Overview on processed synteny regions for HOXC9_ENSG00000180806_3e5.protein.info

p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14
RankAlnOverviewAlnScoreRatioSumlogRatioSumfocalRatioSumTargetGenomechrstartPosendPoshitsCountqueryCovmeanIdentityoriscorecompara
1region1, score=8687868728.726.4410.1Danio_rerio23 33742961 33744799 2 99.6% 73.2% 1 373.4 ortholog_one2many: hoxc9a
2region2, score=65376537257.589.58Danio_rerio23 35245633 35247471 2 99.6% 73.2% -1 373.4 ortholog_one2many: hoxc9a
3region3, score=4150415010.180.222.54Danio_rerio11
4region4, score=379837986.71-2.512.56Danio_rerio9 1948806 1949904 2 99.2% 50.2% -1 265.33 noComparaHits: hoxd9a
5region5, score=310831086.79-0.262.83Danio_rerio3 23033313 23036559 2 69.6% 66.3% 1 228.02 noComparaHits: hoxb9a
6region6, score=236123616.32-0.891.94Danio_rerio19 10511297 10512339 2 78.1% 52.6% 1 188.24 noComparaHits: hoxa9a
7region7, score=232323234.71-1.511.95Danio_rerio16 15964987 15966531 2 100% 47.1% -1 195.28 noComparaHits: hoxa9b
8region8, score=134613462.7-0.340.93Danio_rerio12
9region9, score=844844200.25Danio_rerio3

Data table for reference protein loci

QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
QueryGenome=Homo_sapiens
ref-loci geneNameprotIDtransIDgeneIDprotNamechrstartPosendPosmeanPosorinumExonsprotLengthselfscore
p1 CALCOCO1 ENSP00000262059 ENST00000262059 ENSG00000012822 NP_065949.1 12 52391995 52405293 52396060 -1 14 691 1323.65
p2 HOXC13 ENSP00000243056 ENST00000243056 ENSG00000123364 HXC13_HUMAN 12 52618958 52625307 52619450 1 2 330 594.81
p3 HOXC12 ENSP00000243103 ENST00000243103 ENSG00000123407 HXC12_HUMAN 12 52634981 52636617 52635401 1 2 282 373.27
p4 HOXC11 ENSP00000243082 ENST00000243082 ENSG00000123388 HXC11_HUMAN 12 52653293 52655464 52653746 1 2 304 438.74
p5 HOXC10 ENSP00000307321 ENST00000303460 ENSG00000180818 HXC10_HUMAN 12 52665311 52669497 52665821 1 2 342 650.79
p6 HOXC9 ENSP00000302836 ENST00000303450 ENSG00000180806 HXC9_HUMAN 12 52680240 52682725 52680627 1 2 260 510.33
p7 HOXC8 ENSP00000040584 ENST00000040584 ENSG00000037965 HXC8_HUMAN 12 52689336 52691432 52689696 1 2 242 430.42
p8 HOXC6 ENSP00000243108 ENST00000243108 ENSG00000197757 HXC6_HUMAN 12 52708573 52710013 52708921 1 2 235 451.9
p9 HOXC5 ENSP00000309336 ENST00000312492 ENSG00000172789 HXC5_HUMAN 12 52713174 52714543 52713504 1 2 222 429.02
p10 HOXC4 ENSP00000305973 ENST00000303406 ENSG00000198353 HXC4_HUMAN 12 52733974 52735256 52734367 1 2 264 520.55
p11 SMUG1 ENSP00000338606 ENST00000337581 ENSG00000123415 SMUG1_HUMAN 12 52862147 52863991 52862549 -1 2 270 521.25
p12 CBX5 ENSP00000209875 ENST00000209875 ENSG00000094916 CBX5_HUMAN 12 52921806 52937701 52932122 -1 4 191 371.21
p13 HNRPA1 ENSP00000341826 ENST00000340913 ENSG00000135486 ROA1_HUMAN 12 52960859 52964364 52962510 1 10 372 523.89
p14 NFE2 ENSP00000312436 ENST00000312156 ENSG00000123405 NFE2_HUMAN 12 52972425 52975299 52972980 -1 2 373 699.37
total length of ref-loci (on slice) = 583305 (58e4)

Parameter used for the loci-alignments

qLoci-Score_CutOff: 100 bits
qLoci-MaxProtOverlap: 40 aa
loci size factor: 2 (additional loci size constraint: 0 nt)
loci-grouping type: loci intervalls
max distance between non-highlighted (orange) target columns: 500000 nt
RelativeScore color index:
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p1, q10 p1, q11 p1, q12 p1, q13 p1, q14 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p2, q10 p2, q11 p2, q12 p2, q13 p2, q14 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p3, q10 p3, q11 p3, q12 p3, q13 p3, q14 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p4, q10 p4, q11 p4, q12 p4, q13 p4, q14 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p5, q10 p5, q11 p5, q12 p5, q13 p5, q14 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p6, q10 p6, q11 p6, q12 p6, q13 p6, q14 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p7, q10 p7, q11 p7, q12 p7, q13 p7, q14 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p8, q10 p8, q11 p8, q12 p8, q13 p8, q14 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p9, q10 p9, q11 p9, q12 p9, q13 p9, q14 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p10, q10 p10, q11 p10, q12 p10, q13 p10, q14 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p11, q10 p11, q11 p11, q12 p11, q13 p11, q14 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p12, q10 p12, q11 p12, q12 p12, q13 p12, q14 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p13, q10 p13, q11 p13, q12 p13, q13 p13, q14 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9 p14, q10 p14, q11 p14, q12 p14, q13 p14, q14
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 1
region1, score=8687 region1, score=8687 region1, score=8687
syntenyRegion: Danio_rerio.glob01.23.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 23 -i 32869533:34032121 -f 87e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=28.72 log_scoreRatio_sum=6.44 focal_scoreRatio_sum=10.1
AlnScore=8687 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 417.53 23 33632270 33649214 -1 11 69.5% 44% 1563 0.89 / 0.68 = 1.31 ortholog_one2many: calcoco1 1
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 467.87 23 33701520 33704218 1 3 91.8% 77.3% 915 0.53 / 0.21 = 2.52 ortholog_one2many: hoxc13a 1
p3 q3 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q3 q3 340.66 23 33711191 33712771 1 2 100% 65.2% 834 0.49 / 0.08 = 6.13 ortholog_one2many: A2BE68_DANRE 1
p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 385.72 23 33722501 33724786 1 2 100% 64.2% 966 0.34 / 0.12 = 2.83 ortholog_one2many: hoxc11a 1
p5 q5 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q5 q5 246.32 23 33731209 33733955 1 2 94.4% 45.9% 1005 0.57 / 0.62 = 0.92 noComparaHits: hoxc10a 2
p6 q6 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q6 q6 373.4 23 33742961 33744799 1 2 99.6% 73.2% 780 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2many: hoxc9a 1
p7 q7 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q7 q7 403.32 23 33749039 33751053 1 2 100% 82% 750 0.33 / 0.06 = 5.5 ortholog_one2many: hoxc8a 1
p8 q8 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q8 q8 339.25 23 33763064 33764351 1 2 98.3% 73.1% 696 0.55 / 0.24 = 2.29 ortholog_one2many: hoxc6a 1
p9 q9 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q9 q9 209.71 23 33766330 33767846 1 2 100% 53.6% 699 0.62 / 0.51 = 1.22 noComparaHits: hoxc5a 1
p10 q10 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q10 q10 351.92 23 33778655 33779978 1 2 100% 70.1% 804 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2many: hoxc4a 1
--- q11 gapp - - - q11 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q12 +/+ ENSP00000209875 CBX5 q12 q12 257.85 23 33946797 33950790 -1 4 97.4% 68.8% 567 0.36 / 0.3 = 1.2 ortholog_one2one: zgc:158601 1
p13 q13 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q13 q13 445.25 23 33954708 33956426 1 5 87.4% 69.4% 990 0.03 / 0.15 = 0.2 noComparaHits: hnrpa1 1
p14 q14 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q14 q14 212.66 23 33959217 33960940 -1 3 47.2% 62.5% 528 0.7 / 0.69 = 1.01 ortholog_one2one: nfe2 1
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
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region 2
region2, score=6537 region2, score=6537 region2, score=6537
syntenyRegion: Danio_rerio.glob02.23.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 23 -i 34749250:35906424 -f 87e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=6537 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
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p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 340.66 23 35277627 35279207 -1 2 100% 65.2% 834 0.49 / 0.08 = 6.13 ortholog_one2many: A2BE68_DANRE 1
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 385.72 23 35265648 35267933 -1 2 100% 64.2% 966 0.34 / 0.12 = 2.83 ortholog_one2many: hoxc11a 1
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 246.32 23 35256479 35259225 -1 2 94.4% 45.9% 1005 0.57 / 0.62 = 0.92 noComparaHits: hoxc10a 2
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 373.4 23 35245633 35247471 -1 2 99.6% 73.2% 780 0.52 / 0.26 = 2 ortholog_one2many: hoxc9a 1
p7 q6 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q6 q6 403.32 23 35239379 35241393 -1 2 100% 82% 750 0.33 / 0.06 = 5.5 ortholog_one2many: hoxc8a 1
p8 q7 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q7 q7 339.25 23 35226124 35227411 -1 2 98.3% 73.1% 696 0.55 / 0.24 = 2.29 ortholog_one2many: hoxc6a 1
p9 q8 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q8 q8 209.71 23 35222629 35224145 -1 2 100% 53.6% 699 0.62 / 0.51 = 1.22 noComparaHits: hoxc5a 1
p10 q9 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q9 q9 351.92 23 35210505 35211828 -1 2 100% 70.1% 804 0.51 / 0.32 = 1.59 ortholog_one2many: hoxc4a 1
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 3
region3, score=4150 region3, score=4150 region3, score=4150
syntenyRegion: Danio_rerio.glob03.11.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 11 -i 114757:1255217 -f 86e4 some_geneID_to_be_selected
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AlnScore=4150 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 q1 +/+ ENSP00000262059 CALCOCO1 q1 q1 274.78 11 509350 520707 -1 7 53.7% 39.3% 1176 0.89 / 0.79 = 1.13 ortholog_one2many: tceb3 2
p2 q2 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q2 q2 391.12 11 547278 549837 1 3 87.6% 68.7% 867 0.53 / 0.34 = 1.56 ortholog_one2many: hoxc13b 2
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p4 q4 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q4 q4 358.97 11 566782 568428 1 2 93.8% 68.7% 858 0.34 / 0.18 = 1.89 ortholog_one2many: hoxc11b 2
p5 --- gapq ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gapq ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p8 q5 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q5 q5 325.53 11 589745 590852 1 2 98.7% 72.6% 702 0.55 / 0.27 = 2.04 ortholog_one2many: hoxc6b 2
p9 --- gapq ENSP00000309336 HOXC5 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gapq ENSP00000305973 HOXC4 q5 --- - - - - - - - - - - - -
p11 q6 +/+ ENSP00000338606 SMUG1 q6 q6 313.2 11 604600 606878 -1 2 90% 63.9% 732 0.73 / 0.39 = 1.87 ortholog_one2one: Q0P412_DANRE 1
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 q7 +/+ ENSP00000341826 HNRPA1 q7 q7 241.88 11 1252244 1255217 1 3 44.1% 72.6% 492 0.03 / 0.53 = 0.06 ortholog_one2many: zgc:66127 5
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8
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region 4
region4, score=3798 region4, score=3798 region4, score=3798
syntenyRegion: Danio_rerio.glob04.9.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 9 -i 1645138:2801668 -f 87e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=6.71 log_scoreRatio_sum=-2.51 focal_scoreRatio_sum=2.56
AlnScore=3798 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 170.99 9 1971944 1974397 -1 2 62.1% 47.5% 642 0.53 / 0.71 = 0.75 noComparaHits: hoxd13a 6
p3 q2 +/+ ENSP00000243103 HOXC12 q2 q2 185.78 9 1966604 1968848 -1 2 70.9% 49.8% 600 0.49 / 0.5 = 0.98 noComparaHits: hoxd12a 3
p4 q3 +/+ ENSP00000243082 HOXC11 q3 q3 258.64 9 1960574 1962309 -1 2 94.7% 51.2% 879 0.34 / 0.41 = 0.83 noComparaHits: hoxd11a 3
p5 q4 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q4 q4 262.51 9 1952491 1954123 -1 2 92.7% 49.8% 918 0.57 / 0.59 = 0.97 noComparaHits: hoxd10a 1
p6 q5 +/+ ENSP00000302836 HOXC9 q5 q5 265.33 9 1948806 1949904 -1 2 99.2% 50.2% 855 0.52 / 0.48 = 1.08 noComparaHits: hoxd9a 2
p7 --- gapq ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q6 --- - - - - - - - - - - - -
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p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p1, q7 p1, q8 p1, q9 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p2, q7 p2, q8 p2, q9 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p3, q7 p3, q8 p3, q9 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p4, q7 p4, q8 p4, q9 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p5, q7 p5, q8 p5, q9 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p6, q7 p6, q8 p6, q9 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p7, q7 p7, q8 p7, q9 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p8, q7 p8, q8 p8, q9 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p9, q7 p9, q8 p9, q9 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p10, q7 p10, q8 p10, q9 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p11, q7 p11, q8 p11, q9 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p12, q7 p12, q8 p12, q9 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p13, q7 p13, q8 p13, q9 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6 p14, q7 p14, q8 p14, q9
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region 5
region5, score=3108 region5, score=3108 region5, score=3108
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hoxb3a
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region 6
region6, score=2361 region6, score=2361 region6, score=2361
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AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
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p8 --- gapq ENSP00000243108 HOXC6 q5 --- - - - - - - - - - - - -
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p10 q6 +/+ ENSP00000305973 HOXC4 q6 q6 247.73 19 10528752 10529933 1 2 95.5% 52.5% 735 0.51 / 0.52 = 0.98 between_species_paralog: hoxa4a 4
--- q7 gapp - - - q7 - - - - - - - - - - - -
p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gapq ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p1, q4 p1, q5 p1, q6 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p2, q4 p2, q5 p2, q6 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p3, q4 p3, q5 p3, q6 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p4, q4 p4, q5 p4, q6 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p5, q4 p5, q5 p5, q6 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p6, q4 p6, q5 p6, q6 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p7, q4 p7, q5 p7, q6 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p8, q4 p8, q5 p8, q6 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p9, q4 p9, q5 p9, q6 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p10, q4 p10, q5 p10, q6 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p11, q4 p11, q5 p11, q6 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p12, q4 p12, q5 p12, q6 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p13, q4 p13, q5 p13, q6 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3 p14, q4 p14, q5 p14, q6
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p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 7
region7, score=2323 region7, score=2323 region7, score=2323
syntenyRegion: Danio_rerio.glob07.16.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 16 -i 15834923:16991908 -f 87e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=4.71 log_scoreRatio_sum=-1.51 focal_scoreRatio_sum=1.95
AlnScore=2323 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 q1 +/+ ENSP00000243056 HOXC13 q1 q1 256.18 16 15984775 15985935 -1 2 77.6% 55.8% 741 0.53 / 0.56 = 0.95 noComparaHits: hoxa13b 5
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p5 q3 +/+ ENSP00000307321 HOXC10 q3 q3 218.16 16 15969590 15971748 -1 2 70.5% 50.8% 726 0.57 / 0.66 = 0.86 noComparaHits: hoxa10b 3
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p11 --- gapq ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
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p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p1, q1 p1, q2 p1, q3 p2 p2, q1 p2, q2 p2, q3 p3 p3, q1 p3, q2 p3, q3 p4 p4, q1 p4, q2 p4, q3 p5 p5, q1 p5, q2 p5, q3 p6 p6, q1 p6, q2 p6, q3 p7 p7, q1 p7, q2 p7, q3 p8 p8, q1 p8, q2 p8, q3 p9 p9, q1 p9, q2 p9, q3 p10 p10, q1 p10, q2 p10, q3 p11 p11, q1 p11, q2 p11, q3 p12 p12, q1 p12, q2 p12, q3 p13 p13, q1 p13, q2 p13, q3 p14 p14, q1 p14, q2 p14, q3
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 8
region8, score=1346 region8, score=1346 region8, score=1346
syntenyRegion: Danio_rerio.glob08.12.minQN4.fac2.01.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 12 -i 26131270:27271634 -f 86e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2.7 log_scoreRatio_sum=-0.34 focal_scoreRatio_sum=0.93
AlnScore=1346 (based on relative scores)
AlnType: reversed (decreasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 q1 +/+ ENSP00000040584 HOXC8 q1 q1 236.46 12 26478731 26480927 -1 2 99.6% 53.4% 726 0.33 / 0.45 = 0.73 between_species_paralog: hoxb8b 3
p8 q2 +/+ ENSP00000243108 HOXC6 q2 q2 177.32 12 26470491 26471559 -1 2 86% 49.3% 627 0.55 / 0.6 = 0.92 noComparaHits: hoxb6b 4
p9 q3 +/+ ENSP00000309336 HOXC5 q3 q3 173.94 12 26467745 26468987 -1 3 58.1% 65.2% 414 0.62 / 0.59 = 1.05 noComparaHits: hoxb5b 4
p10 --- gape ENSP00000305973 HOXC4 q3 --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gape ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 --- gape ENSP00000209875 CBX5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p13 --- gape ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 --- gape ENSP00000312436 NFE2 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p1, q1 p1, q2 p2 p2, q1 p2, q2 p3 p3, q1 p3, q2 p4 p4, q1 p4, q2 p5 p5, q1 p5, q2 p6 p6, q1 p6, q2 p7 p7, q1 p7, q2 p8 p8, q1 p8, q2 p9 p9, q1 p9, q2 p10 p10, q1 p10, q2 p11 p11, q1 p11, q2 p12 p12, q1 p12, q2 p13 p13, q1 p13, q2 p14 p14, q1 p14, q2
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7 p8 p9 p10 p11 p12 p13 p14

region 9
region9, score=844 region9, score=844 region9, score=844
syntenyRegion: Danio_rerio.glob10.3.minQN4.fac2.02.blastresult [View in Ensembl]
retrieve target region: getEnsemblProteins.pl -h Danio_rerio -l 3 -i 19321565:20477670 -f 87e4 some_geneID_to_be_selected
scoreRatio_sum=2 log_scoreRatio_sum=0 focal_scoreRatio_sum=0.25
AlnScore=844 (based on relative scores)
AlnType: normal (increasing chromosome positions)
QueryProtein(s)=ENSP00000302836 (contained in p6)
TargetGenome=Danio_rerio
ref-loci target-loci aln protIDgeneNameoptQloci target-loci scorechrstartPosendPosorihitsqueryCovmeanIdentityhitsLengthintra_intercomparaglobalRank
p1 --- gaps ENSP00000262059 CALCOCO1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p2 --- gaps ENSP00000243056 HOXC13 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p3 --- gaps ENSP00000243103 HOXC12 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p4 --- gaps ENSP00000243082 HOXC11 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p5 --- gaps ENSP00000307321 HOXC10 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p6 --- gaps ENSP00000302836 HOXC9 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p7 --- gaps ENSP00000040584 HOXC8 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p8 --- gaps ENSP00000243108 HOXC6 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p9 --- gaps ENSP00000309336 HOXC5 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p10 --- gaps ENSP00000305973 HOXC4 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p11 --- gaps ENSP00000338606 SMUG1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p12 q1 /+ ENSP00000209875 CBX5 q1 q1 237.79 3 19879838 19884549 1 4 96.3% 62.2% 537 0.36 / 0.35 = 1.03 between_species_paralog: cbx1 2
p13 --- gapq ENSP00000341826 HNRPA1 noMatch --- - - - - - - - - - - - -
p14 q2 +/+ ENSP00000312436 NFE2 q2 q2 189.43 3 19888301 19891446 -1 3 65.4% 42.1% 738 0.7 / 0.72 = 0.97 between_species_paralog: nfe2l1 4