Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,153,524 – 20,153,644 |
Length | 120 |
Max. P | 0.542239 |
Location | 20,153,524 – 20,153,644 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 3 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.22 |
Mean single sequence MFE | -45.77 |
Consensus MFE | -41.37 |
Energy contribution | -40.27 |
Covariance contribution | -1.10 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.62 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.542239 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20153524 120 - 22224390 UGGAUUCUGGAUUCUGGCCGUGCCCAUUAUUAUCACAGCCGACGUCUAAGUCCGGGCUUCAGUCGGGUGAUUGACGAUGUGGCCAGAAGUUGGGACUAGGAUCUGGGACGGAUCUAGAAC (((.(((..(.(((((((((....(((..(((((((..(((((....((((....))))..))))))))).)))..)))))))))))).)..))))))(((((((...)))))))..... ( -43.80) >DroSec_CAF1 8565 120 - 1 UGGAUUCUGGAUUCUGGCCGUGCCCAUUAUUAUCACAGCCGACGUCUAAGUCCGGGCUUCAGCCGGGUGAUUGACGAUGUGGCCAGAAGUUGGGACUAGGAUCUGGGGCGGAUCUGGAAC ....(((..(((((.(((...))).............(((...((((.(((((.((((((.((((.((........)).))))..)))))).))))).))))....))))))))..))). ( -44.50) >DroYak_CAF1 6768 120 - 1 GGGAUUCUGGAUUCUGGUCGUGGCCAUCAUCAACACAGUCGACGUCUAAGUCCCGGCUUCAGCCGGGUGAUUGACGAUGUGGCCAGAAGUUGGGACUAGGAUCUGGUAUGGAUCUGGAGC .((((((..((((((((((.((((((.((((....((((((((......)))(((((....)))))..)))))..))))))))))........))))))))))..)....)))))..... ( -49.00) >consensus UGGAUUCUGGAUUCUGGCCGUGCCCAUUAUUAUCACAGCCGACGUCUAAGUCCGGGCUUCAGCCGGGUGAUUGACGAUGUGGCCAGAAGUUGGGACUAGGAUCUGGGACGGAUCUGGAAC ....((((((((((((((.(((...........))).))))..((((.(((((.((((((.((((.((........)).))))..)))))).))))).)))).......)))))))))). (-41.37 = -40.27 + -1.10)
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