Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,142,283 – 19,142,403 |
Length | 120 |
Max. P | 0.974588 |
Location | 19,142,283 – 19,142,403 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.81 |
Mean single sequence MFE | -34.52 |
Consensus MFE | -33.34 |
Energy contribution | -33.77 |
Covariance contribution | 0.44 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.51 |
Structure conservation index | 0.97 |
SVM decision value | 1.73 |
SVM RNA-class probability | 0.974588 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 19142283 120 - 22224390 UCGAUGGCAAAAUCAAAUUCUAAUCGUCGACGCUAUCAUAAUGUAUUUAUGAGUUGUGUUAUUUGUUUUUGGUUUUCGCGUACCGUGCGUAUACGUAAUGCGCUCAGUACGGAGUUAUCU ..((((((.((((((((..(.(((....(((((..((((((.....))))))...)))))))).)..))))))))((.(((((.(.((((((.....)))))).).))))))))))))). ( -36.30) >DroSec_CAF1 13225 120 - 1 UCGAUGGCAAAAUCAAAUUCUAAUCGUCGACGCUAUCAUAAUGUAUUUAUGAGUUGUGUUAUUCGUUUUUGGUUCUCGCGUACCGUGCGUAUACGUAAUGCGCUCAGUACGGAGUUAUCU ..((((((..(((((((..(.(((....(((((..((((((.....))))))...)))))))).)..))))))).((.(((((.(.((((((.....)))))).).))))))))))))). ( -35.30) >DroSim_CAF1 11952 120 - 1 UCGAUGGCAAAAUCAAAUUCUAAUCGUCGACGCUAUCAUAAUGUAUUUAUGAGUUGUGUUAUUUGUUUUUGGUUUUCGCGUACCGUGCGUAUACGUAAUGCGCUCAGUGCGGAGUUAUCU ..((((((.((((((((..(.(((....(((((..((((((.....))))))...)))))))).)..))))))))((.(((((.(.((((((.....)))))).).))))))))))))). ( -36.30) >DroYak_CAF1 6911 120 - 1 UCGAUGGCAAAAUCAAAUUCUAAUCGUCGUCGCUAUCAUAAUGUAUUUAUGAGUUGUGUUAUUUGUUUUUGGUUUUCGCGCACCGGGCGUAUACGUAAUGCGCUCAGUUUGGAGUUAUCU ..((((((.((((((((..(.(((......(((..((((((.....))))))...)))..))).)..))))))))((.((.((.((((((((.....)))))))).)).)))))))))). ( -30.20) >consensus UCGAUGGCAAAAUCAAAUUCUAAUCGUCGACGCUAUCAUAAUGUAUUUAUGAGUUGUGUUAUUUGUUUUUGGUUUUCGCGUACCGUGCGUAUACGUAAUGCGCUCAGUACGGAGUUAUCU ..((((((.((((((((..(.(((....(((((..((((((.....))))))...)))))))).)..))))))))((.(((((.(.((((((.....)))))).).))))))))))))). (-33.34 = -33.77 + 0.44)
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