Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,991,983 – 1,992,094 |
Length | 111 |
Max. P | 0.775634 |
Location | 1,991,983 – 1,992,094 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.16 |
Mean single sequence MFE | -27.82 |
Consensus MFE | -23.02 |
Energy contribution | -23.38 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.54 |
SVM RNA-class probability | 0.775634 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1991983 111 - 22224390 UGGUUUAAUCUGCUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAU-----CGUAUUCGGAUAAUAAUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC .......(((..(((..(((((((((((((.(((.....))-----))))))).(((..(((((...))))))))..)))))))(((....)))...)))..)))........... ( -24.80) >DroSec_CAF1 24042 113 - 1 GGGAUUAAUCUGCUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUGCUCGUAUUCGGAUA---AUGACAAGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC (((((..(((..(((..((((((((...((((((((..((((((........))))))---..))...))))))..))))))))(((....)))...)))..))))))))...... ( -28.90) >DroSim_CAF1 18481 113 - 1 GGGUUUAAUCUGCCCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUGUUCGUAUUCGGAUA---AUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC ((((.......))))..((((((.(((((((.((((..((((((........))))))---((((........))))...(((.(((....)))))))))).))))))).)))))) ( -33.50) >DroEre_CAF1 13780 110 - 1 GGGUUUAAUCUACUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUCUUCGUAUUUC---G---AUGACACGUUAAUUAUAAUGCUUGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC ((((.......))))..((((((.(((((((.((((......((.(((.....)---)---).))...............(((.(((....)))))))))).))))))).)))))) ( -27.30) >DroYak_CAF1 24617 113 - 1 GGGUUUAAUCUGCUCUUAAGCAUUGGAUAUUGUUUCUAUAUCUGUUCGUAUUCGAAUA---AUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC ((((.......))))...(((((.(((((((...........((((((....))))))---((((........))))...((((((.........)))))).))))))).))))). ( -24.60) >consensus GGGUUUAAUCUGCUCUUGAGCAUUGGAUAUUGAUUCUAUAUCUGUUCGUAUUCGGAUA___AUGACACGUUAAUCAUAAUGCUCGUAAAAAUGCAGCGAGUGGAUAUUCUGUGCUC ((((.......))))..((((((.(((((((.((((.........................((((........))))...(((.(((....)))))))))).))))))).)))))) (-23.02 = -23.38 + 0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:52:20 2006