Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,308,322 – 19,308,442 |
Length | 120 |
Max. P | 0.723380 |
Location | 19,308,322 – 19,308,442 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.67 |
Mean single sequence MFE | -53.02 |
Consensus MFE | -29.15 |
Energy contribution | -27.79 |
Covariance contribution | -1.35 |
Combinations/Pair | 1.49 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.41 |
SVM RNA-class probability | 0.723380 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 19308322 120 - 22224390 UACAGCUGCUUGGCCGAACAGCAGUGGACGACGGCCAUGGAUGCGACUCUACGGGCAGAGCCAUGGCAGUGUACGCGCUGCGAUUUCGAGCUGGAGGAGUUCGAUGUGCUGGAGCAGCUG ..((((((((..((((....((((((((((...(((((((.(((..........)))...)))))))..))).).))))))....(((((((.....))))))))).))..).))))))) ( -54.60) >DroVir_CAF1 1790 120 - 1 UAUGGCUGUCUGGCGGAGCUGCCCUGGACGCUGGCCAUGGAGACGGCGCUGCAGACGCAGCUCUGGCGCUGUGCCCAGUGUGAUUUCCAGCUGGAGCAGUUUGAUGUGCCCGAUCAGCUG ...(((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((...(((.(((((....))))).)))...))))).)))))).....))))...)).)))))))....)))).)).))))). ( -55.30) >DroGri_CAF1 2370 120 - 1 UACGGCUGCCUGGCCGAAUUGCCCUGGACACUGGCCAUGGAGGCAGCAUUGCUGGAUCAACCGUGGCACUGUGCCCAGUGUGACUUUCAGCUGGAGCAGUUCGUUGUGCCCGAUCAGCUG ...(((((((..((.((((..(.((((.(((..(((((((..(((((...))))...)..)))))))...))).)))).)..)..))).))..).)))))).((((........)))).. ( -47.20) >DroEre_CAF1 217 120 - 1 UACAGCUGCUUGGCCGAACAGAAGUGGACGACGGCCAUGGACGCGGCUCUACGGGCAGAGCCAUGGCAGUGCACGCGCUGCGACUUCAAGCUCGAGGAGUUCGAUGUGCUGGAGCAGCUG ..(((((((((............(((.((....(((((((.(...(((.....)))...)))))))).)).)))((((..(((((((........)))).)))..))))..))))))))) ( -51.50) >DroYak_CAF1 235 120 - 1 UACAGCUGCUUGGCUGAGCAGCAGUGGACGUUGGCCAUGGACGCGGCUCUACGGGCAGAGCCAUGGAAGUGCACGCGCUGCGAUCUCGAACUCGAGGAGUUCGAUGUGCUGGAGCAGCUG ..((((((((..((...(((((.(((.((.....((((((.(...(((.....)))...)))))))..)).)))..))))).((.((((((((...)))))))).))))..).))))))) ( -58.50) >DroMoj_CAF1 1352 120 - 1 UAUGGCUGCUUGGCCGAGCUGCCCUGGACGCUGGCCAUGGAGACGGCACUUCAAGCCCAGCCCUGGCAGUGUCCUCGCUGUGAUUACGAGCUGGAGCAGUUCGAUGUGUUGGAUCAGCUG ...(((((.(..((((((((((((.((((((((.(((.((....(((.......)))...)).)))))))))))..(((((....)).))).)).))))))))....))..)..))))). ( -51.00) >consensus UACAGCUGCUUGGCCGAACAGCACUGGACGCUGGCCAUGGAGGCGGCUCUACGGGCACAGCCAUGGCAGUGUACGCGCUGCGAUUUCGAGCUGGAGCAGUUCGAUGUGCUGGAGCAGCUG ..((((((((((((((...............)))))).))...((((.(..(((((.((((..(.((((((....)))))).)......)))).....)))))..).))))...)))))) (-29.15 = -27.79 + -1.35)
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