 q2 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q2 q2 335.1 scaffold_161 1998686 2001984 1 4 100% 81.7% 552 0.37 / 0.16 = 2.31 ortholog_one2one: cbx5 1
p13 q3 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q3 q3 279.5 scaffold_161 1977151 1978635 -1 3 40.1% 86.8% 453 0.01 / 0.5 = 0.02 ortholog_one2many: hnrpa1 4
p14 q4 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q4 q4 187 scaffold_161 1967281 1967934 1 1 60.3% 48.5% 654 0.74 / 0.75 = 0.99 ortholog_one2one: NFE2 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 81 (region 4 for Xtro)
region81, score=3765 region81, score=3765 region81, score=3765
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob03.scaffold_163.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_163 -i 19498:652653 -f 47e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.78 log_scoreRatio_sum=-3.3 focal_scoreRatio_sum=2.79
AlnScore=3765 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 274 scaffold_163 649613 652653 -1 2 85.2% 50.7% 891 0.57 / 0.57 = 1 between_species_paralog: HOXD13 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 241 scaffold_163 633884 635447 -1 2 89.8% 48.8% 792 0.56 / 0.61 = 0.92 noComparaHits: 3
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 298 scaffold_163 624911 627823 -1 2 93% 50.2% 933 0.59 / 0.57 = 1.04 noComparaHits: HOXD10 2
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 286 scaffold_163 619622 620793 -1 2 96.9% 58.8% 774 0.52 / 0.48 = 1.08 ortholog_one2many: HOXD9 2
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 256 scaffold_163 608271 609787 -1 2 93.8% 56.9% 654 0.34 / 0.45 = 0.76 between_species_paralog: HOXD8 3
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 258.4 scaffold_163 582352 583439 -1 2 95.1% 50.4% 768 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: HOXD4 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q7 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q7 q7 444.3 scaffold_163 39999 43352 -1 5 72.3% 70.8% 942 0.01 / 0.2 = 0.05 between_species_paralog: ENSXETG00000001806 1
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region 82 (region 3 for Hsap)
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 83 (region 18 for Gacu)
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
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p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 268 contig_5303 266163 267202 1 2 85.6% 56.3% 705 0.51 / 0.52 = 0.98 noComparaHits: ENSGACG00000004551 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q6 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q6 q6 381.3 contig_5303 363107 365446 1 4 61% 68.1% 825 0.01 / 0.32 = 0.03 noComparaHits: ENSGACG00000004477 1
p14 q7 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q7 q7 189 contig_5303 369582 370364 -1 1 61.4% 42.3% 783 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: ENSGACG00000004470 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 84 (region 19 for Gacu)
region84, score=3113 region84, score=3113 region84, score=3113
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob04.groupXVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXVI -i 9699116:9829638 -f 98e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.88 log_scoreRatio_sum=-3.65 focal_scoreRatio_sum=2.29
AlnScore=3113 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q1 q1 189.4 groupXVI 9828470 9829638 -1 2 56% 53.2% 510 0.51 / 0.53 = 0.96 noComparaHits: ENSGACG00000004574 3
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 285 groupXVI 9822571 9823948 -1 2 78% 61.4% 708 0.56 / 0.54 = 1.04 ortholog_one2one: ENSGACG00000004569 2
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 273 groupXVI 9817452 9819091 -1 2 89.8% 47.8% 912 0.59 / 0.61 = 0.97 noComparaHits: ENSGACG00000004564 1
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 236 groupXVI 9814144 9815336 -1 2 86.5% 53.4% 702 0.52 / 0.57 = 0.91 between_species_paralog: Q4VQD4_GASAC 2
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 268 groupXVI 9802278 9803317 -1 2 85.6% 56.3% 705 0.51 / 0.52 = 0.98 between_species_paralog: ENSGACG00000004551 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q6 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q6 q6 381.3 groupXVI 9704034 9706373 -1 4 61% 68.1% 825 0.01 / 0.32 = 0.03 ortholog_one2many: ENSGACG00000004477 2
p14 q7 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q7 q7 189 groupXVI 9699116 9699898 1 1 61.4% 42.3% 783 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: ENSGACG00000004470 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 85 (region 11 for Drer)
region85, score=3163 region85, score=3163 region85, score=3163
syntenyRegion: Danio_rerio.glob04.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 9 -i 651975:1605720 -f 72e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.88 log_scoreRatio_sum=-3.67 focal_scoreRatio_sum=2.5
AlnScore=3163 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 178.3 9 1603330 1605720 -1 2 57% 50% 579 0.57 / 0.72 = 0.79 noComparaHits: hoxd13a 6
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 201.3 9 1597990 1600234 -1 2 70.9% 48.8% 603 0.51 / 0.5 = 1.02 noComparaHits: hoxd12a 3
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 274 9 1591960 1593695 -1 2 93.1% 51.2% 879 0.56 / 0.56 = 1 ortholog_one2many: hoxd11a 3
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 277 9 1583877 1585503 -1 2 91.8% 47.2% 912 0.59 / 0.6 = 0.98 noComparaHits: hoxd10a 1
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 280 9 1580192 1581290 -1 2 99.2% 53% 783 0.52 / 0.49 = 1.06 between_species_paralog: hoxd9a 2
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 272 9 1565334 1566370 -1 2 85.2% 60.3% 648 0.51 / 0.51 = 1 between_species_paralog: hoxd4a 3
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q8 /+ ENSP00000341826 HNRPA1 q8 q8 377.9 9 651975 660373 1 4 58.9% 78.3% 648 0.01 / 0.32 = 0.03 ortholog_one2many: ENSDARG00000059351 2
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 86 (region 7 for Olat)
region86, score=3015 region86, score=3015 region86, score=3015
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob03.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 21 -i 24601819:24760609 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.84 log_scoreRatio_sum=-3.7 focal_scoreRatio_sum=2.36
AlnScore=3015 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q1 q1 192.4 21 24601819 24602905 1 2 69.5% 53% 588 0.51 / 0.52 = 0.98 noComparaHits: Q3V5Z4_ORYLA 2
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 221.2 21 24606881 24608287 1 2 86.2% 47.5% 816 0.56 / 0.65 = 0.86 ortholog_one2one: Q3V5Z5_ORYLA 4
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 264 21 24611697 24613192 1 2 93.6% 46% 972 0.59 / 0.62 = 0.95 noComparaHits: Q9PVQ4_ORYLA 1
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 273 21 24614922 24616108 1 2 99.6% 55.4% 789 0.52 / 0.5 = 1.04 between_species_paralog: HXD9_ORYLA 2
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 270 21 24626722 24627754 1 2 87.1% 58.4% 660 0.51 / 0.52 = 0.98 between_species_paralog: Q3V5Z8_ORYLA 4
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q6 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q6 q6 341 21 24751175 24752863 1 3 55.1% 67.8% 735 0.01 / 0.39 = 0.03 ortholog_one2many: ENSORLG00000017561 2
p14 q7 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q7 q7 196 21 24759587 24760609 -1 1 87.7% 39% 1023 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: ENSORLG00000017568 1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 87 (region 12 for Drer)
region87, score=567 region87, score=567 region87, score=567
syntenyRegion: Danio_rerio.glob11.14.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 14 -i 27097806:27436735 -f 25e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.02 log_scoreRatio_sum=-3.9 focal_scoreRatio_sum=0
AlnScore=567 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q1 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q1 q1 319 14 27435845 27436735 1 1 93.8% 51.4% 891 0.01 / 0.43 = 0.02 between_species_paralog: zgc:77366 5
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 88 (region 12 for Trub)
region88, score=498 region88, score=498 region88, score=498
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob13.scaffold_5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_5 -i 1978077:2416137 -f 33e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.02 log_scoreRatio_sum=-3.9 focal_scoreRatio_sum=0
AlnScore=498 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q1 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q1 q1 280 scaffold_5 2411187 2412089 1 1 93.8% 46.8% 903 0.01 / 0.5 = 0.02 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000132772 3
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 89 (region 8 for Olat)
region89, score=556 region89, score=556 region89, score=556
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob08.10.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 10 -i 929283:2048891 -f 84e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.02 log_scoreRatio_sum=-3.9 focal_scoreRatio_sum=0
AlnScore=556 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
--- q2 gaps - - - q2 - - - - - - - - - - - -
--- q3 gaps - - - q3 - - - - - - - - - - - -
p1 --- gapq ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gapq ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q4 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q4 q4 326 10 933360 934301 -1 1 84.9% 53.4% 942 0.01 / 0.41 = 0.02 between_species_paralog: ENSORLG00000000221 3
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 90 (region 10 for Tnig)
region90, score=507 region90, score=507 region90, score=507
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob13.1.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 1 -i 5770251:6790581 -f 77e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.02 log_scoreRatio_sum=-3.9 focal_scoreRatio_sum=0
AlnScore=507 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q1 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q1 q1 285 1 5770251 5771048 1 1 73.9% 54.8% 798 0.01 / 0.49 = 0.02 between_species_paralog: GSTENG00014209001 2
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 91 (region 3 for Mmus)
region91, score=446 region91, score=446 region91, score=446
syntenyRegion: Mus_musculus.glob05.6.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 83034711:83998116 -f 72e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.02 log_scoreRatio_sum=-3.9 focal_scoreRatio_sum=0
AlnScore=446 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q1 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q1 q1 251 6 83997415 83998116 1 1 56.2% 57.9% 702 0.01 / 0.55 = 0.02 noComparaHits: Dysf noData
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 92 (region 13 for Trub)
region92, score=3004 region92, score=3004 region92, score=3004
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob02.scaffold_100.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_100 -i 260907:372790 -f 84e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.92 log_scoreRatio_sum=-4 focal_scoreRatio_sum=2.37
AlnScore=3004 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q1 q1 186.8 scaffold_100 371715 372790 -1 2 73% 50.5% 612 0.51 / 0.53 = 0.96 noComparaHits: NEWSINFRUG00000120943 2
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 267 scaffold_100 366034 367360 -1 2 66.8% 64.3% 615 0.56 / 0.57 = 0.98 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000162044 3
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 263 scaffold_100 361352 362807 -1 2 92.7% 44.7% 927 0.59 / 0.62 = 0.95 noComparaHits: NEWSINFRUG00000124778 1
p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 267 scaffold_100 358383 359535 -1 2 99.2% 54% 804 0.52 / 0.51 = 1.02 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000124776 2
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 276 scaffold_100 348417 349464 -1 2 92% 55.8% 696 0.51 / 0.51 = 1 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000124775 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q6 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q6 q6 308.8 scaffold_100 266715 267563 -1 3 51.3% 67.7% 675 0.01 / 0.45 = 0.02 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000160665 2
p14 q7 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q7 q7 187 scaffold_100 260907 261788 1 1 72.9% 39.6% 882 0.74 / 0.75 = 0.99 noComparaHits: NEWSINFRUG00000124769 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 93 (region 4 for Mmus)
region93, score=3966 region93, score=3966 region93, score=3966
syntenyRegion: Mus_musculus.glob02.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 2 -i 74469431:75477744 -f 76e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.57 log_scoreRatio_sum=-4 focal_scoreRatio_sum=2.91
AlnScore=3966 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Mus_musculus
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p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 172 2 74475926 74476888 1 1 100% 37.9% 963 0.51 / 0.57 = 0.89 noComparaHits: Hoxd12 2
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p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 289 2 74492900 74495204 1 2 93% 51.1% 939 0.59 / 0.59 = 1 noComparaHits: Hoxd10 2
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p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 269 2 74528118 74529423 1 2 100% 52.3% 777 0.51 / 0.52 = 0.98 noComparaHits: Hoxd3 3
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 194 2 75476821 75477744 -1 1 73.2% 40.1% 924 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: Nfe2l2 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 94 (region 4 for Mmul)
region94, score=3405 region94, score=3405 region94, score=3405
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob02.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 12 -i 39734020:40850337 -f 84e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.31 log_scoreRatio_sum=-4.04 focal_scoreRatio_sum=1.81
AlnScore=3405 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 272 12 39734020 39735550 1 2 71.5% 52.4% 783 0.57 / 0.57 = 1 between_species_paralog: HOXD13 2
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 200.2 12 39740821 39741776 1 2 100% 41.5% 945 0.51 / 0.5 = 1.02 noComparaHits: HOXD12 2
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 141 12 39750165 39750374 1 1 23% 94.3% 210 0.56 / 0.77 = 0.73 noComparaHits: 3
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 242.6 12 39758176 39760422 1 2 53.8% 64.7% 555 0.59 / 0.65 = 0.91 noComparaHits: HOXD10 2
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 244.6 12 39772043 39772931 1 2 66.9% 71.8% 486 0.34 / 0.47 = 0.72 between_species_paralog: HOXD8 3
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 254.5 12 39793366 39794671 1 2 100% 52.2% 765 0.51 / 0.55 = 0.93 between_species_paralog: HOXD4 2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q7 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q7 q7 416.4 12 40834822 40838252 1 4 70.4% 67.3% 951 0.01 / 0.25 = 0.04 between_species_paralog: Q5T6S7_HUMAN noData
p14 q8 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q8 q8 173 12 40849441 40850337 -1 1 69.7% 39.8% 897 0.74 / 0.77 = 0.96 noComparaHits: NFE2L2 3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 95 (region 20 for Gacu)
region95, score=1305 region95, score=1305 region95, score=1305
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob07.contig_2642.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2642 -i 48751:91272 -f 32e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.78 log_scoreRatio_sum=-4.18 focal_scoreRatio_sum=0.22
AlnScore=1305 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q1 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q1 q1 204.5 contig_2642 54746 56343 1 3 74.3% 63.3% 468 0.37 / 0.49 = 0.76 noComparaHits: ENSGACG00000009433 3
p13 q2 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q2 q2 304.8 contig_2642 51296 53002 -1 2 80.4% 48% 1152 0.01 / 0.45 = 0.02 noComparaHits: ENSGACG00000009435 3
p14 q3 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q3 q3 194 contig_2642 48751 49581 1 1 64.3% 44.3% 831 0.74 / 0.74 = 1 noComparaHits: ENSGACG00000009442 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 96 (region 11 for Tnig)
region96, score=2825 region96, score=2825 region96, score=2825
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob04.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 10999363:11117989 -f 89e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.73 log_scoreRatio_sum=-4.2 focal_scoreRatio_sum=2.24
AlnScore=2825 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q1 q1 183.5 2 11110368 11111376 -1 2 55% 56.8% 504 0.51 / 0.54 = 0.94 noComparaHits: GSTENG00031459001 ;
HOXD12 ;
GSTENG00031460001
2
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 265 2 11104976 11106382 -1 2 87.8% 54.5% 804 0.56 / 0.58 = 0.97 ortholog_one2one: HOXD11 2
p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 251.6 2 11100577 11101981 -1 2 92.1% 44.3% 912 0.59 / 0.64 = 0.92 noComparaHits: GSTENG00031461001 ;
HOXD10
1
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p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q5 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q5 q5 274.7 2 11087920 11088977 -1 3 92% 57.1% 702 0.51 / 0.51 = 1 between_species_paralog: GSTENG00031463001 ;
HOXD4
2
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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region 97 (region 5 for Xtro)
region97, score=4651 region97, score=4651 region97, score=4651
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region 98 (region 5 for Mmul)
region98, score=4080 region98, score=4080 region98, score=4080
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region 99 (region 6 for Mmul)
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AlnScore=243 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
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p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 100 (region 13 for Drer)
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p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 101 (region 4 for Hsap)
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syntenyRegion: Homo_sapiens.glob05.13.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=263 (based on relative scores)
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p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 q1 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q1 q1 148 13 27301008 27301220 1 1 19.1% 95.8% 213 0.01 / 0.73 = 0.01 noComparaHits: noData
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 102 (region 5 for Mmus)
region102, score=195 region102, score=195 region102, score=195
syntenyRegion: Mus_musculus.glob17.2.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=195 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
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ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q1 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q1 q1 110 2 146838084 146838653 -1 1 58.3% 36.2% 570 0.01 / 0.8 = 0.01 noComparaHits: noData
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 103 (region 3 for Cfam)
region103, score=3540 region103, score=3540 region103, score=3540
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob02.36.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 36 -i 22929090:24017640 -f 82e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.82 log_scoreRatio_sum=-4.61 focal_scoreRatio_sum=2.52
AlnScore=3540 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 124 36 22929090 22929323 1 1 23.6% 78.2% 234 0.57 / 0.8 = 0.71 noComparaHits: 4
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 184.9 36 22934436 22935399 1 2 79.8% 46.3% 693 0.51 / 0.54 = 0.94 noComparaHits: HOXD12 2
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p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 288 36 22951692 22954001 1 2 93% 50.5% 939 0.59 / 0.59 = 1 noComparaHits: 488415 2
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 154 36 22958879 22959109 1 1 29.6% 93.5% 231 0.52 / 0.72 = 0.72 noComparaHits: ENSCAFG00000023404 3
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p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 216.2 36 22987182 22988275 1 2 53.8% 71.3% 411 0.51 / 0.61 = 0.84 between_species_paralog: HOXD4 3
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q9 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q9 q9 414.9 36 24003741 24006895 1 4 70.4% 66.6% 963 0.01 / 0.26 = 0.04 between_species_paralog: 608074 noData
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 104 (region 5 for Hsap)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 105 (region 4 for Cfam)
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 106 (region 8 for Ggal)
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retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 2 -i 32118713:32895346 -f 58e4 some_geneID_to_be_selected
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p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 190 2 32621235 32621918 -1 1 75.5% 43.8% 684 0.57 / 0.7 = 0.81 noComparaHits: HXA13_CHICK 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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HOXA10 ;
ENSGALG00000021833
2
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p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 163 2 32544822 32545148 -1 1 41.3% 70.6% 327 0.51 / 0.71 = 0.72 between_species_paralog: HXA4_CHICK 3
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q10 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q10 q10 251.4 2 32133175 32138521 1 4 91.6% 67.4% 501 0.37 / 0.37 = 1 between_species_paralog: NP_989974.1 2
p13 q11 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q11 q11 404.7 2 32118713 32123644 -1 5 85.2% 54.9% 1113 0.01 / 0.27 = 0.04 between_species_paralog: Q5ZME1_CHICK 2
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 107 (region 6 for Mmus)
region107, score=4446 region107, score=4446 region107, score=4446
syntenyRegion: Mus_musculus.glob03.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 51387539:52189921 -f 60e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
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ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 258 6 52188499 52189921 -1 2 67.9% 59.7% 708 0.57 / 0.6 = 0.95 between_species_paralog: Hoxa13 3
p3 --- gapq ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q2 q2 282 6 52172946 52175296 -1 2 70.1% 62.8% 663 0.56 / 0.55 = 1.02 between_species_paralog: Hoxa11 2
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p6 q4 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q4 q4 248 6 52153830 52155687 -1 2 99.2% 50.4% 831 0.52 / 0.55 = 0.95 between_species_paralog: Hoxa9 3
p7 q5 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q5 q5 112 6 52145381 52145611 -1 1 31.4% 70.1% 231 0.34 / 0.76 = 0.45 noComparaHits: Hoxa7 4
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p9 q7 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q7 q7 197 6 52132203 52133933 -1 2 98.2% 45.7% 771 0.57 / 0.57 = 1 noComparaHits: Hoxa5 ;
Hoxa3
2
p10 q8 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q8 q8 164 6 52119970 52120275 -1 1 40.5% 73.8% 306 0.51 / 0.71 = 0.72 between_species_paralog: Hoxa4 4
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q9 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q9 q9 249.2 6 51404820 51412177 1 4 91.6% 66.3% 498 0.37 / 0.37 = 1 between_species_paralog: Cbx3 3
p13 q10 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q10 q10 353.2 6 51393670 51396878 -1 3 61.6% 58.2% 918 0.01 / 0.37 = 0.03 between_species_paralog: Hnrpa2b1 noData
p14 q11 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q11 q11 157 6 51387539 51387997 1 1 39.7% 50.3% 459 0.74 / 0.79 = 0.94 noComparaHits: Nfe2l3 4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 108 (region 9 for Ggal)
region108, score=3124 region108, score=3124 region108, score=3124
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 7 -i 16921183:17445827 -f 39e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.37 log_scoreRatio_sum=-5.19 focal_scoreRatio_sum=2.3
AlnScore=3124 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Gallus_gallus
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p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 125 7 17438767 17439000 -1 1 23.6% 79.5% 234 0.57 / 0.8 = 0.71 between_species_paralog: HXD13_CHICK 4
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HXD12_CHICK
2
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p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 119 7 17416029 17416688 -1 1 66.1% 33.3% 660 0.59 / 0.83 = 0.71 noComparaHits: NP_997060.1 7
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 126 7 17409077 17409745 -1 1 69.2% 38.5% 669 0.52 / 0.77 = 0.68 noComparaHits: NP_997060.1 5
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 245.6 7 17402523 17404435 -1 2 68.2% 69% 501 0.34 / 0.47 = 0.72 noComparaHits: NP_997060.1 3
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q7 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q7 q7 169 7 17386807 17387169 -1 1 49.2% 65.4% 363 0.51 / 0.7 = 0.73 between_species_paralog: HXD4_CHICK 1
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q8 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q8 q8 410.2 7 16932257 16936305 -1 4 69.4% 67.7% 918 0.01 / 0.27 = 0.04 ortholog_one2many: ENSGALG00000009250 1
p14 q9 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q9 q9 206 7 16921183 16922067 1 1 69.7% 42.5% 885 0.74 / 0.72 = 1.03 noComparaHits: ENSGALG00000023431 ;
NP_990448.1
1
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region 109 (region 4 for Mdom)
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syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 8 -i 293235090:294158686 -f 69e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.23 log_scoreRatio_sum=-5.48 focal_scoreRatio_sum=2.75
AlnScore=3996 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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