Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,587,967 – 17,588,087 |
Length | 120 |
Max. P | 0.738900 |
Location | 17,587,967 – 17,588,087 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 97.64 |
Mean single sequence MFE | -30.02 |
Consensus MFE | -29.49 |
Energy contribution | -29.30 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.98 |
SVM decision value | 0.44 |
SVM RNA-class probability | 0.738900 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 17587967 120 + 22224390 AGCCAGAGCGAAGGGCAAUGGAAUGGAGUCGAAUGGGAUGGGUUAUUAUCCCAGGCAUAAAUGGAUUGUAAACGUGAUUUUUAUAGUCAUUUAGCAUAAUAAUGCAUUUUAUGGUUUUGG ..(((((((((((.(((.((..(((.....(..((((((((....))))))))..).((((((.((((((((.......)))))))))))))).)))..)).))).))))...))))))) ( -30.80) >DroSec_CAF1 7366 120 + 1 AGCCAGAGCGAAGGGCAAUGAAAUGGAGUCGAAUGGGAUGGGUUAUUAUCCCAGGCAUAAAUGGAUUGUAAACGUGAUUUUUAUAGUCAUUUAGCAUAAUAAUGCAUUUUAUGGUUUUGG ..((((((((.....).((((((((.(......((((((((....)))))))).((.((((((.((((((((.......)))))))))))))))).......).)))))))).))))))) ( -31.00) >DroEre_CAF1 7281 120 + 1 UGCCGGAGCGAAGGGCAAUGGAAUGGAGUCGAAUGGGAUGGGUUAUUAUCCCAGGCAUAAAUGGAUUGUAAACGUGAUUUUUAUAGUCAUUUAGCAUAAUAAUGCAUUUUAUGGUUUUGG ..(((((((((((.(((.((..(((.....(..((((((((....))))))))..).((((((.((((((((.......)))))))))))))).)))..)).))).))))...))))))) ( -30.00) >DroYak_CAF1 17912 120 + 1 UCACGGAGCGAAGGGCAAUGGAAUGGAGUCGAAUGGGAUGGGUUAUUAUCCCAGGCAUAAAUGGAUUGUAAACGUGAUUUUUAUAGUCAUUUAGCAUAAUAAUGCAUUUUAUGGUUUUGG ...((((((((((.(((.((..(((.....(..((((((((....))))))))..).((((((.((((((((.......)))))))))))))).)))..)).))).))))...)))))). ( -28.30) >consensus AGCCAGAGCGAAGGGCAAUGGAAUGGAGUCGAAUGGGAUGGGUUAUUAUCCCAGGCAUAAAUGGAUUGUAAACGUGAUUUUUAUAGUCAUUUAGCAUAAUAAUGCAUUUUAUGGUUUUGG ..((((((((.....).((((((((.(......((((((((....)))))))).((.((((((.((((((((.......)))))))))))))))).......).)))))))).))))))) (-29.49 = -29.30 + -0.19)
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