Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,597,675 – 15,597,795 |
Length | 120 |
Max. P | 0.547366 |
Location | 15,597,675 – 15,597,795 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.78 |
Mean single sequence MFE | -43.00 |
Consensus MFE | -27.13 |
Energy contribution | -26.30 |
Covariance contribution | -0.83 |
Combinations/Pair | 1.54 |
Mean z-score | -1.42 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.547366 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15597675 120 - 22224390 GAGCACAUACCCAGCAGGGCCACGUCUCGCUGGGGUAUCUGUUCGAAGAGGUCGAGCACCAUGAGUGGAGUCAGCUCCUCGGCUGUGCUGUAAUUGCCCAGCGUUGAGUUGAGGUCACGA (((((.(((((((((..(((...)))..))).)))))).))))).....(((.....)))....((((..(((((((..((.(((.((.......)).)))))..)))))))..)))).. ( -47.90) >DroVir_CAF1 8956 120 - 1 GAGCACAUGCCCAGCAGCGCCACAUCGCUUUGGGGUAUCUGCUCGAACAGAUCGAGCACCAUGAGCGGUGUUAGCUCCUCGGCGGCGCUGUAGUUGCUCAGCGUUAGGUUCAGAUCCCGA ((((....(((.((.(((...(((((((((...(((....((((((.....)))))))))..)))))))))..))).)).)))(((((((........)))))))..))))......... ( -49.60) >DroGri_CAF1 613 120 - 1 GAGCACAUGCCCAGCAGCGCCACAUCGCUCUGCGGUAUCUGCUCGAACAGAUCGAGCACCAUGAGGGGCGUUAACUCCUCGGCGGCGCUAUAGUUGCUCAGCGUUUGGUUGAGAUCACGA (((((.((((((((.((((......))))))).))))).))))).....((((.(((.((.(((((((......)))))))..)).)))........(((((.....))))))))).... ( -49.20) >DroWil_CAF1 39484 120 - 1 GAACACAUGCCCAGCAAGGGCACAUCCUUCUGAGGUAUCUGUUCGAAUAGAUCGAGCACCAUCAGGGGCGUCAGUUCCUCGGCCGUGCUGUAAUUGCUAAGUGUGAGAUUAAGAUCGCGA (((((.((((((((.(((((....)))))))).))))).))))).....((((.(((((..((((((((....)))))).))..)))))....(..(.....)..)......)))).... ( -40.80) >DroMoj_CAF1 569 120 - 1 GAGCACAUGCCUAGCAAAGCGAUGUCACUUUGCGGUAUCUGCUCGAACAGGUCGAGCACCAUGAGCGGAGUUAGCUCCUCUGCUGCGCUGUAGUUGCUUAGAGUUAAAUUCAAAUCCCGA (((((.(((((..((((((.(....).))))))))))).))))).(((.(((.....))).(((((((((....)))).((((......))))..)))))..)))............... ( -38.60) >DroPer_CAF1 562 120 - 1 GAGCACAUUCCCAAUAAGGCUACAUCACUCUGUGGGAUCUGUUCAAAAAGGUCCAGCACCAUUAGUGGAGUUAGCUCCUCAGCCGUGCUGUAAUUACUGAGUGUAAGAUUAAGGUCGCGA ..((.....................(((((.(((((((((........))))))(((((.......((((....))))......))))).....))).)))))...(((....))))).. ( -31.92) >consensus GAGCACAUGCCCAGCAAGGCCACAUCACUCUGCGGUAUCUGCUCGAACAGAUCGAGCACCAUGAGCGGAGUUAGCUCCUCGGCCGCGCUGUAAUUGCUCAGCGUUAGAUUAAGAUCACGA (((((.((((((((.((((......))))))).))))).))))).....(((((((((.....((((.((((........)))).)))).....)))))(((.....)))..)))).... (-27.13 = -26.30 + -0.83)
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