Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,905,274 – 20,905,370 |
Length | 96 |
Max. P | 0.733344 |
Location | 20,905,274 – 20,905,370 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.94 |
Mean single sequence MFE | -34.20 |
Consensus MFE | -22.48 |
Energy contribution | -22.43 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -1.36 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.43 |
SVM RNA-class probability | 0.733344 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20905274 96 + 22224390 UGGUGCUACCGAUCCGCAGGGAGGC---AUCAGCAACAUGACCACCGUCAACGGGGGUUACCUGUGGCUCAUCACACCUGUUGCAGCCAGGUUAGUAUG ..((((((..((.(((((((...((---....))....(((((.(((....))).)))))))))))).)).....(((((.......))))))))))). ( -35.10) >DroGri_CAF1 13856 93 + 1 UG---UCCUGAAUGGUCAAAGCGGA---UUCAAUAACAUGGCCAACGUUGGCGGCGGUUACCUGUGGCUGUUGACACCUGUCGCGGCUAGGUGGGUACA .(---((((.(((.(((........---..((......))((((....))))))).)))((((..((((((.(((....)))))))))))))))).)). ( -26.70) >DroSec_CAF1 24485 96 + 1 UGGUGCUCCCGAUCCGCAGGGAGGC---AUCAGCAACAUGACCACCGUCAACGGGGGUUACCUGUGGCUCAUCACACCUGUUGCAGCCAGGUUAGUAUG ((((((((((........)))).))---))))(((((((((((.(((....))).)))))..(((((....)))))..))))))............... ( -35.10) >DroEre_CAF1 17775 93 + 1 UGGUGCUCCCGAUCCGCAGGGAGGC---AUCAGCAAUAUGACCACCGUCAACGGUGGUUACUUGUGGCUCAUCACACCUGUUGCAGCCAGGUUAGU--- ((((((((((........)))).))---))))(((((((((((((((....)))))))))..(((((....)))))..))))))............--- ( -38.00) >DroYak_CAF1 21748 99 + 1 UGGUGCUCCUGAUCCGCAGGGAGGCAAUAUCAGCAAUAUGACCACCGUCAACGGUGGUUACCUGUGGCUCAUCACACCUGUUGCAGCCAGGUUAGUAUG ..(((((..(((.(((((((...((.......))....(((((((((....)))))))))))))))).)))....(((((.......))))).))))). ( -38.10) >DroAna_CAF1 16140 94 + 1 GGGCGUGCCCGAUCAUCAGGGCGGU---AUCAACACUAUAGCCAAUACCAGUGGAGGCUACCUGUGGCUACUCACACCCGUGGCAGCCAGGUAAGUC-- .(((..((((........))))(((---......)))...)))..((((..(((..(((((..(((........)))..)))))..)))))))....-- ( -32.20) >consensus UGGUGCUCCCGAUCCGCAGGGAGGC___AUCAGCAACAUGACCACCGUCAACGGGGGUUACCUGUGGCUCAUCACACCUGUUGCAGCCAGGUUAGUAUG ((((.(((((........))))).........(((((((((((.(((....))).)))))...(((........))).)))))).)))).......... (-22.48 = -22.43 + -0.05)
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