Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,002,377 – 20,002,497 |
Length | 120 |
Max. P | 0.802281 |
Location | 20,002,377 – 20,002,497 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.83 |
Mean single sequence MFE | -46.23 |
Consensus MFE | -23.64 |
Energy contribution | -24.50 |
Covariance contribution | 0.86 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -2.11 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.62 |
SVM RNA-class probability | 0.802281 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20002377 120 + 22224390 UGUCGCUGGUGUAGCCGCCAUACUCGCAGCCGGCGUCCAUCAGCACGAGAUCCUGCUGACCCAACAACUGGCUGUUGGCCACGUAGUGGAUCACCGUGGCGUUUUUACCGGCAGCCACCA .((.(((((((.((.((((((.((.((((((((.((...((((((.(....).))))))....))..)))))))).))((((...))))......)))))).)).))))))).))..... ( -46.60) >DroVir_CAF1 1788 120 + 1 UGUCGCUGGUAUAGCCGCCGUAUUCGCAGCCGGCAUCCAUCAGCAGCAGCUCCUGCGGCUGCAGCAACUGUGUGUUGUUCACAUAGUGUAUAACGGUGGCAUUUUUGCCGGCGGCCACCA .((((((((((..((((((((....((((((.((........)).((((...)))))))))).(((.(((((((.....))))))))))...)))))))).....))))))))))..... ( -60.40) >DroPse_CAF1 1826 120 + 1 UGUCGCUGGUGUAUCCGCCGUACUCGCAGCCAGCAUCCAUGAGGACCAGAUCUUGCGGCUGCAACAGCUGGCUGUUGUCCACAUAGUGGAUGAUGGUGGCAUUGCGACCGGCGGCCACAA .((((((((((((.(((((((....(((((((((.(((....))).......((((....))))..))))))))).((((((...)))))).)))))))...))).)))))))))..... ( -56.20) >DroWil_CAF1 1773 120 + 1 UAUCACUCGUAUAGCCGCCGUACUCACAGCCAGCGUCCAUGAGAACCAAAUCCUUUGGCUGCAAUAACUGUGUAUUGUUCACAUAAUGGAUAAUUGUGGCAUUUUUGCCGGCAGCAACGA ......((((...((.(((.....(((((...(((.(((.(((.........)))))).))).....))))).((((((((.....))))))))...((((....))))))).)).)))) ( -29.80) >DroMoj_CAF1 1836 120 + 1 UAUCGCUCGUAUAGCCGCCAUAUUCACAGCCCGCAUCCAUCAGCAGCAGCUCCUGCGGCUGCAGAAUCUGUGUGUUGUUCACAUAGUGUAUGACGGUGGCAUUUCGGCCAGCUGCCACAA ........((...((((((.......(((((.((........)).((((...)))))))))((....(((((((.....)))))))....))..)))))).....(((.....))))).. ( -39.60) >DroAna_CAF1 1777 120 + 1 UGUCGCUGGUGUAGCCGCCGUACUCGCAGCCGGCGUCCAUCAGCACCAUGUCCUGCACCCCCACGACUUGAUUAUUGGUCACGUAGUGGAUGAUGGUGGCGUUCCGGCCGGAGGCUACCA .((((((((((..(((((.((....)).).))))...)))))))................((((.((.((((.....)))).)).))))..)))((((((.((((....)))))))))). ( -44.80) >consensus UGUCGCUGGUAUAGCCGCCGUACUCGCAGCCGGCAUCCAUCAGCACCAGAUCCUGCGGCUGCAACAACUGUGUGUUGUUCACAUAGUGGAUGACGGUGGCAUUUCGGCCGGCGGCCACCA ....((((((...((((((((....((.....))((((((..(((........)))....((((((......)))))).......)))))).))))))))......))))))........ (-23.64 = -24.50 + 0.86)
Location | 20,002,377 – 20,002,497 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.83 |
Mean single sequence MFE | -45.80 |
Consensus MFE | -25.56 |
Energy contribution | -25.73 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.48 |
Mean z-score | -1.79 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.35 |
SVM RNA-class probability | 0.698512 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 20002377 120 - 22224390 UGGUGGCUGCCGGUAAAAACGCCACGGUGAUCCACUACGUGGCCAACAGCCAGUUGUUGGGUCAGCAGGAUCUCGUGCUGAUGGACGCCGGCUGCGAGUAUGGCGGCUACACCAGCGACA ((((((((((((.((....(((..(((((.(((.........(((((((....)))))))(((((((.(....).)))))))))))))))...)))..)))))))))..)))))...... ( -54.10) >DroVir_CAF1 1788 120 - 1 UGGUGGCCGCCGGCAAAAAUGCCACCGUUAUACACUAUGUGAACAACACACAGUUGCUGCAGCCGCAGGAGCUGCUGCUGAUGGAUGCCGGCUGCGAAUACGGCGGCUAUACCAGCGACA (((((((((((((((....))))..........(((.((((.....)))).)))...(((((((((((......))))....((...))))))))).....)))))))..))))...... ( -46.80) >DroPse_CAF1 1826 120 - 1 UUGUGGCCGCCGGUCGCAAUGCCACCAUCAUCCACUAUGUGGACAACAGCCAGCUGUUGCAGCCGCAAGAUCUGGUCCUCAUGGAUGCUGGCUGCGAGUACGGCGGAUACACCAGCGACA ..(((.((((((.(((((..((((....((((((...((.(((((((((....))))).(((.(....)..))))))).)))))))).)))))))))...))))))...)))........ ( -50.80) >DroWil_CAF1 1773 120 - 1 UCGUUGCUGCCGGCAAAAAUGCCACAAUUAUCCAUUAUGUGAACAAUACACAGUUAUUGCAGCCAAAGGAUUUGGUUCUCAUGGACGCUGGCUGUGAGUACGGCGGCUAUACGAGUGAUA ((((.((((((((((....))))((............((....))...((((((((..((..(((..(((......)))..)))..)))))))))).))..))))))...))))...... ( -39.30) >DroMoj_CAF1 1836 120 - 1 UUGUGGCAGCUGGCCGAAAUGCCACCGUCAUACACUAUGUGAACAACACACAGAUUCUGCAGCCGCAGGAGCUGCUGCUGAUGGAUGCGGGCUGUGAAUAUGGCGGCUAUACGAGCGAUA ..((((((.(.....)...))))))(((((((.....((....))...(((((...(((((.((((((.((...)).))).))).))))).)))))..)))))))(((.....))).... ( -40.80) >DroAna_CAF1 1777 120 - 1 UGGUAGCCUCCGGCCGGAACGCCACCAUCAUCCACUACGUGACCAAUAAUCAAGUCGUGGGGGUGCAGGACAUGGUGCUGAUGGACGCCGGCUGCGAGUACGGCGGCUACACCAGCGACA ..(((((((((((((((....(((.((((.(((((.((.(((.......))).)).)))))))))(((.((...)).))).)))...))))))).))(.....))))))).......... ( -43.00) >consensus UGGUGGCCGCCGGCAAAAAUGCCACCAUCAUCCACUAUGUGAACAACACACAGUUGUUGCAGCCGCAGGAUCUGGUGCUGAUGGACGCCGGCUGCGAGUACGGCGGCUACACCAGCGACA ..((((((((((((......)))...........................((((((..(((.((((((.((...)).))).))).))))))))).......))))))))).......... (-25.56 = -25.73 + 0.17)
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