Praktikum Bioinf Test RNAcode

1. Alle Gene Blasten (vorbereitet)

Grep aus der Annotation alle nucleotid Sequenzen des Annotation und blaste Sie gegen die Nucleotiddatenbank.

2. Filter die Blast Ergebnisse und bilde multi-fasta

my_script -in annotated_genes_1.fasta.blast -out annotated_genes_99.fasta.multi

• Filtern nach Taxon.
• Filtern nach quality
• !Achtung! Ist immer der erste Hit auch wirklich Haloferax?

3. Mulit-Fasta aligment machen mit ClusatlW

Der command sollte straight forward sein.

4. Aligment mit RNAcode ueberpruefen lassen

RNAcode -o annotated_genes_99.res -t annotated_genes_99.align 

5. RNAcode results filtern und Analysieren

Hier muss man sich ueberlegen welchen p-value man als cut-off setzten will. Auszerdem muss man schauen ob der richtige frame erkannt wurde.

Moegliche Enhancments

• beim Schritt 2. die orginall Sequenz herunterladen und mehr ausschneiden
• Taxon anders Filtern