Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,515,422 – 16,515,529 |
Length | 107 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 16,515,422 – 16,515,529 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.23 |
Mean single sequence MFE | -34.53 |
Consensus MFE | -22.69 |
Energy contribution | -23.05 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.08 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 16515422 107 - 22224390 AACAUAUUCCUA----UAU----UUU-----UAGAUUUUCCUGGAGUUGUGGAAGCGUAAGUGUGCCGGCUACUCGUAUCGAUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG ......((((.(----((.----(((-----(((......)))))).)))))))(((....(((.(.((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).).)))...))). ( -39.80) >DroPse_CAF1 2111 115 - 1 AGCAUAGCUCUUAAGCUAUUCCGUUG-----CAGAUCUUCCUGGAGCUGUGGAAGCGCAAAUGUGCUGGCUACUCGUACCGAUGGGGCACCAUCGAGAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG .((((((((....))))))(((.(..-----(((.(((....))).)))..).(((((....)))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).)))......)). ( -46.60) >DroGri_CAF1 2489 102 - 1 --GG--UAAC-G----UUC----CUU-----UAGAUCUUUCUGGAGUUGUGGAAGCGUAAGUGUGCUGGCUAUUCGUAUCGUUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCUUGGAUAAACCGCG --..--....-.----...----(((-----((((....)))))))..((((..((....))((.(.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).).))...)))). ( -29.30) >DroWil_CAF1 2209 106 - 1 A--AUGUUUCAC----UUU---GUUU-----CAGAUCUUUCUCGAAUUGUGGAAACGUAAGUGUGCUGGCUACUCGUAUCGUUGGGGCACCAUAGAAAUGAGCAGCCUGGACAAACCGCG .--...((((((----...---((((-----.(((....))).)))).)))))).(((...(((.(.((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).)))).).)))....))) ( -31.80) >DroMoj_CAF1 2617 102 - 1 --CA--UCUC-C----UCG----UUU-----UAGAUAUUUCUGGAACUGUGGAAGCGUCGAUGUGCUGGUCUAUCCUAUCGCUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCUUGGAUAAGCCGCG --((--((((-.----..(----(((-----((((....)))))))).((((..((.(((..(((.(((......))).)))))).)).)))).)))))).((.((((....)))).)). ( -30.50) >DroAna_CAF1 2085 110 - 1 --CUUAUCCCUC----UUU----CUCUCCUGCAGAUCUUCCUGGAGCUGUGGAAACGCAAGUGUGCUGGCUAUUCCUACCGCUGGGGCACCAUCGAAAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG --..........----...----...(((.((((.(((....))).)))))))..(((...(((.(.((((.(((....((.(((....))).))....))).)))).).)))....))) ( -29.20) >consensus __CAUAUCUCUC____UUU____UUU_____CAGAUCUUCCUGGAGCUGUGGAAGCGUAAGUGUGCUGGCUACUCGUAUCGAUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG ...............................(((......))).....((((..((....))((.(.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).).))...)))). (-22.69 = -23.05 + 0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:18:37 2006