Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,159,013 – 21,159,133 |
Length | 120 |
Max. P | 0.760424 |
Location | 21,159,013 – 21,159,133 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.94 |
Mean single sequence MFE | -46.95 |
Consensus MFE | -25.85 |
Energy contribution | -25.88 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.91 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.50 |
SVM RNA-class probability | 0.760424 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 21159013 120 - 22224390 ACCAAAGCCAAGCUGGUGGACAGCCUGUACGGACAUAUAGUGCGUUUGGCCGGACACAGCAUCGGCAGUGGGCUGCUGGAUUCGAUGUAUCAGAGCGCCACACCCAAUCAGCGCAUCUAU ......(((..((((.((..(.(((...(((.((.....)).)))..))).)..))))))...))).(((((((.((((((.....)).))))))).))))................... ( -38.30) >DroPse_CAF1 2838 120 - 1 ACCAAAAGCAAGCUGGUGGACAGCCUGUUCGGUCACAUUGUCCGCCUGGCGGGGCACAGUAUUGCCAGCGGUCUGCUGGACGUUAUGUACCAGGGUGGUACUCGUCAGCAGCGUACCCAU .......((..((((((((((((..((......))..))))))))).)))..((((......)))).))(((.(((((((((....(((((.....))))).))))..))))).)))... ( -48.10) >DroEre_CAF1 3677 120 - 1 ACCAAAUCAAAGCUGGUGGACAGCCUGUACGGACAUAUAGUGCGUUUGGCUGGACACAACAUCGGCAGUGGGCUGCUGGACACGAUGUACCAGAGCGCCACACCGAAGCAGCGCACCUUC ...........(((((((..(((((...(((.((.....)).)))..)))))..)))....((((..(((((((.((((((.....)).))))))).)))).))))..))))........ ( -50.30) >DroYak_CAF1 3008 120 - 1 ACCAAGGCAAAGUUGGUGGACAGCCUGUACGGACAUAUAGUGCGUUUGGCUGGACACAGCAUCGGCAGUGGGCUACUGGACACGAUGUACCAGAGUGCCACACCCAAGCAGCGCAUCUUC ...((((....(((((((..(((((...(((.((.....)).)))..)))))..)))......((..(((((((.((((((.....)).))))))).))))..))...))))...)))). ( -42.40) >DroAna_CAF1 2364 120 - 1 ACCAAGACGAAGCUGAUCGACAGCCUGAUGGGCAAUGUGGUCCGAUUGGCGGGCCACAACAUCGCCAGCGGGCUGUUGGACACCAUGUACCAGGGCGCCACGCCGCAGCAGCGUAUUAAC ......(((..((((.(((((((((((...(((..(((((((((.....))))))))).....)))..)))))))))))..............((((...)))).))))..)))...... ( -52.90) >DroPer_CAF1 8783 120 - 1 ACCAAAAGCAAGCUGGUGGACAGCCUCUUCGGGCACAUUGUCCGCCUGGCGGGGCACAGUAUUGCCAGUGGUCUGCUGGACGUUAUGUACCAGGGUGGUACUCGUCAGCAGCGUACCCAU ...........(((((((((((((((....))))....)))))))).)))((((((......)))).(((..((((((.(((....(((((.....))))).)))))))))..))))).. ( -49.70) >consensus ACCAAAACCAAGCUGGUGGACAGCCUGUACGGACAUAUAGUCCGUUUGGCGGGACACAGCAUCGCCAGUGGGCUGCUGGACACGAUGUACCAGAGCGCCACACCCAAGCAGCGCACCUAC ...........(((((((..(.(((...(((.((.....)).)))..))).)..)))..........((((((..((((((.....)).))))...))).))).....))))........ (-25.85 = -25.88 + 0.03)
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