Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,906,970 – 1,907,083 |
Length | 113 |
Max. P | 0.731227 |
Location | 1,906,970 – 1,907,083 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.81 |
Mean single sequence MFE | -37.02 |
Consensus MFE | -26.70 |
Energy contribution | -26.94 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.42 |
SVM RNA-class probability | 0.731227 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1906970 113 + 22224390 UGCGCACUCUCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUGCGUAUAGGCGUAU--A-----UGUAAG .((((((.(((((.(((((((.((..(.((.....)))..)).)))..((((((.....)))))).)))))))))...)))))).(((((((((((....))))))--)-----)))).. ( -39.30) >DroSec_CAF1 2451 107 + 1 UGCGCUCUCUCAUUGCUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUUUUCGUAU--GCGUAU-----------AAG ..............(((..(.(((((.........((((.....))))((((((.....))))))))))))..)))..(((((((((((....)))))--))))))-----------... ( -30.70) >DroSim_CAF1 2707 107 + 1 UGCGCACUCUCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUUCGUAU--GCGUAU-----------AAG .((((((.(((((.(((((((.((..(.((.....)))..)).)))..((((((.....)))))).)))))))))...))))))((((((((....))--))))))-----------... ( -34.20) >DroEre_CAF1 286 118 + 1 UGCGCACUCGCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUGCGUAA--GCGUAUGCGUUAUACAUAAG .((((((..((..((((((((.((..(.((.....)))..)).)))..((((((.....)))))).)))))...))..))))))..((((((((....--))))))))............ ( -41.10) >DroYak_CAF1 2919 113 + 1 UGCGCAAUCGCGUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGUGUGUGCGUGUGCGUAU--GAGUAUGCG-----CGUAAG .((((((((.(((.((.........)).))))))))))).....((((((((((.....))))))...(((((....)))))))))((((((((....--..)))))))-----)..... ( -39.80) >consensus UGCGCACUCUCAUUGUUUGUUGUUUGCUGCGGAUUGUGUGAAGAACACGAUAGUUUAUGGCUAUCUAAACAUGGGCCCGUGCGUGUGCGUAUGCGUAU__GCGUAU__________UAAG (((((....................((.(((((((((((.....))))))).(((((((..........)))))))))))))..(((((....)))))..)))))............... (-26.70 = -26.94 + 0.24)
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