Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,566,507 – 2,566,627 |
Length | 120 |
Max. P | 0.600368 |
Location | 2,566,507 – 2,566,627 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.44 |
Mean single sequence MFE | -55.32 |
Consensus MFE | -37.78 |
Energy contribution | -38.53 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -2.05 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.600368 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 2566507 120 + 22224390 GGAGGCGCUGUGCGCCAAGGCGCACUUCCGGUGCGGACACGCCUCCGGCGGCUGCCAGGUGCGGAUGCCGGUCGUCCUGCUGCCGUGGCACGAACAGCAGUGCAUGUACAAGCCGAUGAA (((((((..((((((....)))))).((((...))))..)))))))..(((((...(.(((((((((.....))))).(((((.((.......)).))))))))).)...)))))..... ( -56.80) >DroVir_CAF1 15230 120 + 1 UGAGGCAUUGUGCGCCAAGGCGCAUUUUGGCUGCAGCUUUGCGGCGGGCGGCUGUGGGGUGAGGAUGCCGGUGGCGCUGCUGCCGUGGCAUGAGCAGCAGUGCAUCUAUAAGCCGAUGAA .....((..((((((....))))))..))(((((......)))))...((((((((((((......)))....(((((((((((((...))).))))))))))..)))).)))))..... ( -55.30) >DroPse_CAF1 987 120 + 1 CGAGGCUCUGUGUGCCAAGGCCCACUUCGGAUGCAGCCAUGCGGCCGGUGGCUGCCAGGUGCGUAUGCCGGUGGCCCUAUUGCCCUGGCAUGAGCAGCAGUGCAUCUACAAGCCAAUGAA ...((((..(((.((....)).)))...((((((((((..((((((...))))))..)))((.((((((((.(((......))))))))))).)).....)))))))...))))...... ( -53.60) >DroGri_CAF1 1756 120 + 1 UGAAGCAUUGUGCGCCAAGGCGCAUUUUGGAUGCAGUCAUGCGGCAGGCGGGUGUGCGGUGAGGAUGCCGGUGGCGUUGUUGCCGUGGCACGAGCAGCAGUGCAUCUAUAAGCCGAUGAA ....(((((((((((....))))))....)))))..((((.((((..(..((((..(((..(.((((((...)))))).)..))((.((....)).)).)..))))..)..)))))))). ( -53.50) >DroMoj_CAF1 2246 120 + 1 UGAGGCGCUGUGCGCCAAGGCGCACUUCGGGUGCAGUUUCGCGGCGGGUGGGUGCGUGGUCAGGAUGCCGGUGGCGCUGCUGCCGUGGCACGAGCAGCAGUGCAUCUAUAAGCCGAUGAA ....(((((((((((....))))))....)))))...((((((((..((((((((...........(((...)))((((((((((.....)).))))))))))))))))..)))).)))) ( -59.10) >DroPer_CAF1 987 120 + 1 CGAGGCUCUGUGUGCCAAGGCCCACUUCGGAUGCAGCCAUGCGGCCGGUGGCUGCCAGGUGCGUAUGCCGGUGGCCCUAUUGCCCUGGCAUGAGCAGCAGUGCAUCUACAAGCCAAUGAA ...((((..(((.((....)).)))...((((((((((..((((((...))))))..)))((.((((((((.(((......))))))))))).)).....)))))))...))))...... ( -53.60) >consensus UGAGGCACUGUGCGCCAAGGCGCACUUCGGAUGCAGCCAUGCGGCCGGCGGCUGCCAGGUGAGGAUGCCGGUGGCCCUGCUGCCGUGGCACGAGCAGCAGUGCAUCUACAAGCCGAUGAA ...(((...((((((....))))))...(((((((((((((((.(.....).)))..(((......))).))))).(((((((((.....)).))))))))))))))....)))...... (-37.78 = -38.53 + 0.75)
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