Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,501,982 – 15,502,090 |
Length | 108 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 15,501,982 – 15,502,090 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.33 |
Mean single sequence MFE | -49.02 |
Consensus MFE | -28.38 |
Energy contribution | -30.32 |
Covariance contribution | 1.94 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.67 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | -0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15501982 108 - 22224390 UGGCCAUGGGAUCAUGCGGCGGG---CGGGUGGAGGCGGUUACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC--AAUGCGGG-------UCAUG ...((((((((((...(((((..---.(((.((((.((((..((....))..))))..)))).))).)))))..)))))...)))))....(((((((--.....)))-------)))). ( -49.90) >DroSec_CAF1 62489 110 - 1 UGGCCAUGGGAUCCUGCGGCGGG---CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCCCCAAUUGGGG-------ACAUG ...((((((((((((.(((((..---.(((.((((.(((((.((....)).)))))..)))).))).))))))))))))...)))))....(((.((((.....))))-------.))). ( -52.20) >DroSim_CAF1 74824 110 - 1 UGGCCAUGGGAUCCUGCGGCGGG---CGGGUAGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCCCGAAUUGGGG-------ACAUG ...((((((((((((.(((((..---.(((.((((((((((.((....)).))))..))))))))).))))))))))))...)))))....(((.((((.....))))-------.))). ( -52.60) >DroEre_CAF1 64231 108 - 1 UGGCCAUGGGUUCCUGCGGCGGG---CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC--CAUUGGGG-------CUAUG ...(((((..(((((.(((((..---.(((.((((.(((((.((....)).)))))..)))).))).)))))))))...)..)))))....(((.(((--(...))))-------.))). ( -46.90) >DroYak_CAF1 68765 115 - 1 UGGCCAUGGGCUCCUGCGGCGGA---CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC--AGUUGGGGGCUACACCAAUG (((((((((((((((.(((((..---.(((.((((.(((((.((....)).)))))..)))).))).)))))))))...))))))))....(((.(((--......))).))).)))... ( -51.40) >DroAna_CAF1 96962 104 - 1 AGGAUCUGAGUCCUUUCGGCCACUUCUCCGCCGAGGCCACCACAAAGCGGCGCCUCAGUUUCUCCUUCUCCGAGGACGUCUUCGUGGAGAAGUGAG---------AAG-------UCCUU ((((((((((....((((((.........))))))(((.(......).)))..))))).((((((((((((((((....))))..))))))).)))---------)))-------)))). ( -41.10) >consensus UGGCCAUGGGAUCCUGCGGCGGG___CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC__AAUUGGGG_______ACAUG ...(((((((.((((.(((((......(((.((((((((((.((....)).))))..))))))))).)))))))))....)))))))........(((......)))............. (-28.38 = -30.32 + 1.94)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:02:35 2006