Locus 875

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,456,823 – 2,456,983
Length 160
Max. P 0.689792
window1423 window1424

overview

Window 3

Location 2,456,823 – 2,456,943
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.78
Mean single sequence MFE -46.77
Consensus MFE -29.30
Energy contribution -30.00
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.581724
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2456823 120 + 22224390
CGCCAGCAUUUGCUCUUCAUGCUGGGAUUGGAGCAGACGAAGGCGUUUGCUUGCCGCAUCUUCCUGCUGUUGAGCAUCCAGUAGCUGCGCGCGCAGCUCAUCCAACGUUGUGCGCUGCUC
.((((((((((((((..((.((.((((((((((((((((....))))))))..))).)))..)).))))..)))))...))).)))).(((((((((.........))))))))).)).. ( -45.80)
>DroSec_CAF1 893 120 + 1
CGCCAGCAUUUGCUCUUCAUGCUGGACUUCGAGCAGACGAAGGCGUUUGCCUGCCAAAUCUUCCUGCUGUUGAGCUUCCAGUAGCUGCACGCGCAGGUCAUCCAACGUUGUGCGCUGCUC
..(((((((.........))))))).....((((((.((..(((((((((((((.........((((((.........))))))........))))).))...))))))...)))))))) ( -40.43)
>DroSim_CAF1 1721 120 + 1
CGCCAGCAUUUCCUCUUCAUGCUGGACUUGGAGCAGACGAAGGCGUUUGCCUGCCAAAUCUUCCUGCUGUUGAGCAUCCAGUAGCUGCACGCGCAGGUCAUCCAACGUUGUGCGCUGCUC
..(((((((.........)))))))..((((.(((((((....)))))))...)))).......((((....))))...((((((.(((((((..((....))..)).))))))))))). ( -42.70)
>DroEre_CAF1 16381 120 + 1
GGCCAGCAUUUGUUCUUCAUGCUCGGAUUGGAGCAGACGGAUGCGUUUGCUCAAAGUCUCCUCUUGCUGCUGAGCAUCCAGGAGCUGUGCGCGCUGCUCAUCCAACGCUGUGCGCUGCUC
....((((...((((((.((((((((....(((((((((....))))))))).(((......)))....))))))))..))))))...((((((.((.........)).)))))))))). ( -45.70)
>DroYak_CAF1 14783 120 + 1
GGCCAGCAUCUGCUCUUCAUGCUCGGAUUGGACCAGACGGAGGCGUUUGCUUGCAGCCUCCCCCUGCUGCUGAGCAUCCAGGAGCUGUGCGCGCUGCUCAUCCAACGCUGUGCGCUGCUC
....((((...((((((.((((((((...((..(((..((((((((......)).))))))..))))).))))))))..))))))...((((((.((.........)).)))))))))). ( -48.10)
>DroPer_CAF1 8439 120 + 1
GGCGAGCAUUUGUUCCUCGUGGUUGGCCUCGACCUGGCGCAGCCGCUUGGCCAGAGCCUCGUGCCGCUGCUGGGUCUCCAGCAGCUGGCAGCGCUGUUCUUCCAUGGCGAUACGCUGCUC
(((((((....))))...((((((((((.......))).)))))))...))).((((..((((((((((((((....)))))))).)))..((((((......))))))..)))..)))) ( -57.90)
>consensus
CGCCAGCAUUUGCUCUUCAUGCUGGGAUUGGAGCAGACGAAGGCGUUUGCCUGCAGCAUCUUCCUGCUGCUGAGCAUCCAGUAGCUGCGCGCGCAGCUCAUCCAACGCUGUGCGCUGCUC
..(((((((.........))))))).......(((((((....)))))))...............(((((((......))))))).(((((((((((.........)))))))).))).. (-29.30 = -30.00 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 2,456,863 – 2,456,983
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.78
Mean single sequence MFE -47.18
Consensus MFE -27.90
Energy contribution -28.93
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.82
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.689792
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2456863 120 + 22224390
AGGCGUUUGCUUGCCGCAUCUUCCUGCUGUUGAGCAUCCAGUAGCUGCGCGCGCAGCUCAUCCAACGUUGUGCGCUGCUCAUUCAAGCUGGACGCCUGCAGACGCCGUUGCUGCACCAAA
.(((((((((..((.(.....(((.(((..((((((....((....))(((((((((.........)))))))))))))))....))).))))))..))))))))).............. ( -47.60)
>DroSec_CAF1 933 120 + 1
AGGCGUUUGCCUGCCAAAUCUUCCUGCUGUUGAGCUUCCAGUAGCUGCACGCGCAGGUCAUCCAACGUUGUGCGCUGCUCAUUCAAGAUGGAGGCCUGUAGACGCCGCUGCUGCACCAAA
.(((((((((..(((..(((((...(((....)))....((((((.(((((((..((....))..)).))))))))))).....)))))...)))..)))))))))((....))...... ( -45.30)
>DroSim_CAF1 1761 120 + 1
AGGCGUUUGCCUGCCAAAUCUUCCUGCUGUUGAGCAUCCAGUAGCUGCACGCGCAGGUCAUCCAACGUUGUGCGCUGCUCAUUCAUGAUGGAGGCCUGUAGACGCCGCUGCUGCACCAAA
.(((((((((..(((.........((((....))))(((((((((.(((((((..((....))..)).))))))))))(((....))))))))))..)))))))))((....))...... ( -47.00)
>DroEre_CAF1 16421 120 + 1
AUGCGUUUGCUCAAAGUCUCCUCUUGCUGCUGAGCAUCCAGGAGCUGUGCGCGCUGCUCAUCCAACGCUGUGCGCUGCUCAUUCAUGCUGGCCGCCUGUAUACGCCGCUGCUGCACCAAA
..((((.(((...(((......)))((.(((.(((((....((((...((((((.((.........)).)))))).))))....)))))))).))..))).)))).((....))...... ( -39.80)
>DroYak_CAF1 14823 120 + 1
AGGCGUUUGCUUGCAGCCUCCCCCUGCUGCUGAGCAUCCAGGAGCUGUGCGCGCUGCUCAUCCAACGCUGUGCGCUGCUCAUUCAAACUGGCCGCCUGUAGACGCCGCUGCUGCACCAAA
.(((((((((..((.(((......((((....)))).....((((...((((((.((.........)).)))))).)))).........))).))..)))))))))((....))...... ( -48.50)
>DroPer_CAF1 8479 120 + 1
AGCCGCUUGGCCAGAGCCUCGUGCCGCUGCUGGGUCUCCAGCAGCUGGCAGCGCUGUUCUUCCAUGGCGAUACGCUGCUCGAAAAUGUUGUGCGCCUGCUGGCGCCGCUGCUGGACGAGG
.(((....))).....((((((.((((((((((....)))))))).(((((((.........(((..(((........)))...)))....(((((....)))))))))))))))))))) ( -54.90)
>consensus
AGGCGUUUGCCUGCAGCAUCUUCCUGCUGCUGAGCAUCCAGUAGCUGCGCGCGCAGCUCAUCCAACGCUGUGCGCUGCUCAUUCAAGCUGGACGCCUGUAGACGCCGCUGCUGCACCAAA
.(((((((((...............(((((((......))))))).(((((((((((.........)))))))).)))...................)))))))))((....))...... (-27.90 = -28.93 +   1.03)

alignment

Postscript

secondary structure

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