Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 384,977 – 385,070 |
Length | 93 |
Max. P | 0.659384 |
Location | 384,977 – 385,070 |
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Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.15 |
Mean single sequence MFE | -35.52 |
Consensus MFE | -16.98 |
Energy contribution | -16.02 |
Covariance contribution | -0.97 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.48 |
SVM decision value | 0.26 |
SVM RNA-class probability | 0.659384 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 384977 93 - 22224390 CAAGGCUGCUGCUCCGGAUGCUCCUUCUCUAUCC-UCGCUCUCCGCAAAGGCCGG------GACAGCUCCGCCCGUCAACGAGCUUCUGCACACAGCCAA ...(((((.((...((((.((((...........-..((.....))...((.(((------(.....)))).))......)))).))))..))))))).. ( -28.30) >DroPse_CAF1 21123 96 - 1 CCCGUCCAGUGCAGCGGUGGCUGUC----GACCCGGUGCUGGCUGCUACAGCCGCACCACAGCCAGCGGUGCCCGUCAACGAGCUGCUGCAGACGGCUAA .(((((...(((((((((((((((.----.....(((((.(((((...)))))))))))))))).((((...))))......)))))))))))))).... ( -49.40) >DroSec_CAF1 18855 93 - 1 CAAGGCUGCUGCUCCGGAUGCUGCUUUUCUAUCC-UCGCAUUCCGCAAAGGCCGG------GACAGCUCCGCCUGUCAACGAUCUUCUGCACACAGCCAA ...(((((.((....((((((.............-..)))))).((((((..((.------(((((......)))))..))..))).))).))))))).. ( -28.56) >DroSim_CAF1 19103 93 - 1 CAAGGCUGCUGCUCCGGAUGCUGCUUCUCUAUCC-UCGCAUUCCGCAAAGGCCGG------GACAGCUCCGCCUGUCAACGAUCUUCUGCACACAGCCAA ...(((((.((....((((((.............-..)))))).((((((..((.------(((((......)))))..))..))).))).))))))).. ( -28.56) >DroEre_CAF1 19034 93 - 1 CAAGGCUGCUGCUUCGGAUGCCGCUGCUCCAUCG-CCACUCUCCGCGAAGGCCGG------GACAGCUCCGCCCGUCAACGAGCUUCUGCACACAGCCAA ...(((((.(((...(((....((((.(((...(-((..((.....)).)))..)------)))))))))((.((....)).))....)))..))))).. ( -31.20) >DroPer_CAF1 21679 96 - 1 CCCGUCCAGUGCAGCGGUGGCUGUC----GACCCGGUGCUGGCUGCUACAGCCGCGCCACAGCCAGCGGUGCCCAUCAACGAGCUGCUGCAGACGGCCAA .(((((...(((((((((((((((.----.....(((((.(((((...))))))))))))))))...(((....))).....)))))))))))))).... ( -47.10) >consensus CAAGGCUGCUGCUCCGGAUGCUGCUUCUCUAUCC_UCGCUCUCCGCAAAGGCCGG______GACAGCUCCGCCCGUCAACGAGCUUCUGCACACAGCCAA ...(((((.(((.((((.(((.......................)))....))))......((.((((.((........)))))))).)))..))))).. (-16.98 = -16.02 + -0.97)
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