Overview on processed synteny regions for HOXA9_ENSG00000078399_5e5.protein.info

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3region3, score=1273612736310.2136.290.11Mus_musculus6 52153830 52155687 2 100% 97.4% -1 561 ortholog_one2one: Hoxa9
4region4, score=1189311893176.8426.6261.03Canis_familiaris14 43293507 43295428 2 100% 97.4% -1 564 ortholog_one2one: 482372
5region5, score=109291092970.4918.7216.51Monodelphis_domestica8 293276346 293276969 1 77.9% 63.8% 1 251 ortholog_one2one: HOXA9
6region6, score=9118911829.819.358.22Xenopus_tropicalisscaffold_56 1415310 1416635 2 100% 68.2% 1 382 noComparaHits: ENSXETG00000000724
7region7, score=7735773528.747.028.26Gallus_gallus2 32579719 32581455 2 100% 71.2% -1 398 ortholog_one2one: HXA9_CHICK
8region8, score=6577657717.33.844.79Oryzias_latipes11 10539576 10540702 2 100% 54.9% -1 274 noComparaHits: Q9PTV6_ORYLA
9region9, score=6508650816.943.654.72Gasterosteus_aculeatusgroupX 9901359 9902621 2 70.6% 62.5% -1 236.1 ortholog_one2many: ENSGACG00000007123
10region10, score=59335933115.3515.2322.77Bos_taurus4
11region11, score=5915591514.652.954Tetraodon_nigroviridis21 3012226 3013378 2 100% 55.2% 1 280 ortholog_one2many: HOXA9 ;
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12region12, score=52015201162.114.5384.14Bos_taurus4 40177480 40179376 2 100% 95% 1 565 ortholog_one2one: HOXA9
13region13, score=4687468713.11.553.02Danio_rerio19 13917752 13917991 1 29.4% 85% 1 148 ortholog_one2many: hoxa9a
14region14, score=4511451110.91.443.24Takifugu_rubripesscaffold_12 2360015 2361166 2 100% 52.7% -1 273 ortholog_one2many: HXA9_FUGRU
15region15, score=4373437310.8-0.33.46Danio_rerio3 23019694 23022949 2 97.8% 48% -1 226.6 between_species_paralog: hoxb9a
16region16, score=3874387411.923.153.26Danio_rerio16 21188212 21189738 2 99.6% 48.9% 1 240.1 ortholog_one2many: hoxa9b
17region17, score=384838489.280.173.05Mus_musculus11 96087632 96090946 2 69.5% 57.1% 1 222.1 between_species_paralog: Hoxb9
18region18, score=379037909.220.072.91Monodelphis_domestica2 201204822 201205052 1 28.3% 87% -1 147 between_species_paralog: HOXB9
19region19, score=372837288.91-0.082.84Homo_sapiens17 44055264 44058630 2 91.9% 48.4% -1 228.6 within_species_paralog: HOXB9
20region20, score=360536059.01-1.142.69Takifugu_rubripesscaffold_41 540964 541197 1 28.7% 85.9% 1 144 noComparaHits: NEWSINFRUG00000160069
21region21, score=347034708.77-0.243.17Xenopus_tropicalisscaffold_163 619622 620793 2 98.5% 50% -1 242 between_species_paralog: HOXD9
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23region23, score=341434148.661.232.48Gasterosteus_aculeatuscontig_2344 65911 66165 1 31.3% 83.5% -1 151 noComparaHits:
24region24, score=3356335611.612.253Gasterosteus_aculeatuscontig_1095 42380 43568 2 92.6% 44.5% 1 208 noComparaHits: ENSGACG00000008310
25region25, score=3356335611.612.253Gasterosteus_aculeatusgroupXX 9726620 9727808 2 92.6% 44.5% 1 208 ortholog_one2many: ENSGACG00000008310
26region26, score=334233428.05-1.073.27Xenopus_tropicalisscaffold_226 388156 390492 2 100% 50.2% 1 249 noComparaHits: hoxc9
27region27, score=333833388.33-0.732.77Macaca_mulatta16 32852655 32856017 2 91.9% 48.8% -1 231.7 between_species_paralog: HOXB9
28region28, score=330433048.49-0.543.08Monodelphis_domestica4 187464529 187465934 2 70.2% 61.3% 1 228 between_species_paralog: HOXD9
29region29, score=329732978.33-0.792.73Canis_familiaris9 28212641 28216111 2 91.9% 48.8% -1 231 between_species_paralog: 608958
30region30, score=325132518.45-0.63.09Mus_musculus2 74498895 74500242 2 78.7% 55.6% 1 237.6 between_species_paralog: Hoxd9
31region31, score=3220322010.041.782.63Takifugu_rubripesscaffold_48 1063099 1063347 1 30.5% 83.1% -1 150 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000138062
32region32, score=321132118.37-0.732.78Xenopus_tropicalisscaffold_334 579373 579603 1 28.3% 89.6% -1 150 between_species_paralog: HOXB9
33region33, score=3198319810.531.762.76Tetraodon_nigroviridis8 6620992 6621225 1 28.7% 84.6% 1 144 ortholog_one2many: HOXAb9
34region34, score=319731978.59-1.673.32Danio_rerio23 35676857 35678677 2 98.5% 49.6% 1 255 between_species_paralog: hoxc9a
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36region36, score=3184318410.271.72.86Oryzias_latipes16 13130864 13131804 2 96.7% 47.5% 1 221.6 ortholog_one2one: Q3V626_ORYLA
37region37, score=312931297.84-1.382.15Tetraodon_nigroviridisUn_random 38140058 38140288 1 28.3% 85.7% -1 142 noComparaHits: GSTENG00020456001
38region38, score=312031207.72-1.462.16Oryzias_latipes8 24318538 24318771 1 28.7% 84.6% 1 143 between_species_paralog: Q3V615_ORYLA
39region39, score=308730878.3-1.052.68Bos_taurus19 31239435 31239665 1 28.3% 87% -1 147 between_species_paralog: HOXB9
40region40, score=287828787.83-1.383.16Gasterosteus_aculeatusgroupXII 11616265 11618032 2 98.5% 50.9% 1 257 between_species_paralog: ENSGACG00000009396
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43region43, score=277127717.47-0.572.76Bos_taurus2 16998559 16999927 2 70.6% 61.7% -1 236 between_species_paralog: HOXD9
44region44, score=274627466.99-1.153.08Mus_musculus15 102809687 102812164 2 100% 48.8% 1 250.6 between_species_paralog: Hoxc9
45region45, score=274327436.99-1.153.08Homo_sapiens12 52680240 52682716 2 100% 48.6% 1 250 within_species_paralog: HOXC9
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GSTENG00028039001
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51region51, score=247724775.85-0.152.57Gasterosteus_aculeatusgroupXVI 9814144 9815342 2 89% 50% -1 223.6 between_species_paralog: Q4VQD4_GASAC
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53region53, score=240524056.02-1.122.6Bos_taurus5 16811872 16814511 2 100% 49.1% -1 249.6 between_species_paralog: HOXC9
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55region55, score=236123615.66-0.352.56Oryzias_latipes21 24614922 24616108 2 100% 47.2% 1 245 between_species_paralog: HXD9_ORYLA
56region56, score=229622965.58-0.442.55Tetraodon_nigroviridis2 11097817 11098947 2 82.4% 53.1% -1 232.2 between_species_paralog: GSTENG00031462001
57region57, score=229022906.13-0.972.01Gallus_gallus27 3567989 3568219 1 28.3% 87% 1 146 between_species_paralog: HOXB9
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59region59, score=223222325.85-1.32.04Canis_familiaris27
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61region61, score=186818685.170.111.26Danio_rerio12
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76region76, score=5205200.98-0.010.33Gallus_gallusUn_random
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82region82, score=4664661.69-0.341.22Gasterosteus_aculeatusgroupVI 16162334 16162570 1 28.3% 82.3% 1 139 noComparaHits: ENSGACG00000011902
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84region84, score=439439101Gallus_gallusUn_random 20045126 20048409 2 100% 49.8% -1 253 between_species_paralog: HXD9_CHICK
85region85, score=4324320.87-0.130.29Takifugu_rubripesscaffold_3809
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HOXDb9
89region89, score=4154151.53-0.531.13Tetraodon_nigroviridis3 679911 680132 1 27.2% 74.3% -1 124 noComparaHits: GSTENG00031864001
90region90, score=3933930.93-0.060.93Danio_rerio24 25215421 25218683 2 97.8% 48% 1 226.6 between_species_paralog: hoxb9a
91region91, score=3853850.95-0.040.24Danio_rerio6
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93region93, score=3633630.4-0.910.04Mus_musculus19
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97region97, score=3143140.37-0.980.04Monodelphis_domestica8
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99region99, score=2502500.75-0.280.75Takifugu_rubripesscaffold_4108 5963 6196 1 28.7% 85.9% 1 144 noComparaHits: NEWSINFRUG00000159744
100region100, score=2422420.84-0.160.17Gallus_gallusUn_random
101region101, score=2412410.75-0.280.75Gasterosteus_aculeatuscontig_4905 15877 16113 1 28.3% 82.3% -1 139 noComparaHits: ENSGACG00000011902
102region102, score=2332330.67-0.390.1Tetraodon_nigroviridisUn_random
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104region104, score=2252250.94-0.050.47Gasterosteus_aculeatuscontig_4903
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106region106, score=1311310.59-0.520.08Bos_taurus12
107region107, score=1261260.59-0.520.08Canis_familiaris25
108region108, score=1261260.59-0.520.08Monodelphis_domestica4
109region109, score=1231230.59-0.520.08Homo_sapiens13
110region110, score=1201200.59-0.520.08Macaca_mulatta17
111region111, score=1181180.58-0.530.08Oryzias_latipes20

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
p1 SKAP2 ENSP00000005587 ENST00000345317 ENSG00000005020 NP_003921.2 7 26676244 26870573 26733074 -1 12 359 681.9
p2 - ENSP00000328286 ENST00000333401 ENSG00000184579 - 7 26988911 26989532 26989233 -1 2 198 366.1
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p4 HOXA2 ENSP00000222718 ENST00000222718 ENSG00000105996 HXA2_HUMAN 7 27106870 27108644 27107431 -1 2 376 736
p5 HOXA3 ENSP00000324884 ENST00000317201 ENSG00000105997 HXA3_HUMAN 7 27114059 27116784 27114719 -1 2 443 844
p6 Q96MZ3_HUMAN ENSP00000297027 ENST00000297027 ENSG00000164519 Q96MZ3_HUMAN 7 27122158 27128119 27122347 1 2 128 226
p7 HOXA4 ENSP00000353151 ENST00000360046 ENSG00000197576 HXA4_HUMAN 7 27135369 27136877 27136392 -1 2 320 684
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p9 HOXA6 ENSP00000222728 ENST00000222728 ENSG00000106006 HXA6_HUMAN 7 27151802 27153893 27153537 -1 2 233 500
p10 HOXA7 ENSP00000242159 ENST00000242159 ENSG00000122592 HXA7_HUMAN 7 27161053 27162689 27162339 -1 2 230 484
p11 HOXA9 ENSP00000343619 ENST00000343483 ENSG00000078399 HXA9_HUMAN 7 27169747 27171601 27171188 -1 2 272 576
p12 HOXA10 ENSP00000283921 ENST00000283921 ENSG00000153807 HXA10_HUMAN 7 27178043 27180399 27179803 -1 2 393 727
p13 HOXA11 ENSP00000006015 ENST00000006015 ENSG00000005073 HXA11_HUMAN 7 27188940 27191288 27190812 -1 2 313 553
p14 HOXA13 ENSP00000222753 ENST00000222753 ENSG00000106031 HXA13_HUMAN 7 27204342 27206221 27205634 -1 2 388 640
p15 EVX1 ENSP00000222761 ENST00000222761 ENSG00000106038 EVX1_HUMAN 7 27249175 27252569 27251371 1 3 407 638
p16 - ENSP00000322111 ENST00000313812 ENSG00000177093 - 7 27464307 27464999 27464649 -1 1 230 473
p17 HIBADH ENSP00000265395 ENST00000265395 ENSG00000106049 3HIDH_HUMAN 7 27532358 27668932 27549219 -1 8 336 707.1
total length of ref-loci (on slice) = 992689 (99e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 1 (region 1 for Hsap)
region1, score=17000 region1, score=17000 region1, score=17000
syntenyRegion: Homo_sapiens.glob01.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Homo_sapiens -l 7 -i 26676247:27668932 -f 74e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1053 log_scoreRatio_sum=69.29 focal_scoreRatio_sum=277.17
AlnScore=17000 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Homo_sapiens
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 681.9 7 26676247 26861035 -1 9 85.8% 98.7% 942 0.91 / 0.01 = 91 within_species_paralog: SKAP2 1
p2 q2 +/+ ENSP00000328286 - q2 q2 366.1 7 26988974 26989532 -1 2 89.4% 99.4% 531 0.25 / 0.01 = 25 within_species_paralog: ENSG00000184579 1
p3 q3 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q3 q3 671 7 27100587 27102056 -1 2 100% 96.1% 1011 0.67 / 0.01 = 67 within_species_paralog: HOXA1 1
p4 q4 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q4 q4 736 7 27106873 27108644 -1 2 100% 94.8% 1155 0.58 / 0.01 = 58 within_species_paralog: HOXA2 1
p5 q5 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q5 q5 844 7 27114062 27116784 -1 2 100% 87.9% 1389 0.51 / 0.01 = 51 within_species_paralog: HOXA3 1
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Q96MZ3_HUMAN
1
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p10 q10 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q10 q10 484 7 27161056 27162689 -1 2 100% 100% 696 0.72 / 0.01 = 72 within_species_paralog: HOXA7 1
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p12 q12 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q12 q12 727 7 27178046 27180399 -1 2 100% 90.4% 1182 0.64 / 0.01 = 64 within_species_paralog: HOXA10 1
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p15 q15 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q15 q15 638 7 27249175 27252566 1 2 81.6% 93.1% 996 0.51 / 0.01 = 51 within_species_paralog: EVX1 1
p16 q16 +/+ ENSP00000322111 - q16 q16 473 7 27464310 27464999 -1 1 100% 100% 690 0.6 / 0.01 = 60 within_species_paralog: ENSG00000177093 1
p17 q17 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q17 q17 707.1 7 27532361 27668932 -1 8 100% 97.7% 1053 1 / 0.01 = 100 noComparaHits: ENSG00000203508 ;
HIBADH
1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
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region 2 (region 1 for Mmul)
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syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob01.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 652.4 3 98565502 98705633 1 7 92.6% 94% 1008 1 / 0.07 = 14.29 ortholog_one2one: HIBADH 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 3 (region 1 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob01.6.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 6 -i 51789593:52559931 -f 58e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=12736 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 527.7 6 51789593 51933339 -1 7 78.6% 82.2% 882 0.91 / 0.22 = 4.14 ortholog_one2one: Skap2 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 632 6 52086320 52087804 -1 2 100% 89.7% 1023 0.67 / 0.05 = 13.4 ortholog_one2one: Hoxa1 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 724 6 52092472 52094227 -1 2 100% 92.8% 1149 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxa2 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 795 6 52099526 52102232 -1 2 100% 85.2% 1338 0.51 / 0.05 = 10.2 ortholog_one2one: Hoxa3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q5 q5 373 6 52119928 52121271 -1 2 100% 62.9% 858 0.63 / 0.45 = 1.4 ortholog_one2one: Hoxa4 1
p8 q6 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q6 q6 552 6 52132167 52133933 -1 2 100% 97.8% 810 0.42 / 0.01 = 42 ortholog_one2one: Hoxa5 1
p9 q7 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q7 q7 474 6 52135951 52138207 -1 2 100% 94.9% 708 0.49 / 0.05 = 9.8 ortholog_one2one: Hoxa6 1
p10 q8 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q8 q8 410 6 52145360 52146988 -1 2 91.7% 90% 660 0.72 / 0.15 = 4.8 ortholog_one2one: Hoxa7 1
p11 q9 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q9 q9 561 6 52153830 52155687 -1 2 100% 97.4% 816 0.56 / 0.02 = 28 ortholog_one2one: Hoxa9 1
p12 q10 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q10 q10 671 6 52162092 52164466 -1 2 100% 81.8% 1227 0.64 / 0.07 = 9.14 ortholog_one2one: Hoxa10 1
p13 q11 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q11 q11 531 6 52172946 52175299 -1 2 100% 82.6% 960 0.46 / 0.03 = 15.33 ortholog_one2one: Hoxa11 1
p14 q12 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q12 q12 643.5 6 52188490 52190352 -1 4 85.1% 92.8% 987 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: Hoxa13 1
p15 q13 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q13 q13 720 6 52243423 52246674 1 3 100% 81.9% 1317 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: Evx1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q14 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q14 q14 563.2 6 52476485 52559931 -1 6 86% 87.7% 927 1 / 0.2 = 5 ortholog_one2many: Hibadh 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 4 (region 1 for Cfam)
region4, score=11893 region4, score=11893 region4, score=11893
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob01.14.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 14 -i 42873930:43723829 -f 64e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=176.84 log_scoreRatio_sum=26.62 focal_scoreRatio_sum=61.03
AlnScore=11893 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 517.2 14 42873930 43039498 -1 7 74.7% 86.8% 819 0.91 / 0.24 = 3.79 ortholog_one2one: 482366 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 390 14 43224741 43225391 -1 1 65.4% 86.8% 651 0.67 / 0.41 = 1.63 ortholog_one2one: 482367 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 717 14 43230182 43231949 -1 2 100% 91.3% 1170 0.58 / 0.02 = 29 ortholog_one2one: 609592 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 782 14 43237520 43240239 -1 2 100% 81.6% 1401 0.51 / 0.07 = 7.29 ortholog_one2one: HOXA3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q5 q5 478 14 43258529 43260031 -1 2 100% 73.8% 954 0.63 / 0.3 = 2.1 ortholog_one2one: Q9XT68_CANFA 1
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q7 q7 360 14 43272608 43273168 -1 1 69.3% 92.5% 561 0.42 / 0.36 = 1.17 ortholog_one2one: HOXA5 1
p9 q8 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q8 q8 487 14 43275219 43277309 -1 2 100% 96.6% 714 0.49 / 0.02 = 24.5 ortholog_one2one: 611383 1
p10 q9 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q9 q9 410 14 43284774 43286350 -1 2 84.3% 99% 585 0.72 / 0.15 = 4.8 ortholog_one2one: 482371 1
p11 q10 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q10 q10 564 14 43293507 43295428 -1 2 100% 97.4% 816 0.56 / 0.02 = 28 ortholog_one2one: 482372 1
p12 q11 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q11 q11 631 14 43301964 43304348 -1 2 100% 80.7% 1194 0.64 / 0.13 = 4.92 ortholog_one2one: 482373 1
p13 q12 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q12 q12 503 14 43312984 43315440 -1 2 78.9% 96.8% 741 0.46 / 0.09 = 5.11 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q13 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q13 q13 483 14 43328786 43330229 -1 2 61.3% 94.6% 723 0.58 / 0.24 = 2.42 ortholog_one2one: 482375 1
p15 q14 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q14 q14 702 14 43374223 43377670 1 3 100% 81.2% 1293 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: 482376 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 639.1 14 43628673 43723829 -1 7 91.4% 94% 993 1 / 0.09 = 11.11 ortholog_one2one: 479610 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
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region 5 (region 1 for Mdom)
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syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob01.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
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region 6 (region 1 for Xtro)
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syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob01.scaffold_56.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_56 -i 1151389:1730155 -f 43e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=29.81 log_scoreRatio_sum=9.35 focal_scoreRatio_sum=8.22
AlnScore=9118 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 271.9 scaffold_56 1602051 1730155 1 4 43.2% 71.7% 498 0.91 / 0.6 = 1.52 ortholog_one2one: scap2 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 480 scaffold_56 1479966 1481226 1 2 99.7% 70.5% 978 0.67 / 0.28 = 2.39 ortholog_one2one: hoxa1 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 600 scaffold_56 1470271 1471801 1 2 100% 80.7% 1119 0.58 / 0.18 = 3.22 ortholog_one2one: HOXA2 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 403 scaffold_56 1464659 1465438 1 1 60.9% 74.5% 780 0.51 / 0.52 = 0.98 ortholog_one2one: HOXA3 1
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q6 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q6 q6 254.7 scaffold_56 1443839 1444910 1 2 90.6% 50.6% 735 0.63 / 0.62 = 1.02 ortholog_one2one: HOXA4 1
p8 q7 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q7 q7 460 scaffold_56 1433019 1434430 1 2 100% 79% 822 0.42 / 0.18 = 2.33 ortholog_one2one: hoxa5 1
p9 q8 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q8 q8 356 scaffold_56 1430023 1431420 1 2 100% 71.6% 702 0.49 / 0.28 = 1.75 noComparaHits: ENSXETG00000027535 1
p10 q9 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q9 q9 304 scaffold_56 1421765 1423392 1 2 95.2% 69.5% 624 0.72 / 0.37 = 1.95 ortholog_one2one: HOXA7 1
p11 q10 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q10 q10 382 scaffold_56 1415310 1416635 1 2 100% 68.2% 786 0.56 / 0.33 = 1.7 noComparaHits: ENSXETG00000000724 1
p12 q11 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q11 q11 420 scaffold_56 1407357 1409254 1 2 100% 59.7% 1068 0.64 / 0.42 = 1.52 ortholog_one2one: HOXA10 1
p13 q12 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q12 q12 429 scaffold_56 1397331 1399145 1 2 81.5% 83.1% 756 0.46 / 0.22 = 2.09 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q13 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q13 q13 400 scaffold_56 1384790 1386299 1 2 100% 56.2% 936 0.58 / 0.37 = 1.57 ortholog_one2one: HOXA13 1
p15 q14 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q14 q14 567 scaffold_56 1323527 1325865 -1 3 99% 71.3% 1161 0.51 / 0.11 = 4.64 ortholog_one2one: EVX1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 475.7 scaffold_56 1151389 1228229 1 5 89.9% 74.5% 921 1 / 0.32 = 3.13 ortholog_one2one: Q5BKJ0_XENTR 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p1, q15 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p2, q15 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p3, q15 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p4, q15 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p5, q15 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p6, q15 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p7, q15 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p8, q15 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p9, q15 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p10, q15 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p11, q15 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p12, q15 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p13, q15 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p14, q15 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p15, q15 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p16, q15 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14 p17, q15
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 7 (region 1 for Ggal)
region7, score=7735 region7, score=7735 region7, score=7735
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob01.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 2 -i 32327815:32855815 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=28.74 log_scoreRatio_sum=7.02 focal_scoreRatio_sum=8.26
AlnScore=7735 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 290.4 2 32327815 32369123 -1 4 37.9% 84.2% 438 0.91 / 0.57 = 1.6 ortholog_one2one: 420629 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 177 2 32513673 32513981 -1 1 30.7% 85.4% 309 0.67 / 0.73 = 0.92 noComparaHits: Q804C5_CHICK 1
p4 q3 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q3 q3 179 2 32518833 32519213 -1 1 34.6% 69.2% 381 0.58 / 0.75 = 0.77 ortholog_one2one: Q804C5_CHICK 1
p5 q4 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q4 q4 677 2 32524757 32527370 -1 2 100% 74.8% 1278 0.51 / 0.19 = 2.68 ortholog_one2one: HXD3_CHICK 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q5 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q5 q5 238.4 2 32544810 32546192 -1 2 46.6% 78.5% 435 0.63 / 0.65 = 0.97 ortholog_one2one: HXA4_CHICK 1
p8 q6 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q6 q6 174 2 32558335 32558583 -1 1 30.7% 100% 249 0.42 / 0.69 = 0.61 noComparaHits: HOXA6 2
p9 q7 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q7 q7 396 2 32562094 32563595 -1 2 92.7% 85.6% 642 0.49 / 0.2 = 2.45 ortholog_one2one: HOXA6 1
p10 q8 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q8 q8 307 2 32570326 32571985 -1 2 84.3% 75% 564 0.72 / 0.36 = 2 ortholog_one2one: HXA7_CHICK 1
p11 q9 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q9 q9 398 2 32579719 32581455 -1 2 100% 71.2% 792 0.56 / 0.3 = 1.87 ortholog_one2one: HXA9_CHICK 1
--- q10 gapp - - - q10 - - - - - - - - - - - -
p12 q11 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q11 q11 245 2 32590110 32590937 -1 1 82.2% 50% 828 0.64 / 0.66 = 0.97 between_species_paralog: ENSGALG00000011072 1
p13 q12 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q12 q12 461 2 32600650 32603870 -1 2 100% 74% 894 0.46 / 0.16 = 2.88 ortholog_one2one: HXA11_CHICK 1
p14 q13 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q13 q13 290 2 32621247 32621918 -1 1 79.1% 56.7% 672 0.58 / 0.54 = 1.07 noComparaHits: HXA13_CHICK 1
p15 q14 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q14 q14 581 2 32656482 32659744 1 3 96.1% 71.5% 1194 0.51 / 0.08 = 6.38 ortholog_one2one: EVX1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q15 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q15 q15 504 2 32781698 32855815 -1 6 89.3% 79.6% 909 1 / 0.28 = 3.57 ortholog_one2one: Q5ZLI9_CHICK 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
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region 8 (region 1 for Olat)
region8, score=6577 region8, score=6577 region8, score=6577
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob01.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 11 -i 10492542:10619894 -f 96e3 some_geneID_to_be_selected
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 9 (region 1 for Gacu)
region9, score=6508 region9, score=6508 region9, score=6508
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob01.groupX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupX -i 9855280:9969018 -f 85e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=6508 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p12 q8 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q8 q8 306 groupX 9906816 9908599 -1 2 100% 47.8% 1086 0.64 / 0.57 = 1.12 ortholog_one2many: ENSGACG00000007128 1
p13 q9 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q9 q9 357 groupX 9914072 9915687 -1 2 98.7% 60.8% 882 0.46 / 0.35 = 1.31 ortholog_one2many: ENSGACG00000007132 1
p14 q10 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q10 q10 372 groupX 9924924 9926349 -1 2 99.7% 56.9% 897 0.58 / 0.41 = 1.41 ortholog_one2many: Q9PWC4_GASAC 1
p15 q11 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q11 q11 451.1 groupX 9934458 9936730 1 3 96.1% 60.1% 1116 0.51 / 0.29 = 1.76 ortholog_one2one: ENSGACG00000007148 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q12 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q12 q12 421.6 groupX 9953837 9969018 -1 4 84.2% 58.6% 1137 1 / 0.4 = 2.5 ortholog_one2many: ENSGACG00000007155 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 10 (region 1 for Btau)
region10, score=5933 region10, score=5933 region10, score=5933
syntenyRegion: Bos_taurus.glob01.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 37098097:37159206 -f 46e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=115.35 log_scoreRatio_sum=15.23 focal_scoreRatio_sum=22.77
AlnScore=5933 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 627 4 37157707 37159206 1 2 100% 84.5% 1089 0.67 / 0.06 = 11.17 ortholog_one2one: HOXA1 1
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 736 4 37151131 37152881 1 2 100% 94.3% 1149 0.58 / 0.01 = 58 ortholog_one2one: HOXA2 1
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 758 4 37142956 37145704 1 2 90.1% 84.6% 1284 0.51 / 0.1 = 5.1 ortholog_one2one: HOXA3 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 222 4 37124791 37125138 1 1 36.3% 90.5% 348 0.63 / 0.67 = 0.94 ortholog_one2one: HOXA4 3
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 535 4 37111024 37112777 1 2 96.7% 98.5% 783 0.42 / 0.04 = 10.5 ortholog_one2one: HOXA5 1
p9 q6 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q6 q6 488 4 37106916 37108988 1 2 100% 97.1% 714 0.49 / 0.02 = 24.5 ortholog_one2one: HOXA6 1
p10 q7 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q7 q7 413 4 37098097 37099670 1 2 87.8% 94.6% 612 0.72 / 0.14 = 5.14 ortholog_one2one: HOXA7 1
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 11 (region 1 for Tnig)
region11, score=5915 region11, score=5915 region11, score=5915
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob01.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 21 -i 2953732:3053565 -f 75e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=14.65 log_scoreRatio_sum=2.95 focal_scoreRatio_sum=4
AlnScore=5915 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 372 21 3052131 3053406 1 2 97.3% 58.8% 960 0.67 / 0.44 = 1.52 ortholog_one2many: HOXA1 ;
GSTENG00017483001
1
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 472 21 3047147 3048761 1 2 100% 66.8% 1080 0.58 / 0.35 = 1.66 ortholog_one2many: HOXA2 1
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 509 21 3040373 3043259 1 2 100% 62% 1269 0.51 / 0.39 = 1.31 ortholog_one2many: HOXA3 ;
GSTENG00017482001
1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 225.9 21 3029847 3031009 1 2 88.4% 46.1% 714 0.63 / 0.66 = 0.95 ortholog_one2one: HOXA4 1
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 356 21 3021241 3022616 1 2 100% 65.8% 828 0.42 / 0.36 = 1.17 ortholog_one2many: GSTENG00017481001 ;
HOXA5
1
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q6 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q6 q6 280 21 3012226 3013378 1 2 100% 55.2% 819 0.56 / 0.51 = 1.1 ortholog_one2many: HOXA9 ;
GSTENG00017478001
1
p12 q7 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q7 q7 292 21 3006856 3008450 1 2 100% 45% 1125 0.64 / 0.59 = 1.08 ortholog_one2many: HOXA10 2
p13 q8 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q8 q8 356 21 2999955 3001420 1 2 100% 61.8% 876 0.46 / 0.35 = 1.31 ortholog_one2many: HOXA11 1
p14 q9 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q9 q9 386 21 2986877 2988127 1 2 100% 56.3% 903 0.58 / 0.39 = 1.49 ortholog_one2many: HOXA13 ;
GSTENG00017476001
1
p15 q10 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q10 q10 365 21 2978001 2979124 -1 2 62.4% 67.9% 825 0.51 / 0.42 = 1.21 ortholog_one2many: EVX-HOXA ;
GSTENG00017475001
1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q11 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q11 q11 323.9 21 2953732 2965225 1 4 56.3% 77.4% 570 1 / 0.54 = 1.85 ortholog_one2many: GSTENG00017474001 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 12 (region 2 for Btau)
region12, score=5201 region12, score=5201 region12, score=5201
syntenyRegion: Bos_taurus.glob02.4.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 4 -i 39784917:40179400 -f 30e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=5201 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 q3 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q3 q3 544 4 40157132 40159492 1 2 100% 81.5% 1005 0.46 / 0.01 = 46 ortholog_one2one: HOXA11 1
p14 q4 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q4 q4 253.4 4 40141768 40143117 1 2 28.6% 98.2% 333 0.58 / 0.6 = 0.97 ortholog_one2one: HOXA13 3
p15 q5 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q5 q5 800 4 40097176 40100392 -1 3 100% 86.9% 1365 0.51 / 0.01 = 51 ortholog_one2one: EVX1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q6 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q6 q6 555.6 4 39784917 39882324 1 6 80.7% 96% 834 1 / 0.21 = 4.76 ortholog_one2one: HIBADH 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 13 (region 1 for Drer)
region13, score=4687 region13, score=4687 region13, score=4687
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 19 -i 13769305:13954144 -f 14e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=13.1 log_scoreRatio_sum=1.55 focal_scoreRatio_sum=3.02
AlnScore=4687 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 354 19 13952984 13954135 1 2 94.9% 56.9% 963 0.67 / 0.47 = 1.43 ortholog_one2one: hoxa1a 1
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 137.1 19 13949204 13950177 1 2 47.9% 48.1% 504 0.58 / 0.81 = 0.72 noComparaHits: 3
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 446 19 13944458 13946294 1 2 100% 55.1% 1257 0.51 / 0.47 = 1.09 ortholog_one2one: hoxa3a 2
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 161 19 13935262 13935585 1 1 33.8% 73.1% 324 0.63 / 0.76 = 0.83 noComparaHits: ENSDARG00000057724 ;
hoxa3a
2
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 352 19 13926353 13927654 1 2 100% 65.8% 825 0.42 / 0.37 = 1.14 ortholog_one2one: hoxa5a 1
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q6 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q6 q6 148 19 13917752 13917991 1 1 29.4% 85% 240 0.56 / 0.74 = 0.76 ortholog_one2many: hoxa9a 5
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p13 q7 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q7 q7 233 19 13904074 13904907 1 1 99.7% 43.7% 834 0.46 / 0.57 = 0.81 ortholog_one2many: hoxa11a 5
p14 q8 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q8 q8 333 19 13896379 13897425 1 1 100% 48.8% 1047 0.58 / 0.47 = 1.23 ortholog_one2many: hoxa13a 2
p15 q9 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q9 q9 449.9 19 13885840 13888155 -1 3 98.5% 58.9% 1134 0.51 / 0.29 = 1.76 ortholog_one2one: evx1 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q10 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q10 q10 491.2 19 13769305 13823718 1 6 83% 72% 981 1 / 0.3 = 3.33 ortholog_one2many: zgc:100804 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 14 (region 1 for Trub)
region14, score=4511 region14, score=4511 region14, score=4511
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob01.scaffold_12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p15, q12 p15, q13 p15, q14 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p16, q12 p16, q13 p16, q14 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11 p17, q12 p17, q13 p17, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 15 (region 2 for Drer)
region15, score=4373 region15, score=4373 region15, score=4373
syntenyRegion: Danio_rerio.glob02.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 22929810:24716161 -f 13e5 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.8 log_scoreRatio_sum=-0.3 focal_scoreRatio_sum=3.46
AlnScore=4373 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 223.7 3 22929828 22931513 -1 2 97% 44.6% 951 0.67 / 0.66 = 1.02 noComparaHits: hoxb1a 2
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p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 467 3 22952393 22954315 -1 2 100% 55.6% 1245 0.51 / 0.44 = 1.16 between_species_paralog: hoxb3a 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 237.6 3 22976953 22978642 -1 2 97.5% 43.8% 756 0.63 / 0.65 = 0.97 between_species_paralog: hoxb4a 1
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 307 3 22991224 22992663 -1 2 100% 58.5% 831 0.42 / 0.45 = 0.93 between_species_paralog: hoxb5a 2
p9 q6 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q6 q6 268 3 22995009 22996746 -1 2 99.1% 59.1% 681 0.49 / 0.46 = 1.07 between_species_paralog: hoxb6a 1
p10 q7 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q7,q13 q7 137 3 23004692 23004952 -1 1 45.2% 67.3% 261 0.72 / 0.71 = 1.01 between_species_paralog: hoxb7a 1
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p11 q9 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q9 q9 226.6 3 23019694 23022949 -1 2 97.8% 48% 732 0.56 / 0.6 = 0.93 between_species_paralog: hoxb9a 4
p12 q10 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q10 q10 141 3 23029318 23029569 -1 1 21.1% 82.1% 252 0.64 / 0.8 = 0.8 ortholog_one2many: hoxb10a 4
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q11 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q11 q11 319 3 23044786 23046123 -1 2 100% 50.5% 909 0.58 / 0.5 = 1.16 between_species_paralog: ENSDARG00000056016 ;
hoxb13a
3
p15 q12 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q12 q12 176.8 3 23057167 23058052 1 2 45.7% 51.1% 537 0.51 / 0.72 = 0.71 noComparaHits: eve1 3
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gapq ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q13 gape - - - q13 - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 16 (region 3 for Drer)
region16, score=3874 region16, score=3874 region16, score=3874
syntenyRegion: Danio_rerio.glob03.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 16 -i 21045634:21242048 -f 15e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.92 log_scoreRatio_sum=3.15 focal_scoreRatio_sum=3.26
AlnScore=3874 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Danio_rerio
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p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 511 16 21199897 21201582 1 2 98.9% 71% 1071 0.58 / 0.3 = 1.93 ortholog_one2one: hoxa2b 1
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 390 16 21177658 21179250 1 2 100% 63.8% 864 0.46 / 0.29 = 1.59 ortholog_one2many: hoxa11b 1
p14 q6 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q6 q6 348 16 21167725 21168978 1 2 99.7% 52.5% 867 0.58 / 0.45 = 1.29 ortholog_one2many: hoxa13b 1
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q7 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q7 q7 497.9 16 21145393 21160239 1 6 83% 81.1% 855 1 / 0.29 = 3.45 ortholog_one2many: hibadh 1
--- q8 gape - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 17 (region 2 for Mmus)
region17, score=3848 region17, score=3848 region17, score=3848
syntenyRegion: Mus_musculus.glob02.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 11 -i 96010695:96547315 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.28 log_scoreRatio_sum=0.17 focal_scoreRatio_sum=3.05
AlnScore=3848 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 213.3 11 96181917 96183226 1 2 97.9% 43.3% 942 0.67 / 0.68 = 0.99 noComparaHits: Hoxb1 2
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 296 11 96167901 96169710 1 2 98.9% 48.3% 1068 0.58 / 0.59 = 0.98 between_species_paralog: HXB2_MOUSE 2
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 423 11 96160339 96162486 1 2 99.5% 52.7% 1215 0.51 / 0.49 = 1.04 between_species_paralog: Hoxb3 2
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 173 11 96136110 96136442 1 1 34.7% 73.9% 333 0.63 / 0.74 = 0.85 between_species_paralog: Hoxb4 3
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 324 11 96119704 96121224 1 2 99.3% 61.2% 804 0.42 / 0.42 = 1 between_species_paralog: Hoxb5 2
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p10 q7 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q7 q7 250 11 96102818 96105669 1 2 84.3% 64.2% 606 0.72 / 0.48 = 1.5 between_species_paralog: Hoxb7 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p11 q9 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q9 q9 222.1 11 96087632 96090946 1 2 69.5% 57.1% 528 0.56 / 0.61 = 0.92 between_species_paralog: Hoxb9 4
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q9 --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q10 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q10 q10 265 11 96010695 96012310 1 2 63.1% 56.2% 702 0.58 / 0.58 = 1 between_species_paralog: Hoxb13 2
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 18 (region 2 for Mdom)
region18, score=3790 region18, score=3790 region18, score=3790
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob02.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 2 -i 201105043:201365745 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=9.22 log_scoreRatio_sum=0.07 focal_scoreRatio_sum=2.91
AlnScore=3790 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 209.2 2 201105043 201106545 -1 2 98.5% 42.9% 921 0.67 / 0.68 = 0.99 noComparaHits: HOXB1 2
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 333 2 201116087 201118103 -1 2 97.6% 52% 1059 0.58 / 0.54 = 1.07 between_species_paralog: HOXB2 2
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 422 2 201123983 201126209 -1 2 98.6% 52.3% 1203 0.51 / 0.5 = 1.02 between_species_paralog: HOXB3 2
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q7 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q7 q7 249 2 201188182 201191355 -1 2 85.2% 64.1% 612 0.72 / 0.48 = 1.5 ortholog_one2many: HOXB7 2
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p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q8 --- - - - - - - - - - - - -
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p14 q9 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q9 q9 276 2 201363763 201365745 -1 2 74.5% 50% 843 0.58 / 0.56 = 1.04 between_species_paralog: HOXB13 2
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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region 19 (region 2 for Hsap)
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 20 (region 2 for Trub)
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QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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region 21 (region 2 for Xtro)
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syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob02.scaffold_163.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 22 (region 2 for Gacu)
region22, score=3430 region22, score=3430 region22, score=3430
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob03.groupXI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXI -i 1481396:1740602 -f 19e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3430 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 23 (region 3 for Gacu)
region23, score=3414 region23, score=3414 region23, score=3414
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob02.contig_2344.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2344 -i 19832:66183 -f 35e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3414 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 493 contig_2344 30826 34266 -1 2 100% 60.7% 1251 0.51 / 0.41 = 1.24 noComparaHits: ENSGACG00000007094 1
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q6 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q6 q6 230.7 contig_2344 60661 62158 -1 2 94.8% 55.2% 633 0.72 / 0.52 = 1.38 noComparaHits: ENSGACG00000007112 1
p11 q7 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q7 q7 151 contig_2344 65911 66165 -1 1 31.3% 83.5% 255 0.56 / 0.73 = 0.77 noComparaHits: 5
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 24 (region 4 for Gacu)
region24, score=3356 region24, score=3356 region24, score=3356
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob04.contig_1095.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_1095 -i 18240:57714 -f 30e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.61 log_scoreRatio_sum=2.25 focal_scoreRatio_sum=3
AlnScore=3356 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 213 contig_1095 55281 57714 1 3 30.9% 81.1% 333 0.91 / 0.68 = 1.34 noComparaHits: ENSGACG00000008317 1
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p12 q4 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q4 q4 164 contig_1095 39783 40055 1 1 23.2% 86.8% 273 0.64 / 0.77 = 0.83 noComparaHits: ENSGACG00000008303 3
p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 343 contig_1095 32617 34353 1 2 100% 58.8% 861 0.46 / 0.37 = 1.24 noComparaHits: ENSGACG00000008297 2
p14 q6 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q6 q6 343 contig_1095 26357 27479 1 2 97.4% 54% 846 0.58 / 0.46 = 1.26 noComparaHits: ENSGACG00000008296 2
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q7 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q7 q7 551.9 contig_1095 18240 22598 1 7 90.5% 77.2% 999 1 / 0.21 = 4.76 noComparaHits: ENSGACG00000008229 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 25 (region 5 for Gacu)
region25, score=3356 region25, score=3356 region25, score=3356
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob05.groupXX.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXX -i 9702480:9741954 -f 30e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=11.61 log_scoreRatio_sum=2.25 focal_scoreRatio_sum=3
AlnScore=3356 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 213 groupXX 9739521 9741954 1 3 30.9% 81.1% 333 0.91 / 0.68 = 1.34 ortholog_one2one: ENSGACG00000008317 1
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p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 400 groupXX 9732801 9734368 1 2 100% 58.6% 1041 0.58 / 0.45 = 1.29 ortholog_one2many: ENSGACG00000008314 2
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q3 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q3 q3 208 groupXX 9726620 9727808 1 2 92.6% 44.5% 738 0.56 / 0.63 = 0.89 ortholog_one2many: ENSGACG00000008310 4
p12 q4 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q4 q4 164 groupXX 9724023 9724295 1 1 23.2% 86.8% 273 0.64 / 0.77 = 0.83 apparent_ortholog_one2one: ENSGACG00000008303 3
p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 343 groupXX 9716857 9718593 1 2 100% 58.8% 861 0.46 / 0.37 = 1.24 ortholog_one2many: ENSGACG00000008297 2
p14 q6 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q6 q6 343 groupXX 9710597 9711719 1 2 97.4% 54% 846 0.58 / 0.46 = 1.26 ortholog_one2many: ENSGACG00000008296 2
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
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region 26 (region 3 for Xtro)
region26, score=3342 region26, score=3342 region26, score=3342
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob04.scaffold_226.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_226 -i 280901:558409 -f 21e4 some_geneID_to_be_selected
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QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Xenopus_tropicalis
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p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 27 (region 2 for Mmul)
region27, score=3338 region27, score=3338 region27, score=3338
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob03.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Macaca_mulatta -l 16 -i 32385757:32953200 -f 43e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=8.33 log_scoreRatio_sum=-0.73 focal_scoreRatio_sum=2.77
AlnScore=3338 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Macaca_mulatta
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 169 16 32806478 32806789 -1 1 32.5% 75% 312 0.63 / 0.75 = 0.84 between_species_paralog: HOXB4 2
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 326 16 32821961 32823429 -1 2 100% 60% 825 0.42 / 0.42 = 1 between_species_paralog: HOXB5 2
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p10 q7 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q7 q7 137 16 32837590 32837805 -1 1 31.3% 88.9% 216 0.72 / 0.71 = 1.01 between_species_paralog: HOXB7 2
--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
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p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q9 --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q10 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q10 q10 260 16 32951575 32953200 -1 2 63.1% 55.9% 690 0.58 / 0.59 = 0.98 between_species_paralog: HOXB13 2
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 28 (region 3 for Mdom)
region28, score=3304 region28, score=3304 region28, score=3304
syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob03.4.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 187418008:187538614 -f 90e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p15, q11 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p16, q11 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10 p17, q11
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 29 (region 2 for Cfam)
region29, score=3297 region29, score=3297 region29, score=3297
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QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
p8 q6 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q6 q6 167 9 28182541 28183107 -1 1 70% 48.2% 567 0.42 / 0.7 = 0.6 between_species_paralog: 491056 3
p9 q7 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q7 q7 251 9 28185792 28187509 -1 2 99.6% 56.8% 669 0.49 / 0.49 = 1 between_species_paralog: 491056 2
p10 q8 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q8 q8 139 9 28197368 28197604 -1 1 34.3% 82.3% 237 0.72 / 0.71 = 1.01 between_species_paralog: 608962 2
--- q9 gapp - - - q9 - - - - - - - - - - - -
p11 q10 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q10 q10 231 9 28212641 28216111 -1 2 91.9% 48.8% 699 0.56 / 0.59 = 0.95 between_species_paralog: 608958 2
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q10 --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q11 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q11 q11 273 9 28285965 28287891 -1 2 70.9% 54% 762 0.58 / 0.57 = 1.02 between_species_paralog: 491060 2
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 30 (region 3 for Mmus)
region30, score=3251 region30, score=3251 region30, score=3251
syntenyRegion: Mus_musculus.glob03.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 2 -i 74456458:74565225 -f 82e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
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TargetGenome=Mus_musculus
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 31 (region 3 for Trub)
region31, score=3220 region31, score=3220 region31, score=3220
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob02.scaffold_48.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_48 -i 1047123:1092565 -f 34e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.04 log_scoreRatio_sum=1.78 focal_scoreRatio_sum=2.63
AlnScore=3220 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 315 scaffold_48 1047123 1053159 -1 5 53.5% 62.9% 705 0.91 / 0.53 = 1.72 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000138064 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 392 scaffold_48 1056655 1058129 -1 2 93.9% 62.4% 978 0.58 / 0.46 = 1.26 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000138063 2
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q3 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q3 q3 150 scaffold_48 1063099 1063347 -1 1 30.5% 83.1% 249 0.56 / 0.73 = 0.77 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000138062 4
p12 q4 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q4 q4 170 scaffold_48 1066192 1066464 -1 1 23.2% 90.1% 273 0.64 / 0.76 = 0.84 apparent_ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000138061 3
--- q5 gapp - - - q5 - - - - - - - - - - - -
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p14 q7 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q7 q7 312 scaffold_48 1084986 1085990 -1 1 100% 46.9% 1005 0.58 / 0.51 = 1.14 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000132089 4
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q8 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q8 q8 478.8 scaffold_48 1089147 1092565 -1 5 91.4% 61.8% 1245 1 / 0.32 = 3.13 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000164284 1
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p15, q10 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p16, q10 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9 p17, q10
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region 32 (region 4 for Xtro)
region32, score=3211 region32, score=3211 region32, score=3211
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob03.scaffold_334.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_334 -i 486970:585008 -f 74e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 33 (region 2 for Tnig)
region33, score=3198 region33, score=3198 region33, score=3198
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob03.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 8 -i 6599985:6636760 -f 28e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.53 log_scoreRatio_sum=1.76 focal_scoreRatio_sum=2.76
AlnScore=3198 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 254.5 8 6630862 6636760 1 4 42.9% 69.4% 480 0.91 / 0.62 = 1.47 ortholog_one2one: GSTENG00034115001 1
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p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 370 8 6626031 6627504 1 2 97.1% 58.5% 981 0.58 / 0.49 = 1.18 ortholog_one2many: HOXAb2 2
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q3 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q3 q3 144 8 6620992 6621225 1 1 28.7% 84.6% 234 0.56 / 0.75 = 0.75 ortholog_one2many: HOXAb9 4
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p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 319 8 6611316 6613075 1 2 100% 55.1% 855 0.46 / 0.42 = 1.1 ortholog_one2many: GSTENG00034118001 ;
HOXAb11
2
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GSTENG00034119001
4
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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region 34 (region 4 for Drer)
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region 35 (region 3 for Hsap)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 36 (region 2 for Olat)
region36, score=3184 region36, score=3184 region36, score=3184
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob03.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 16 -i 13097874:13146257 -f 36e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=10.27 log_scoreRatio_sum=1.7 focal_scoreRatio_sum=2.86
AlnScore=3184 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 184.6 16 13144293 13146257 1 2 32% 58.4% 447 0.91 / 0.72 = 1.26 ortholog_one2one: ENSORLG00000007660 2
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 280.4 16 13135966 13137443 1 2 96% 47.5% 969 0.58 / 0.61 = 0.95 ortholog_one2many: Q3V627_ORYLA 2
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 q3 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q3 q3 221.6 16 13130864 13131804 1 2 96.7% 47.5% 720 0.56 / 0.61 = 0.92 ortholog_one2one: Q3V626_ORYLA 4
p12 q4 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q4 q4 267 16 13127640 13129140 1 2 100% 44.1% 1053 0.64 / 0.63 = 1.02 apparent_ortholog_one2one: Q3V625_ORYLA 2
p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 292 16 13120137 13121652 1 2 94.2% 54.9% 834 0.46 / 0.47 = 0.98 ortholog_one2many: Q3V624_ORYLA 3
p14 q6 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q6 q6 347 16 13115192 13116159 1 2 99.2% 53.2% 867 0.58 / 0.45 = 1.29 ortholog_one2many: Q3V623_ORYLA 2
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q7 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q7 q7 519 16 13097874 13108832 1 6 90.8% 72.8% 1026 1 / 0.26 = 3.85 ortholog_one2many: ENSORLG00000007586 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 37 (region 3 for Tnig)
region37, score=3129 region37, score=3129 region37, score=3129
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob02.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l Un_random -i 38028392:38193152 -f 12e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.84 log_scoreRatio_sum=-1.38 focal_scoreRatio_sum=2.15
AlnScore=3129 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 175.3 Un_random 38028392 38030487 -1 2 79.7% 37.8% 927 0.67 / 0.73 = 0.92 noComparaHits: GSTENG00005035001 ;
HOXB1
3
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 303 Un_random 38041354 38043918 -1 2 100% 44.2% 1242 0.58 / 0.58 = 1 between_species_paralog: HOXBa2 ;
GSTENG00020451001
3
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 379.5 Un_random 38049854 38053272 -1 3 100% 48.4% 1437 0.51 / 0.55 = 0.93 between_species_paralog: GSTENG00020452001 ;
HOXB3
2
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 159 Un_random 38082978 38083274 -1 1 30.9% 75.8% 297 0.63 / 0.76 = 0.83 between_species_paralog: HOXB4 4
p8 q5 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q5 q5 262 Un_random 38101271 38103594 -1 2 100% 48.5% 993 0.42 / 0.53 = 0.79 between_species_paralog: HOXB5 ;
GSTENG00020455001
3
p9 q6 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q6 q6 147.1 Un_random 38107367 38109897 -1 2 47.2% 64.8% 381 0.49 / 0.7 = 0.7 noComparaHits: GSTENG00020456001 3
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q7 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q7 q7 142 Un_random 38140058 38140288 -1 1 28.3% 85.7% 231 0.56 / 0.75 = 0.75 noComparaHits: GSTENG00020456001 5
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q7 --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q8 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q8 q8 334 Un_random 38176501 38178237 -1 2 100% 49% 999 0.58 / 0.47 = 1.23 between_species_paralog: GSTENG00020457001 ;
HOXB13
2
p15 q9 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q9 q9 165.2 Un_random 38191031 38193152 1 2 45% 50.3% 552 0.51 / 0.74 = 0.69 noComparaHits: GSTENG00020458001 ;
HOXB-EVX
3
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 38 (region 3 for Olat)
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syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob02.8.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 39 (region 3 for Btau)
region39, score=3087 region39, score=3087 region39, score=3087
syntenyRegion: Bos_taurus.glob03.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 19 -i 30587651:31423504 -f 63e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=3087 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q4 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q4 q4 172 19 31195622 31195927 -1 1 31.9% 77.5% 306 0.63 / 0.74 = 0.85 noComparaHits: HOXB5 4
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--- q8 gapp - - - q8 - - - - - - - - - - - -
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p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q9 --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 40 (region 6 for Gacu)
region40, score=2878 region40, score=2878 region40, score=2878
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob08.groupXII.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupXII -i 11575429:11674083 -f 74e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.83 log_scoreRatio_sum=-1.38 focal_scoreRatio_sum=3.16
AlnScore=2878 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
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region 41 (region 5 for Drer)
region41, score=2841 region41, score=2841 region41, score=2841
syntenyRegion: Danio_rerio.glob04.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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region 42 (region 3 for Mmul)
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AlnScore=2809 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Macaca_mulatta
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p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q3 --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 43 (region 4 for Btau)
region43, score=2771 region43, score=2771 region43, score=2771
syntenyRegion: Bos_taurus.glob04.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 2 -i 16934870:17086035 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=2771 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 q2 --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q3 --- - - - - - - - - - - - -
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p11 q5 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q5 q5 236 2 16998559 16999927 -1 2 70.6% 61.7% 570 0.56 / 0.59 = 0.95 between_species_paralog: HOXD9 3
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p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q7 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q7 q7 261 2 17072588 17074316 -1 2 81.2% 46.7% 939 0.58 / 0.59 = 0.98 between_species_paralog: HOXD13 2
p15 q8 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q8 q8 214.4 2 17084392 17086035 1 2 28% 85.3% 348 0.51 / 0.66 = 0.77 between_species_paralog: EVX2 2
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 44 (region 4 for Mmus)
region44, score=2746 region44, score=2746 region44, score=2746
syntenyRegion: Mus_musculus.glob04.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 15 -i 102749222:102864071 -f 86e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.99 log_scoreRatio_sum=-1.15 focal_scoreRatio_sum=3.08
AlnScore=2746 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p7 q1 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q1 q1 167 15 102863664 102863987 1 1 32.2% 75% 324 0.63 / 0.75 = 0.84 between_species_paralog: Hoxc4 4
p8 q2 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q2 q2 194.9 15 102842116 102843461 1 2 95.6% 43.3% 696 0.42 / 0.65 = 0.65 noComparaHits: Hoxc5 ;
mmu-mir-615
3
p9 q3 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q3 q3 215.3 15 102837640 102839012 1 2 98.3% 48.5% 663 0.49 / 0.56 = 0.87 between_species_paralog: Hoxc6 3
p10 q4 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q3 q4 113 15 102820593 102820808 1 1 30.9% 76.4% 216 0.72 / 0.76 = 0.95 noComparaHits: Hoxc8 noData
p11 q5 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q5 q5 250.6 15 102809687 102812164 1 2 100% 48.8% 810 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: Hoxc9 2
p12 q6 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q6 q6 232.6 15 102794940 102799106 1 2 92.1% 42.1% 1002 0.64 / 0.68 = 0.94 noComparaHits: Hoxc10 3
p13 q7 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q7 q7 294 15 102782620 102784732 1 2 99.7% 49.8% 894 0.46 / 0.46 = 1 between_species_paralog: HXC11_MOUSE 3
p14 q8 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q9 q8 137 15 102755145 102755435 1 1 24.2% 74.2% 291 0.58 / 0.78 = 0.74 between_species_paralog: Hoxc13 4
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gapq ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q9 gape - - - q9 - - - - - - - - - - - -
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region 45 (region 4 for Hsap)
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region 46 (region 4 for Tnig)
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region 47 (region 4 for Olat)
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Q3V609_ORYLA
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 48 (region 4 for Trub)
region48, score=2687 region48, score=2687 region48, score=2687
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob06.scaffold_66.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_66 -i 126593:194602 -f 51e3 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=2687 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 49 (region 3 for Cfam)
region49, score=2613 region49, score=2613 region49, score=2613
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob03.36.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 36 -i 22914522:23023340 -f 82e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=7.57 log_scoreRatio_sum=-1.63 focal_scoreRatio_sum=2.71
AlnScore=2613 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Canis_familiaris
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q3 --- - - - - - - - - - - - -
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region 50 (region 7 for Gacu)
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 51 (region 8 for Gacu)
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p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
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region 52 (region 5 for Trub)
region52, score=2461 region52, score=2461 region52, score=2461
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob04.scaffold_100.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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scoreRatio_sum=5.84 log_scoreRatio_sum=-0.15 focal_scoreRatio_sum=2.62
AlnScore=2461 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 53 (region 5 for Btau)
region53, score=2405 region53, score=2405 region53, score=2405
syntenyRegion: Bos_taurus.glob05.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Bos_taurus -l 5 -i 16729720:16874969 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.02 log_scoreRatio_sum=-1.12 focal_scoreRatio_sum=2.6
AlnScore=2405 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Bos_taurus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q1 q1 167 5 16729822 16730193 -1 1 36.9% 67.7% 372 0.63 / 0.75 = 0.84 between_species_paralog: HOXC4 5
p8 q2 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q2 q2 193.9 5 16749689 16751039 -1 2 94.4% 45.1% 657 0.42 / 0.65 = 0.65 noComparaHits: HOXC5 2
p9 q3 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q3 q3 215.3 5 16754335 16755703 -1 2 98.3% 48.5% 663 0.49 / 0.56 = 0.87 between_species_paralog: Q28015_BOVIN 2
p10 q4 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q3 q4 112 5 16772495 16772704 -1 1 30% 77.1% 210 0.72 / 0.76 = 0.95 noComparaHits: HOXC8 9
p11 q5 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q5 q5 249.6 5 16811872 16814511 -1 2 100% 49.1% 804 0.56 / 0.56 = 1 between_species_paralog: HOXC9 2
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p13 q6 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q6 q6 289 5 16838893 16841018 -1 2 93.9% 52.7% 858 0.46 / 0.47 = 0.98 between_species_paralog: HOXC11 2
p14 q7 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q7 q7 134 5 16868590 16868829 -1 1 20.6% 82.5% 240 0.58 / 0.79 = 0.73 between_species_paralog: HOXC13 4
p15 --- gapq ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gapq ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
--- q8 gape - - - q8 - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 54 (region 6 for Trub)
region54, score=2379 region54, score=2379 region54, score=2379
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob05.scaffold_346.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_346 -i 159537:226531 -f 50e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.91 log_scoreRatio_sum=1.81 focal_scoreRatio_sum=1.32
AlnScore=2379 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q1 q1 345 scaffold_346 225068 226444 1 2 100% 62.9% 828 0.42 / 0.38 = 1.11 ortholog_one2one: NEWSINFRUG00000149630 1
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gapq ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q2 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q2 q2 257 scaffold_346 195267 196172 1 2 45.9% 72.2% 522 0.58 / 0.59 = 0.98 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000162059 5
p15 q3 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q3 q3 465.8 scaffold_346 186282 188494 -1 3 98.5% 61% 1134 0.51 / 0.26 = 1.96 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000165271 1
p16 --- gapq ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 q4 +/+ ENSP00000265395 HIBADH q4 q4 458.4 scaffold_346 159537 172894 1 5 87.5% 67.2% 1011 1 / 0.35 = 2.86 ortholog_one2many: NEWSINFRUG00000149653 2
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 55 (region 5 for Olat)
region55, score=2361 region55, score=2361 region55, score=2361
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob04.21.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 21 -i 24590626:24637174 -f 35e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.66 log_scoreRatio_sum=-0.35 focal_scoreRatio_sum=2.56
AlnScore=2361 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q1 q1 390.2 21 24635889 24637174 1 2 99.5% 49.4% 1188 0.51 / 0.53 = 0.96 between_species_paralog: Q3V5Z9_ORYLA 2
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q2 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q2 q2 118 21 24627518 24627742 1 1 32.6% 73.3% 225 0.72 / 0.75 = 0.96 noComparaHits: Q3V5Z9_ORYLA ;
Q3V5Z8_ORYLA
7
p11 q3 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q3 q3 245 21 24614922 24616108 1 2 100% 47.2% 792 0.56 / 0.57 = 0.98 between_species_paralog: HXD9_ORYLA 3
p12 q4 +/+ ENSP00000283921 HOXA10 q4 q4 257.4 21 24611637 24613192 1 2 77.1% 50% 747 0.64 / 0.64 = 1 noComparaHits: Q9PVQ4_ORYLA 3
p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 241.1 21 24606920 24608287 1 2 79.2% 50.6% 717 0.46 / 0.56 = 0.82 between_species_paralog: Q3V5Z5_ORYLA 4
p14 --- gapq ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 q6 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q6 q6 289 21 24590626 24591591 -1 2 48.6% 70.7% 597 0.51 / 0.54 = 0.94 between_species_paralog: Q2WFR6_ORYLA 2
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 56 (region 5 for Tnig)
region56, score=2296 region56, score=2296 region56, score=2296
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob04.2.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 11075386:11405199 -f 25e4 some_geneID_to_be_selected
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HOXD3
3
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GSTENG00031463001
3
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3
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GSTENG00031458001
2
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 57 (region 2 for Ggal)
region57, score=2290 region57, score=2290 region57, score=2290
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob02.27.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 27 -i 3253607:3641424 -f 29e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=2290 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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HXB8_CHICK
2
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p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
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p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q5 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q4 q5 113 27 3580236 3580454 1 1 31.3% 74% 219 0.72 / 0.76 = 0.95 noComparaHits: HXB8_CHICK 7
p11 q6 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q6 q6 146 27 3567989 3568219 1 1 28.3% 87% 231 0.56 / 0.74 = 0.76 between_species_paralog: HOXB9 3
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p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 58 (region 4 for Mmul)
region58, score=2268 region58, score=2268 region58, score=2268
syntenyRegion: Macaca_mulatta.glob04.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=2268 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8
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region 59 (region 4 for Cfam)
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 60 (region 6 for Drer)
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p15, q8 p15, q9 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p16, q8 p16, q9 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7 p17, q8 p17, q9
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 61 (region 7 for Drer)
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retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 12 -i 34137768:34671880 -f 40e4 some_geneID_to_be_selected
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QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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--- q1 gaps - - - q1 - - - - - - - - - - - -
--- q2 gaps - - - q2 - - - - - - - - - - - -
p1 q3 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q3 q3 224.6 12 34409718 34418907 -1 4 42.9% 54.9% 546 0.91 / 0.67 = 1.36 between_species_paralog: scap2 3
--- q4 gapp - - - q4 - - - - - - - - - - - -
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q5 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q5 q5 197.1 12 34625679 34626700 -1 2 97.9% 40.4% 939 0.67 / 0.7 = 0.96 noComparaHits: hoxb1b 3
--- q6 gapp - - - q6 - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gapq ENSP00000324884 HOXA3 q4,q7 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 q4,q7 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q7 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q4,q7 q7 307 12 34660335 34661610 -1 2 98.1% 57.2% 816 0.42 / 0.45 = 0.93 between_species_paralog: hoxb5b 2
p9 q8 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q2 q8 244 12 34663027 34664134 -1 2 99.6% 57.6% 675 0.49 / 0.51 = 0.96 between_species_paralog: hoxb6b 3
p10 q9 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q4,q7 q9 118 12 34671626 34671844 -1 1 31.3% 76.7% 219 0.72 / 0.75 = 0.96 noComparaHits: hoxb8b 8
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p15, q6 p15, q7 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p16, q6 p16, q7 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5 p17, q6 p17, q7
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 62 (region 3 for Ggal)
region62, score=1803 region62, score=1803 region62, score=1803
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob03.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 7 -i 17361489:17447372 -f 64e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=5.57 log_scoreRatio_sum=-1.67 focal_scoreRatio_sum=1.4
AlnScore=1803 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 100 7 17361489 17361713 -1 1 21.8% 62.7% 225 0.67 / 0.85 = 0.79 apparent_ortholog_one2one: HM1_CHICK 3
p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p5 q2 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q2 q2 331 7 17369712 17371223 -1 1 100% 42.2% 1512 0.51 / 0.6 = 0.85 between_species_paralog: HOXD3 3
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q3 +/+ ENSP00000353151 HOXA4 q3 q3 220.3 7 17386804 17387758 -1 2 90% 47.1% 657 0.63 / 0.67 = 0.94 between_species_paralog: HXD4_CHICK 2
p8 --- gapq ENSP00000222726 HOXA5 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gapq ENSP00000222728 HOXA6 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q4 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q4 q4 119 7 17402529 17402867 -1 1 49.6% 57.1% 339 0.72 / 0.75 = 0.96 noComparaHits: NP_997060.1 5
p11 --- gapq ENSP00000343619 HOXA9 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p13 q5 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q5 q5 146 7 17425091 17425312 -1 1 23.6% 91.9% 222 0.46 / 0.73 = 0.63 between_species_paralog: NP_989951.1 3
p14 q6 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q6 q6 125 7 17438767 17439009 -1 1 20.9% 75.3% 243 0.58 / 0.8 = 0.72 ortholog_one2many: HXD13_CHICK 4
p15 q7 +/+ ENSP00000222761 EVX1 q7 q7 158.5 7 17445615 17447372 1 2 34.2% 60.8% 435 0.51 / 0.75 = 0.68 between_species_paralog: EVX2 2
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 63 (region 7 for Trub)
region63, score=1800 region63, score=1800 region63, score=1800
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob07.scaffold_130.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_130 -i 627432:666433 -f 29e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.81 log_scoreRatio_sum=-0.36 focal_scoreRatio_sum=0.86
AlnScore=1800 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 236.8 scaffold_130 661927 666433 1 5 42.1% 62.3% 477 0.91 / 0.65 = 1.4 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000131123 2
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 199.1 scaffold_130 641213 642315 1 2 91.6% 41.3% 846 0.67 / 0.7 = 0.96 noComparaHits: NEWSINFRUG00000166087 ;
NEWSINFRUG00000131120
2
p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 126 scaffold_130 639540 639908 1 1 27.3% 56.1% 369 0.51 / 0.85 = 0.6 noComparaHits: NEWSINFRUG00000161068 4
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q4 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q4 q4 303 scaffold_130 630265 631534 1 2 97.8% 59.2% 825 0.42 / 0.46 = 0.91 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000132774 3
p9 q5 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q5 q5 239.2 scaffold_130 627432 629052 1 2 98.7% 54% 693 0.49 / 0.52 = 0.94 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000156875 1
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 64 (region 6 for Olat)
region64, score=1725 region64, score=1725 region64, score=1725
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob06.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 19 -i 17550439:17594165 -f 33e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.67 log_scoreRatio_sum=-0.47 focal_scoreRatio_sum=0.84
AlnScore=1725 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000005587 SKAP2 q1 q1 196.7 19 17550439 17555332 -1 4 35.7% 61.7% 384 0.91 / 0.71 = 1.28 noComparaHits: 1
p2 --- gapq ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 199.8 19 17578412 17579423 -1 2 93.7% 42.3% 831 0.67 / 0.7 = 0.96 noComparaHits: Q3V613_ORYLA 2
p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 137 19 17580602 17581048 -1 1 34.8% 53.2% 447 0.51 / 0.83 = 0.61 noComparaHits: Q3V612_ORYLA 4
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p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 65 (region 9 for Gacu)
region65, score=1646 region65, score=1646 region65, score=1646
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob10.contig_2345.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2345 -i 57:24078 -f 18e3 some_geneID_to_be_selected
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p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000343619 HOXA9 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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p14 q3 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q3 q3 372 contig_2345 22653 24078 -1 2 99.7% 56.9% 897 0.58 / 0.41 = 1.41 noComparaHits: Q9PWC4_GASAC 1
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 66 (region 6 for Tnig)
region66, score=1601 region66, score=1601 region66, score=1601
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob06.2.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 2 -i 1166948:1437034 -f 20e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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GSTENG00019145001 ;
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2
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GSTENG00019144001
6
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p8 q4 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q4 q4 299 2 1432898 1434137 -1 2 97.8% 57.6% 822 0.42 / 0.46 = 0.91 between_species_paralog: HOXBb5 2
p9 q5 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q5 q5 231.2 2 1435432 1437034 -1 2 93.6% 54.3% 672 0.49 / 0.53 = 0.92 between_species_paralog: GSTENG00019143001 ;
HOXBb6
1
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 q5 --- - - - - - - - - - - - -
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p15, q5 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p16, q5 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4 p17, q5
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 67 (region 10 for Gacu)
region67, score=1566 region67, score=1566 region67, score=1566
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob11.contig_2643.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_2643 -i 4751:46955 -f 32e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.22 log_scoreRatio_sum=-0.94 focal_scoreRatio_sum=2.09
AlnScore=1566 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 q2 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q2 q2 125 contig_2643 24707 24898 -1 1 23.7% 87.5% 192 0.42 / 0.77 = 0.55 noComparaHits: ENSGACG00000009416 5
p9 q3 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q3 q3 218.6 contig_2643 28358 29473 -1 2 100% 53.6% 666 0.49 / 0.56 = 0.87 noComparaHits: Q4VQD3_GASAC 1
p10 q4 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q3 q4 112 contig_2643 39207 39410 -1 1 29.1% 77.9% 204 0.72 / 0.76 = 0.95 noComparaHits: ENSGACG00000009401 noData
p11 q5 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q5 q5 257 contig_2643 45188 46955 -1 2 98.5% 50.9% 771 0.56 / 0.55 = 1.02 noComparaHits: ENSGACG00000009396 1
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 q5 --- - - - - - - - - - - - -
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p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 68 (region 11 for Gacu)
region68, score=1139 region68, score=1139 region68, score=1139
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob12.contig_6417.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p9 --- gape ENSP00000222728 HOXA6 q4 --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p15, q4 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p16, q4 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3 p17, q4
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 69 (region 12 for Gacu)
region69, score=1139 region69, score=1139 region69, score=1139
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob13.groupV.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=1139 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p3 q2 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q2 q2 199 groupV 4598292 4599467 -1 2 98.5% 38.3% 921 0.67 / 0.7 = 0.96 noComparaHits: ENSGACG00000003939 2
p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 135 groupV 4600923 4601354 -1 1 32.7% 51.7% 432 0.51 / 0.84 = 0.61 noComparaHits: ENSGACG00000003942 4
p6 --- gapq ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000353151 HOXA4 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q4 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q4 q4 229.6 groupV 4610442 4611779 -1 2 97.8% 45.8% 861 0.42 / 0.59 = 0.71 between_species_paralog: ENSGACG00000003945 3
p9 --- gape ENSP00000222728 HOXA6 q4 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 q4 --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p15 p15, q1 p15, q2 p15, q3 p16 p16, q1 p16, q2 p16, q3 p17 p17, q1 p17, q2 p17, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 70 (region 13 for Gacu)
region70, score=986 region70, score=986 region70, score=986
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob09.contig_9872.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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scoreRatio_sum=2.65 log_scoreRatio_sum=-0.37 focal_scoreRatio_sum=0.33
AlnScore=986 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 q1 +/+ ENSP00000343246 HOXA1 q1 q1 131 contig_9872 61563 61895 -1 1 34% 61.4% 333 0.67 / 0.8 = 0.84 noComparaHits: ENSGACG00000005635 3
p4 q2 +/+ ENSP00000222718 HOXA2 q2 q2 285 contig_9872 79254 81838 -1 2 100% 43.1% 1299 0.58 / 0.61 = 0.95 noComparaHits: ENSGACG00000005633 3
p5 q3 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q3 q3 341.5 contig_9872 88587 92325 -1 2 82.4% 52.2% 1140 0.51 / 0.59 = 0.86 noComparaHits: ENSGACG00000005631 3
p6 --- gape ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000353151 HOXA4 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000222726 HOXA5 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 71 (region 8 for Drer)
region71, score=855 region71, score=855 region71, score=855
syntenyRegion: Danio_rerio.glob08.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 11 -i 1379040:1406538 -f 21e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.76 log_scoreRatio_sum=-0.25 focal_scoreRatio_sum=0.59
AlnScore=855 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q1 q1 208.6 11 1379082 1380153 -1 2 97.9% 46.5% 666 0.49 / 0.58 = 0.84 between_species_paralog: hoxc6b 5
p10 --- gapq ENSP00000242159 HOXA7 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q2 /+ ENSP00000006015 HOXA11 q2 q2 273 11 1404952 1406538 1 2 93.3% 49.5% 852 0.46 / 0.5 = 0.92 between_species_paralog: hoxc11b 4
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 72 (region 14 for Gacu)
region72, score=795 region72, score=795 region72, score=795
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob16.contig_9874.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9874 -i 2478:8416 -f 45e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.55 log_scoreRatio_sum=-0.51 focal_scoreRatio_sum=0.44
AlnScore=795 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q1 +/+ ENSP00000222726 HOXA5 q1 q1 287.1 contig_9874 2478 4382 -1 3 95.2% 53% 888 0.42 / 0.49 = 0.86 noComparaHits: ENSGACG00000005626 2
p9 q2 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q2 q2 143 contig_9874 8159 8404 -1 1 35.2% 82.9% 246 0.49 / 0.71 = 0.69 noComparaHits: ENSGACG00000005623 2
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 73 (region 4 for Ggal)
region73, score=631 region73, score=631 region73, score=631
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob04.Un_random.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 27778776:29265129 -f 11e5 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.21 log_scoreRatio_sum=0.14 focal_scoreRatio_sum=1.11
AlnScore=631 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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p12 q2 /+ ENSP00000283921 HOXA10 q2 q2 167 Un_random 27778788 27779177 -1 1 31% 67.7% 390 0.64 / 0.77 = 0.83 ortholog_one2many: 430550 2
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 74 (region 5 for Mmus)
region74, score=627 region74, score=627 region74, score=627
syntenyRegion: Mus_musculus.glob05.5.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 5 -i 147500117:149361107 -f 14e5 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.17 log_scoreRatio_sum=-1.06 focal_scoreRatio_sum=0.14
AlnScore=627 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
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p3 --- gapq ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 --- gape ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 75 (region 15 for Gacu)
region75, score=526 region75, score=526 region75, score=526
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob15.contig_9877.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l contig_9877 -i 4209:26330 -f 17e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.76 log_scoreRatio_sum=-0.26 focal_scoreRatio_sum=1.27
AlnScore=526 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q1 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q1 q1 129 contig_9877 4239 4511 -1 1 44.3% 61.8% 273 0.72 / 0.73 = 0.99 noComparaHits: 3
p11 q2 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q2 q2 150 contig_9877 17455 17751 -1 1 34.6% 73.7% 297 0.56 / 0.73 = 0.77 noComparaHits: 6
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 q2 --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 76 (region 5 for Ggal)
region76, score=520 region76, score=520 region76, score=520
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob08.Un_random.minQN4.fac2.04.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 11038119:11040291 -f 16e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.98 log_scoreRatio_sum=-0.01 focal_scoreRatio_sum=0.33
AlnScore=520 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 q1 +/+ ENSP00000006015 HOXA11 q1 q1 288 Un_random 11038119 11040291 -1 2 99.7% 49.7% 855 0.46 / 0.47 = 0.98 between_species_paralog: HOXC11 2
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 77 (region 8 for Trub)
region77, score=509 region77, score=509 region77, score=509
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob13.scaffold_3110.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_3110 -i 2081:3817 -f 13e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.18 log_scoreRatio_sum=0.17 focal_scoreRatio_sum=0.3
AlnScore=509 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gaps ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gaps ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q1 +/+ ENSP00000222753 HOXA13 q1 q1 326 scaffold_3110 2081 3814 1 2 99.7% 49.6% 954 0.58 / 0.49 = 1.18 between_species_paralog: NEWSINFRUG00000160125 2
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 78 (region 6 for Ggal)
region78, score=508 region78, score=508 region78, score=508
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob06.1.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l 1 -i 179435642:180368243 -f 70e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=508 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
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p4 --- gapq ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 --- gape ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 79 (region 5 for Xtro)
region79, score=480 region79, score=480 region79, score=480
syntenyRegion: Xenopus_tropicalis.glob05.scaffold_80.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Xenopus_tropicalis -l scaffold_80 -i 2006532:3000832 -f 75e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.08 log_scoreRatio_sum=-1.28 focal_scoreRatio_sum=0.12
AlnScore=480 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 80 (region 6 for Mmus)
region80, score=475 region80, score=475 region80, score=475
syntenyRegion: Mus_musculus.glob09.6.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=475 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
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p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 81 (region 9 for Trub)
region81, score=467 region81, score=467 region81, score=467
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob08.scaffold_39.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_39 -i 578900:598598 -f 15e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.69 log_scoreRatio_sum=-0.34 focal_scoreRatio_sum=1.21
AlnScore=467 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Takifugu_rubripes
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p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q1 q1 113 scaffold_39 598401 598592 1 1 27.8% 75% 192 0.72 / 0.76 = 0.95 noComparaHits: NEWSINFRUG00000162165 6
p11 q2 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q2 q2 135 scaffold_39 584690 584911 1 1 27.2% 83.8% 222 0.56 / 0.76 = 0.74 noComparaHits: Q4VN43_FUGRU 6
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p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 82 (region 16 for Gacu)
region82, score=466 region82, score=466 region82, score=466
syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob14.groupVI.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gasterosteus_aculeatus -l groupVI -i 16155941:16182587 -f 20e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.69 log_scoreRatio_sum=-0.34 focal_scoreRatio_sum=1.22
AlnScore=466 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Gasterosteus_aculeatus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q1 q1 109 groupVI 16182363 16182554 1 1 27.8% 75% 192 0.72 / 0.77 = 0.94 noComparaHits: ENSGACG00000011907 noData
p11 q2 +/+ ENSP00000343619 HOXA9 q2 q2 139 groupVI 16162334 16162570 1 1 28.3% 82.3% 237 0.56 / 0.75 = 0.75 noComparaHits: ENSGACG00000011902 7
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 83 (region 7 for Olat)
region83, score=465 region83, score=465 region83, score=465
syntenyRegion: Oryzias_latipes.glob07.15.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Oryzias_latipes -l 15 -i 2960180:4374622 -f 11e5 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.69 log_scoreRatio_sum=-0.34 focal_scoreRatio_sum=1.21
AlnScore=465 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Oryzias_latipes
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p10 q1 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q1 q1 112 15 4350853 4351044 -1 1 27.8% 75% 192 0.72 / 0.76 = 0.95 noComparaHits: Q3V5Z3_ORYLA noData
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 84 (region 7 for Ggal)
region84, score=439 region84, score=439 region84, score=439
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob07.Un_random.minQN4.fac2.03.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 20045126:20048409 -f 25e2 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=439 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
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TargetGenome=Gallus_gallus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 85 (region 10 for Trub)
region85, score=432 region85, score=432 region85, score=432
syntenyRegion: Takifugu_rubripes.glob09.scaffold_3809.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Takifugu_rubripes -l scaffold_3809 -i 3209:5744 -f 19e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.87 log_scoreRatio_sum=-0.13 focal_scoreRatio_sum=0.29
AlnScore=432 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
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p7 --- gaps ENSP00000353151 HOXA4 q1 --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 86 (region 4 for Mdom)
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syntenyRegion: Monodelphis_domestica.glob04.Un.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l Un -i 106218114:106219621 -f 11e2 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.86 log_scoreRatio_sum=-0.14 focal_scoreRatio_sum=0.29
AlnScore=428 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Monodelphis_domestica
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p8 --- gaps ENSP00000222726 HOXA5 q1 --- - - - - - - - - - - - -
p9 q1 +/+ ENSP00000222728 HOXA6 q1 q1 214.1 Un 106218114 106219561 1 2 98.3% 48.5% 663 0.49 / 0.57 = 0.86 between_species_paralog: HOXC6 3
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 87 (region 7 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob06.7.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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AlnScore=428 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Mus_musculus
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 88 (region 7 for Tnig)
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syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob07.17.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 17 -i 7618605:9594639 -f 15e5 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.64 log_scoreRatio_sum=-0.41 focal_scoreRatio_sum=1.17
AlnScore=426 (based on relative scores)
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QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Tetraodon_nigroviridis
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p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000324884 HOXA3 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q1 +/+ ENSP00000242159 HOXA7 q1 q1 110 17 9594427 9594618 1 1 27.8% 73.4% 192 0.72 / 0.77 = 0.94 noComparaHits: HOXDb4 ;
GSTENG00018723001
7
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HOXDb9
9
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2 p15 p15, q1 p15, q2 p16 p16, q1 p16, q2 p17 p17, q1 p17, q2
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 89 (region 8 for Tnig)
region89, score=415 region89, score=415 region89, score=415
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob09.3.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Tetraodon_nigroviridis -l 3 -i 679890:695564 -f 12e3 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=1.53 log_scoreRatio_sum=-0.53 focal_scoreRatio_sum=1.13
AlnScore=415 (based on relative scores)
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p10 --- gaps ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 90 (region 9 for Drer)
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syntenyRegion: Danio_rerio.glob09.24.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 91 (region 10 for Drer)
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syntenyRegion: Danio_rerio.glob15.6.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 6 -i 37029829:37032135 -f 17e2 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=385 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 92 (region 8 for Ggal)
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syntenyRegion: Gallus_gallus.glob13.Un_random.minQN4.fac2.06.blastresult [View in Ensembl]
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 93 (region 8 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob11.19.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
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region 94 (region 9 for Mmus)
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syntenyRegion: Mus_musculus.glob17.11.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
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p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 95 (region 10 for Mmus)
region95, score=338 region95, score=338 region95, score=338
syntenyRegion: Mus_musculus.glob12.1.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Mus_musculus -l 1 -i 121615088:122434732 -f 61e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=0.38 log_scoreRatio_sum=-0.96 focal_scoreRatio_sum=0.04
AlnScore=338 (based on relative scores)
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TargetGenome=Mus_musculus
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region 96 (region 17 for Gacu)
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region 97 (region 5 for Mdom)
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region 98 (region 5 for Mmul)
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region 99 (region 11 for Trub)
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region 100 (region 9 for Ggal)
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region 101 (region 18 for Gacu)
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p9 --- gaps ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 102 (region 9 for Tnig)
region102, score=233 region102, score=233 region102, score=233
syntenyRegion: Tetraodon_nigroviridis.glob08.Un_random.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
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region 103 (region 10 for Ggal)
region103, score=230 region103, score=230 region103, score=230
syntenyRegion: Gallus_gallus.glob09.Un_random.minQN4.fac2.05.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Gallus_gallus -l Un_random -i 13865410:13865619 -f 16e1 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
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region 104 (region 19 for Gacu)
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syntenyRegion: Gasterosteus_aculeatus.glob18.contig_4903.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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region 105 (region 20 for Gacu)
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 106 (region 6 for Btau)
region106, score=131 region106, score=131 region106, score=131
syntenyRegion: Bos_taurus.glob06.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
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p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
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region 107 (region 5 for Cfam)
region107, score=126 region107, score=126 region107, score=126
syntenyRegion: Canis_familiaris.glob05.25.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Canis_familiaris -l 25 -i 14692875:14841952 -f 11e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=126 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
TargetGenome=Canis_familiaris
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region 108 (region 6 for Mdom)
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retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Monodelphis_domestica -l 4 -i 288288780:288480763 -f 14e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
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region 109 (region 5 for Hsap)
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p6 --- gape ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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region 110 (region 6 for Mmul)
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p1 p1, q1 p2 p2, q1 p3 p3, q1 p4 p4, q1 p5 p5, q1 p6 p6, q1 p7 p7, q1 p8 p8, q1 p9 p9, q1 p10 p10, q1 p11 p11, q1 p12 p12, q1 p13 p13, q1 p14 p14, q1 p15 p15, q1 p16 p16, q1 p17 p17, q1
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14 p15 p16 p17

region 111 (region 8 for Olat)
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AlnScore=118 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000343619 (contained in p11)
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ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000005587 SKAP2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000328286 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000343246 HOXA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000222718 HOXA2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 q1 +/+ ENSP00000324884 HOXA3 q1 q1 100 20 15674996 15675325 -1 1 24.4% 50.4% 330 0.51 / 0.88 = 0.58 noComparaHits: Q9PVQ3_ORYLA 9
p6 --- gape ENSP00000297027 Q96MZ3_HUMAN noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gape ENSP00000353151 HOXA4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gape ENSP00000222726 HOXA5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gape ENSP00000222728 HOXA6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gape ENSP00000242159 HOXA7 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000343619 HOXA9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000283921 HOXA10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000006015 HOXA11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000222753 HOXA13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p15 --- gape ENSP00000222761 EVX1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p16 --- gape ENSP00000322111 - noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p17 --- gape ENSP00000265395 HIBADH noMatch --- - - - - - - - - - - - -